Jego opanowanie nauk ezoterycznych (jap. mikkyō) było na tak wysokim poziomie, że przewyższył samego Kūkaia z ezoterycznej szkoły shingon. Dlatego też właśnie Enninowi cesarz przekazał prowadzenie corocznego inicjacyjnego rytuału ezoterycznego hiei kanjo od 849 r.
W 854 r. został głównym opatem (zasu) szkoły tendai w Enryaku-ji. Pozostał na tym stanowisku przez 20 lat. Wybudował wtedy budynki (Tō-in) dla przechowywania sutr przywiezionych przez niego z Chin. Z Chin przywiózł 559 tomów pism buddyjskich. Wprowadził również w Japonii nowy rodzaj praktyki zwanej nembutsu, która związana była z kultem buddy Amidy. Poza tym założył m.in. klasztory: Onjō-ji (znany bardziej jako Mii-dera w prefekturze Shiga) i Ryūshaku-ji (lub Risshaku-ji) w prefekturze Yamagata.
Jest autorem ponad 100 dzieł, w tym dziennika z podróży po Chinach pt.: Nittō guhō junrei kōki (入唐求法巡礼行記, Zapiski z pielgrzymki do Chin w poszukiwaniu Prawa, 838–847).
Ennin był utalentowanym rzeźbiarzem. Jednym z przykładów jego pracy jest drewniana kopia statuetki bosatsu Kannon, umieszczonej w Sensō-ji, najstarszej