Fabuła historyczna rozgrywa się w latach 431–422 p.n.e., na cztery wieki przed wydarzeniami przedstawionymi w Origins i powstaniem Ukrytych – prekursorów Bractwa Asasynów.
Postacią grywalną w głównym wątku fabularnym jest starsze z dwójki rodzeństwa, legendarny najemnik zwany Wojownikiem z Orłem, któremu towarzyszy orzeł Ikaros. Jako dziecko Wojownik z Orłem został wygnany ze Sparty po tym, jak próbował powstrzymać starszyznę przez zrzuceniem jego młodszego rodzeństwa z Tajgetu, ponieważ według przepowiedni Pytii miało ono potencjalnie doprowadzić polis do zguby lub chwały. W ramach kary za nieposłuszeństwo wobec starszyzny Wojownik sam został zrzucony z Tajgetu przez swojego ojca, generała spartańskiej armii Nikolaosa. Wojownikowi udało się przeżyć i trafia pod opiekę szachraja Markosa na Kefalonii, gdzie spędza następnych kilkanaście lat, pracując dla niego. Po osiągnięciu pełnoletności zostaje misthiosem – wędrownym najemnikiem – i zyskuje możliwość walki zarówno dla Symmachii Ateńskiej, jak i Spartańskiej. Równolegle próbuje doprowadzić do zjednoczenia swojej rodziny, podejmując w tym celu walkę ze złowrogim kultem, którego wpływy rozciągają się na cały grecki świat.