W roku 1960 kościół zamieniono w kino dla dzieci „Przyjaźń” (ros. Дружба). Budynek powiększono stawiając przed głównym wejściem dwupiętrową betonowo-szklaną dobudówkę, która przykryła gotycką, główną fasadę. We wnętrzu jedyne zachowane fragmenty gotyckiej architektury znajdują się za ekranem. W kaplicy kościoła pod ołtarzem głównym urządzono toaletę publiczną, a w przybudówce kawiarnię.
Po rozpadzie ZSRR w Sewastopolu utworzono katolicką wspólnotę św. Klemensa, która oczekiwała oddania kościoła zgodnie z postanowieniem prezydenta z 4 września 1992 r. „O sposobach zwrotu organizacjom religijnym mienia kulturowego”. Jednak Rada Miejska Sewastopola, posiadająca prawo zarządzania budynkami stanowiącymi własność komunalną, przez wiele lat odmawiała oddania kościoła. Wśród prorosyjskich, nacjonalistycznie nastawionych członków rady, którzy stanowili jej większość po odzyskaniu niepodległości przez Ukrainę, otworzenie kościoła katolickiego w mieście było niedopuszczalne. Tymczasem wspólnota katolicka chciała wyremontować i urządzić budynek kościoła z własnych środków, w szczególności planowała zbudować wieżę w wysokości przewidzianej pierwotnym projektem z początku XX wieku.
W listopadzie 2008 roku w pomieszczeniu byłego kościoła odbyła się liturgia, ale to był jedyna taka sytuacja we współczesnej historii kościoła.