Lata 2000-2003 to kolejne epidemie w Afryce Środkowej. W Ugandzie, w największej notowanej w historii epidemii, wirus podtypu Sudan spowodował 425 zachorowań, w tym 224 zakończone zgonem. Choroba wystąpiła w dystryktach Gulu, Masindi i Mbarara. Następne przypadki gorączki krwotocznej stwierdzano na granicy Gabonu i Kongo oraz w dystryktach Kellé i Mbomo (Kongo, departament Cuvette-Ouest), a czynnikiem etiologicznym był wirus Ebola-zaire. W sumie, podczas czterech epidemii zakażeniu uległo 300 osób, z czego 253 zmarły (84%).
W południowym Sudanie (region Yambio) Ebola-Sudan wywołał w 2004 zachorowania u 17 osób. 7 pacjentów dotkniętych gorączką Ebola zmarło.
W 2005 12 przypadków (9 śmiertelnych) opisano w Etoumbi i Mbomo (departament Cuvette-Ouest)WHO: Ebola haemorrhagic fever EPR.
We wrześniu 2007 potwierdzono wystąpienie choroby w prowincji Kasai Zachodnie w Demokratycznej Republice Konga. Sytuację epidemiologiczną komplikował fakt jednoczesnego występowania dyzenterii i duru brzusznego. Na dzień 3 października 2007 potwierdzono laboratoryjnie 25 przypadków zakażeń wirusem Ebola.