Według Raszida ad-Dina Organa miała się cieszyć wielkim szacunkiem Czagataja. Źródła nie wspominają bezpośrednio o losach Organy tuż po jego śmierci. Jest jednak oczywiste, że musiała dzielić los swojego męża, który został następnym chanem Czagataidów tylko po to, by już rok później mocą decyzji Wielkiego Chana Güjüka (1246–1248) zostać zastąpionym przez swojego wuja Jisü Möngke (1246–1251). Kiedy do władzy doszli Tołujidzi, na których czele stał Möngke, losy Kara Hülëgü i jego małżonki uległy odwróceniu. Popierający Möngke Kara Hülëgü miał otrzymać od niego jarłyk skazujący na śmierć Jisü Möngke i ustanawiający go chanem w jego miejsce. Schorowany Kara Hülëgü nie zdążył jednak wykonać wyroku przed swoją śmiercią i to Organa miała osobiście dopilnować, by dokonano egzekucji na Jisü Möngke. Möngke zatwierdził Organę jako regentkę sprawującą władzę w ułusie czagatajskim w imieniu małoletniego syna z jej małżeństwa z Kara Hülëgü, Mubarak Szaha (1266). Organa miała rządzić ułusem ze swojego obozu w okolicach Ałmałyku i współdziałając z dawnym doradcą Czagataja Kutb ad-Din Habaszem oraz namiestnikiem Wielkiego Chana Masud Begiem prowadziła politykę przyjazną w stosunku do muzułmańskiej ludności osiadłej. Ponieważ jej syn Mubarak Szah był muzułmaninem, możliwe że także Organa wyznawała tą religię.