Jesienią 1943 zgłosił się jako ochotnik na wyjazd na prace przymusowe do Niemiec, gdzie miał służyć jako kapelan w konspiracyjnym duszpasterstwie. Został wówczas mianowany kapitanem Armii Krajowej, od listopada 1943 pracował w fabryce amunicji w Dortmundzie. Wiosną 1944 został aresztowany przez Gestapo i uwięziony w obozie w Buchenwaldzie, następnie w Ohrdruf. Wiosną 1945 uciekł w czasie ewakuacji obozu i znalazł się w miejscowości Arnstadt, gdzie po kilku dniach doczekał końca II wojny światowej. Bezpośrednio po wojnie był duszpasterzem ludności polskiej, najpierw Arnstadt, następnie w Coburgu, gdzie pracował w obozie dla tzw. dipisów prowadzonym przez UNRRA, uczył w gimnazjum i współpracował z pismem Głos Polski z Coburga.
W 1946 powrócił do Polski, został administratorem parafii w Tucznie, następnie dyrektorem internatu Caritas i prefektem gimnazjum we Wschowie. Publikował w prasie katolickiej, we wrześniu 1948 debiutował w Tygodniku Powszechnym. W 1949 rozpoczął studia doktoranckie na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego, pracę doktorską poświęconą psychologii powołania kapłańskiego obronił w 1951.