W styczniu 2017 Ponce został trenerem zespołu CD Huachipato. Jego szkoleniowcem pozostawał przez kolejne półtora roku z przeciętnymi wynikami (kolejno dziewiąte, dziesiąte i trzynaste miejsce w tabeli), a w maju 2017 zarząd zdecydował się nie przedłużać jego kontraktu. W latach 2017–2018 pracował jako koordynator akademii juniorskiej swojej byłej drużyny Club Universidad de Chile. Zrezygnował z tego stanowiska w czerwcu 2018, by objąć ekipę Deportes Temuco (prezesem tego klubu był jego były kolega z kadry narodowej – Marcelo Salas). Początkowo osiągał z nią dobre wyniki w lidze oraz w międzynarodowych rozgrywkach Copa Sudamericana 2018, gdzie jego zespół pokonał w drugiej rundzie wyżej notowany San Lorenzo (ostatecznie jednak to argentyński klub przeszedł dalej, gdyż w barwach Temuco zagrał nieuprawniony zawodnik). Następnie Temuco popadło jednak w kryzys (m.in. sześć porażek z rzędu) i na koniec sezonu zajęło przedostatnie miejsce w tabeli, spadając do drugiej ligi. Bezpośrednio po relegacji Ponce odszedł z drużyny.