1 czerwca 1988 ks. Piotr Bydałek z parafii św. Jana Jerozolimskiego otrzymał polecenie zorganizowania parafii i rozpoczęcia budowy nowego obiektu sakralnego na Żegrzu. Nowy ośrodek duszpasterski na os. Orła Białego otrzymał wskazanie lokalizacyjne wojewody poznańskiego na budowę kościoła z zapleczem katechetyczno-mieszkalnym 20 września 1988. Na wniosek biskupa Stanisława Napierały władze miejskie wydały zgodę na ogrodzenie terenu i poświęcenie krzyża, aby można było odprawiać msze polowe. Pierwsza msza święta odprawiona została 2 września 1989 przez ks. biskupa Zdzisława Fortuniaka. Poświęcił wtedy plac i krzyż. Na początku na miejscu przyszłego kościoła ustawiono prowizoryczną wiatę, która służyła skromną ochroną księżom podczas sprawowania liturgii. Od tej pory w każdą niedzielę, aż do 1991, bez względu na pogodę o godz. 15:00 na placu odprawiano dwie msze św. i różaniec. Budowę rozpoczęto na początku maja 1990 od budynku, w którym docelowo miały być mieszkania księży i salki parafialne, a w którym zorganizowano kaplicę. Pierwszą cegłę położono 6 czerwca tegoż roku. W dniu 1 grudnia 1991 ks. prałat Bolesław Jurga podczas pierwszej mszy świętej w kaplicy, dokonał jej poświęcenia. Parafię pw. św. Mateusza Apostoła i Ewangelisty erygowano 1 maja 1992 dekretem ks. arcybiskupa Jerzego Stroby.