We wrześniu 2000 roku, po nieskutecznych rozpoczęła się druga intifada, zwana też intifadą Al-Aksa. Podczas mającej miejsce od 29 września do 16 października 2004 r. zginęło około 130 Palestyńczyków. W 2005 roku premier Izraela, Ariel Szaron, zarządził . Izrael i jego Sąd Najwyższy formalnie ogłosiły koniec okupacji, jednak Organizacja Narodów Zjednoczonych, Human Rights Watch i wiele innych międzynarodowych organów i organizacji pozarządowych nadal uważały Izrael za okupanta Strefy Gazy.
W 2006 r. Hamas zdobył 44% głosów w palestyńskich wyborach parlamentarnych. Izrael odpowiedział, że rozpocznie , chyba że Hamas zgodzi się zaakceptować wcześniejsze porozumienia izraelsko-palestyńskie, wyrzec się przemocy i uznać prawo do istnienia Izraela, co Hamas odrzucił. Po tym, jak wewnętrzny konflikt polityczny między Fatahem i Hamasem przerodził się w , Hamas przejął pełną kontrolę nad tym regionem. W 2007 r. Izrael nałożył blokadę morską na Strefę Gazy. Napięcia między Izraelem a Hamasem eskalowały aż do końca 2008 roku, kiedy to Izrael rozpoczął operację „Płynny ołów” w Strefie Gazy.
W 2014 r. doszło do kolejnej wojny między Izraelem a Strefą Gazy, w wyniku której zginęło ponad 70 Izraelczyków i ponad 2000 Palestyńczyków.