Palepafos zostało zdobyte przez Persów podczas powstania jońskiego (498 p.n.e.). Pod koniec IV wieku p.n.e. król Nikokles przeniósł stolicę swojego państwa do nowo założonego Nea Pafos (w miejsce dzisiejszego miasta Pafos), ale Palepafos pozostało ważnym ośrodkiem religijnym.
Sanktuarium Afrodyty thumb|left|Pozostałości świątyni powstałej w XII wieku p.n.e., 2014 thumb|left|Pozostałości mozaiki w sanktuarium z czasów rzymskich, 2014 mały|Kultowy stożkowy kamień będący symbolem bogini Pierwsze sanktuarium, powstałe w XII wieku p.n.e., według zachowanych pozostałości miało wymiary 67×70 metrów i składało się z dwóch części: zadaszonej hali lub kolumnady od strony północnej i dziedzińca od południa.
Nowe, rzymskie sanktuarium zostało zbudowane w I lub II wieku n.e. Miało formę czworoboku z dużym dziedzińcem otwartym od strony zachodniej.
W sanktuarium w Pafos nie było otaczanego czcią posągu Afrodyty. Moc bogini symbolizował stożkowy, czarny betyl. Kamień był przedstawiany na rzymskich monetach jako centralny obiekt sanktuarium.
Sanktuarium działało do IV wieku, gdy w cesarstwie nakazano zamknięcie pogańskich świątyń.