W latach dwudziestych sekta Ōmoto-kyō miała wiele problemów, głównie z powodu nieprzewidywalnego zachowania swojego przywódcy, Onisaburō. W 1921 roku był aresztowany za obrazę majestatu, gdy ogłosił się zbawicielem i prawowitym cesarzem („incydent Ōmoto”). W 1924 roku postanowił założyć „królestwo niebieskie na ziemi”, umiejscawiając je w Mongolii. Ueshiba brał udział w tej wyprawie, od początku skazanej na porażkę. Członkowie sekty zostali natychmiast aresztowani przez Chińczyków i skazani na śmierć. Udało im się wrócić do Japonii dzięki interwencji japońskiego konsula.
Powstanie aikido Morihei Ueshiba powrócił do Ayabe, dalej ucząc sztuk walki i uprawiając rolę. Kontynuował naukę jūjutsu i walki mieczem, zainteresował się również walką włócznią (sōjutsu). Jednak po bliskim spotkaniu ze śmiercią w Mongolii wiele się zmieniło. Wielokrotnie odwoływał się do manifestacji siły duchowej. W 1925 roku został wyzwany przez oficera marynarki i pokonał go bez walki. Zgodnie z legendą, czuł gdzie uderzy shinai, zanim jeszcze oficer wykonał ruch. Po tej walce doświadczył uczucia prawdziwego połączenia Ciała i Ducha, całkowitej jedności Wszechświata i Jednostki, uświadamiając sobie wyraźnie zasady, na których zbudował filozofię aikido.