Ponieważ oskarżono go także o przywłaszczenie należnego Akademii spadku po Jakubie Najmanowiczu Krzysztof został dekretem królewskim z 9 grudnia 1645 został skazany na 6-miesięczne więzienie, utratę urzędu rajcy oraz publiczne przeproszenie Rady Miejskiej. Nie zamierzał kapitulować i przed karą uciekł do Rzymu, w obawie przed sądem inkwizycji opuścił potajemnie Rzym. W nie znanym bliżej czasie powrócił jednak do Wiecznego Miasta, gdzie zmarł w biedzie i opuszczeniu w szpitalu S. Spiritio in Sassia.
Z małżeństwa zawartego w 1620 pozostawił czterech synów i kilka córek. Dzieciom po ucieczce ojca pozostałym w Krakowie udało się wyjednać dekret królewski, na mocy którego cały majątek przeszedł na synów Jakuba, Krzysztofa i córkę Jadwigę. W kościele Mariackim zachował się fundowany przez Krzysztofa nagrobek rodzinny wzniesiony w 1642 ku czci matki Jadwigi, żony Katarzyny i innych członków rodziny.
Bibliografia Leszek Hajdukiewicz: Naymanowic (Najmanowicz) Krzysztof (ok. 1590–1651). W: Polski Słownik Biograficzny. T. XXII, wyd. 1977, s.