Drugi sezon rozpoczyna się pięć lat po zakończeniu pierwszego i bankructwie korporacji Nozama. Głównym bohaterem jest nastolatek Chihiro, który ma moc przemiany w Kamen Ridera Amazona Neo. Walczy on z nowym rodzajem Amazonów, które powstają w wyniku zarażenia się przez człowieka komórkami Amazonów. Zostaje on siłą wciągnięty w nowy oddział tępicieli, zwany skrótowo 4C, w którym poznaje martwą dziewczynę o imieniu Iyu, którą po wskrzeszeniu przemieniono w Amazona. Iyu jako ożywione zwłoki nie posiada uczuć, jednak ma przebłyski dotyczące jej zapomnianej przeszłości. Chłopak postanawia pomóc jej odzyskać wspomnienia. Tymczasem okazuje się, że Chihiro jest synem Jina narodzonym krótko po operacji Tlaloc. Haruka odkrywa, że to właśnie komórki Chihiro były przyczyną zakażeń ludzi i ich zmian w potwory. Mimo że Chihiro nie był świadomy zagrożenia, jakim sam jest, musi zostać uśmiercony wbrew swojej woli. Odcinki Tytuły wszystkich odcinków są w języku angielskim i odpowiadają kolejnym literom alfabetu łacińskiego.