W lutym 1936, nadal będąc formalnie pracownikiem Gospłanu, ponownie został powołany do Armii Czerwonej, otrzymując w kwietniu tego roku najwyższy w swej wojskowej karierze stopień brigintiendanta, by już rok później zostać odwołanym z Gospłanu za „polityczną ślepotę i odmowę oczyszczenia sektora obronnego z wrogiego elementu”.
Po zwolnieniu został przeniesiony do redakcji czasopisma „”Niektóre źródła mylnie podają, iż Botner był redaktorem naczelnym..
Aresztowanie i śmierć Stefan Botner nie utrzymał się długo na stanowisku redaktora wojskowego czasopisma, bowiem w 1937 sowiecka policja polityczna NKWD, na rozkaz Józefa Stalina, rozpoczęła tzw. operację polską, podczas której aresztowano prawie wszystkich wyższych oficerów Armii Czerwonej narodowości polskiej.