na pokładzie statku HMS „Penelope”, Fraser został wtedy przedstawiony królowi (tytułowanemu Oba) Akitoye. Fraser objął placówkę w grudniu 1852 r., ponieważ udał się jeszcze na Fernando Po po swoje bagaże. Fraser popadł w konflikt z Akitoye i Royal Navy. Jego odwołanie ze stanowiska przypieczętowała tzw. sprawa Amadiego, węgierskiego kupca, który uczestniczył w handlu niewolnikami, a Fraser protestował przeciwko jego aresztowaniu w maju 1853 r. Obowiązki Frasera przejął Benjamin Campbell w lipcu 1853 r. i pełnił je do swojej śmierci w kwietniu 1859 r.
Wyprawa do Ekwadoru i Gwatemali W latach 1857–1860 Fraser uczestniczył w wyprawie do Ekwadoru i Gwatemali. Fraser zbierał tam okazy roślin, bezkręgowców i kręgowców, ale koncentrował się głównie na ssakach i ptakach, które pozyskiwał dla Philipa Lutleya Sclatera z Zoological Society of London. Okazy przesyłał Fraser do Anglii partiami, w 1858 r. ukazał się artykuł Sclatera na temat ptaków zebranych przez Frasera w Ekwadorze. Z kolei raporty na temat ssaków przygotowywał R.F. Tomes w latach 1858–1860 r.