Класификацията на гъбите по-долу включва всички семейства на царство Гъби (Fungi), разделени в две големи групи – низши и висши гъби.
Класификация
Царство Гъби Група Низши гъби Тип Blastocladiomycota T.Y. James, 2007 Клас Blastocladiomycetes T.Y.James (2006) Разред Blastocladiales T.Y.James (2006) Семейство Blastocladiaceae Petersen (1909) Семейство Catenariaceae Семейство Coelomomycetaceae Семейство Physodermataceae Семейство Sorochytriaceae Тип Chytridiomycota M.J. Powell, 2007 Клас Хитридиеви гъби (Chytridiomycetes) Разред Chytridiales Семейство Chytridiaceae Семейство Cladochytriaceae Семейство Endochytriaceae Семейство Synchytriaceae Разред Rhizophlyctidales Семейство Rhizophlyctidaceae Разред Rhizophydiales Семейство Aquamycetaceae Семейство Globomycetaceae Семейство Kappamycetaceae Семейство Rhizophydiaceae Семейство Terramycetaceae Разред Spizellomycetales Семейство Caulochytriaceae Семейство Spizellomycetaceae Клас Monoblepharidomycetes Разред Monoblepharidales Семейство Gonapodyaceae Семейство Harpochytriaceae Семейство Monoblepharidaceae Семейство Oedogoniomycetaceae Тип Glomeromycota C. Walker & A. Schuessler, 2001 Клас Glomeromycetes Разред Archaeosporales Семейство Ambisporaceae Семейство Archaeosporaceae Семейство Geosiphonaceae Разред Diversisporales Семейство Acaulosporaceae Семейство Diversisporaceae Семейство Gigasporaceae Семейство Pacisporaceae Разред Glomerales Семейство Glomeraceae Разред Paraglomerales Семейство Paraglomeraceae Тип Микроспоридии (Microsporidia) Balbiani, 1892 Клас Dihaplophasea Разред Meiodihaplophasida Надсемейство Thelohanioidea Семейство Thelohaniidae Семейство Duboscqiidae Семейство Janacekiidae Семейство Pereziidae Семейство Striatosporidae Семейство Cylindrosporidae Надсемейство Burenelloidea Семейство Burenellidae Надсемейство Amblyosporoidae Семейство Amblyosporidae Разред Dissociodihaplophasida Надсемейство Nosematoidea Семейство Nosematidae Семейство Ichthyosporidiidae Семейство Caudosporidae Семейство Pseudopleistophoridae Семейство Mrazekiidae Надсемейство Culicosporoidea Семейство Culicosporidae Семейство Culicosporellidae Семейство Golbergiidae Семейство Spragueidae Надсемейство Ovavesiculoidea Семейство Ovavesiculidae Семейство Tetramicridae Клас Haplophasea Разред Glugeida Семейство Glugeidae Семейство Pleistophoridae Семейство Encephalitozoonidae Семейство Abelsporidae Семейство Tuzetiidae Семейство Microfilidae Семейство Unikaryonidae Разред Chyridiopsida Семейство Chytridiopsida Семейство Buxtehudiidae Семейство Enterocytozoonidae Семейство Burkeidae Разред Microsporida Семейство Enterocytozoonidae Семейство Glugeidae Семейство Nosematidae Семейство Pleistophoridae Семейство Thelohaniidae Тип Neocallimastigomycota M.J. Powell, 2007 Клас Neocallimastigomycetes M.J. Powell, 2007 Разред Neocallimastigales J.L. Li, I.B. Heath & L. Packer, 1993 Семейство Neocallimastigaceae I.B. Heath, 1983 Тип Мухълови гъби (Zygomycota) C. Moreau, 1954 Клас Trichomycetes Разред Harpellales Семейство Harpellaceae Семейство Legeriomycetaceae Клас Зигомицетови гъби (Zygomycetes) Разред Dimargaritales Семейство Dimargaritaceae Разред Endogonales Семейство Endogonaceae Разред Entomophthorales Семейство Ancylistaceae Семейство Basidiobolaceae Семейство Completoriaceae Семейство Entomophthoraceae Семейство Meristacraceae Семейство Neozygitaceae Разред Kickxellales Семейство Kickxellaceae Разред Mortierellales Семейство Mortierellaceae Разред Мукорови (Mucorales) Семейство Choanephoraceae Семейство Cunninghamellaceae Семейство Mucoraceae Семейство Mycotyphaceae Семейство Phycomycetaceae Семейство Pilobolaceae Семейство Radiomycetaceae Семейство Syncephalastraceae Семейство Umbelopsidaceae Разред Zoopagales Семейство Cochlonemataceae Семейство Helicocephalidaceae Семейство Piptocephalidaceae Семейство Sigmoideomycetaceae Семейство Zoopagaceae Подцарство Висши гъби (Dikarya) Hibbett, T.Y. James & Vilgalys (2007) Тип Торбести гъби (Ascomycota) Caval-Sm, 1998 Подтип Пезизомикотини (Pezizomycotina) O.E. Erikss. & Winka, 1997 Клас Arthoniomycetes O.E. Erikss & Winka, 1997 Разред Arthoniales Henssen, D. Hawksw & O.E. Erikss, 1986 Семейство Arthoniaceae Rchb, 1941 Семейство Chrysothricaceae Zahlbr., 1905 Семейство Melaspileaceae W. Watson, 1929 Семейство Roccellaceae (Chevall., 1826) Клас Dothideomycetes Разред Acrospermales Семейство Acrospermaceae Разред Botryosphaeriales Семейство Botryosphaeriaceae Разред Capnodiales Семейство Antennulariellaceae Семейство Asterinaceae Семейство Capnodiaceae Семейство Davidiellaceae Семейство Euantennariaceae Семейство Metacapnodiaceae Семейство Mycosphaerellaceae Семейство Piedraiaceae Семейство Schizothyriaceae Семейство Teratosphaeriaceae Разред Dothideales Семейство Coccoideaceae Семейство Dothideaceae Семейство Dothioraceae Семейство Planistromellaceae Разред Hysteriales Семейство Hysteriaceae Разред Jahnulales Семейство Aliquandostipitaceae Разред Meliolales Семейство Meliolaceae Разред Microthyriales Семейство Aulographaceae Семейство Leptopeltidaceae Семейство Microthyriaceae Разред Myriangiales Семейство Cookellaceae Семейство Elsinoaceae Семейство Myriangiaceae Разред Patellariales Семейство Patellariaceae Разред Pleosporales Семейство Arthopyreniaceae Семейство Corynesporascaceae Семейство Cucurbitariaceae Семейство Dacampiaceae Семейство Delitschiaceae Семейство Diademaceae Семейство Didymosphaeriaceae Семейство Dothidotthiaceae Семейство Fenestellaceae Семейство Leptosphaeriaceae Семейство Lophiostomataceae Семейство Massarinaceae Семейство Melanommataceae Семейство Montagnulaceae Семейство Mytilinidiaceae Семейство Naetrocymbaceae Семейство Parodiellaceae Семейство Phaeosphaeriaceae Семейство Phaeotrichaceae Семейство Pleomassariaceae Семейство Pleosporaceae Семейство Sporormiaceae Семейство Testudinaceae Семейство Tubeufiaceae Семейство Venturiaceae Семейство Zopfiaceae Разред Trypetheliales Семейство Trypetheliaceae Клас Eurotiomycetes Подклас Chaetothyriomycetidae Разред Chaetothyriales Семейство Chaetothyriaceae Семейство Coccodiniaceae Семейство Herpotrichiellaceae Разред Pyrenulales Семейство Celotheliaceae Семейство Massariaceae Семейство Monoblastiaceae Семейство Пиренулови (Pyrenulaceae) Семейство Requienellaceae Семейство Xanthopyreniaceae Разред Verrucariales Семейство Adelococcaceae Семейство Verrucariaceae Подклас Eurotiomycetidae Разред Arachnomycetales Семейство Arachnomycetaceae Разред Ascosphaerales Семейство Ascosphaeraceae Разред Eurotiales Семейство Elaphomycetaceae Семейство Thermoascaceae Семейство Trichocomaceae Разред Onygenales Семейство Ajellomycetaceae Семейство Arthrodermataceae Семейство Gymnoascaceae Семейство Онигенови (Onygenaceae) Разред Coryneliales Семейство Coryneliaceae Разред Mycocaliciales Tibell & Wedin, 2000 Семейство Mycocaliciaceae Семейство Sphinctrinaceae Клас Laboulbeniomycetes Engler, 1898 Разред Laboulbeniales Engler, 1898 Семейство Ceratomycetaceae S. Colla, 1934 Семейство Euceratomycetaceae I.I. Tav., 1980 Семейство Herpomycetaceae I.I. Tav., 1981 Семейство Laboulbeniaceae G. Winter, 1886 Разред Pyxidiophorales P.F. Cannon, 2001 Семейство Pyxidiophoraceae Arnold, 1971 Клас Lecanoromycetes Разред Acarosporales Семейство Акароспорови (Acarosporaceae) Разред Agyriales Семейство Agyriaceae Семейство Schaereriaceae Разред Baeomycetales Семейство Anamylopsoraceae Семейство Baeomycetaceae Семейство Trapeliaceae Разред Candelariales Семейство Candelariaceae Разред Lecanorales Семейство Aphanopsidaceae Семейство Arctomiaceae Семейство Biatorellaceae Семейство Brigantiaeaceae Семейство Calycidiaceae Семейство Catillariaceae Семейство Cladoniaceae Семейство Crocyniaceae Семейство Dactylosporaceae Семейство Ectolechiaceae Семейство Gypsoplacaceae Семейство Haematommataceae Семейство Hymeneliaceae Семейство Lecanoraceae Семейство Megalariaceae Семейство Mycoblastaceae Семейство Parmeliaceae Семейство Pilocarpaceae Семейство Psoraceae Семейство Ramalinaceae Семейство Sarrameanaceae Семейство Scoliciosporaceae Семейство Sphaerophoraceae Семейство Stereocaulaceae Семейство Tephromelataceae Разред Lecideales Семейство Lecideaceae Семейство Porpidiaceae Разред Ostropales Nannf., (1932) Семейство Asterothyriaceae Семейство Coenogoniaceae (Fr.) Stizenb., (1862) Семейство Gomphillaceae W. Watson ex Hafellner, (1984) Семейство Graphidaceae Dumort., (1822) Семейство Gyalectaceae Stizenb., 1862 Семейство Myeloconidiaceae Семейство Odontotremataceae Семейство Phlyctidaceae Poelt ex J.C.David & D.Hawksw., (1991) Семейство Porinaceae Reichenb., (1828) Семейство Stictidaceae Fr., (1849) Семейство Thelotremataceae Разред Peltigerales Семейство Coccocarpiaceae Семейство Collemataceae Семейство Lobariaceae Семейство Massalongiaceae Семейство Nephromataceae Семейство Pannariaceae Семейство Peltigeraceae Семейство Placynthiaceae Разред Pertusariales M. Choisy ex D. Hawksw. & O.E. Erikss., (1986) Семейство Agyriaceae Семейство Coccotremataceae Henssen ex J.C. David & D. Hawksw., (1991) Семейство Icmadophilaceae Triebel, (1993) Семейство Megasporaceae Lumbsch, Feige & K. Schmitz, (1994) Семейство Ochrolechiaceae R.C. Harris ex Lumbsch & I. Schmit, 2006 Семейство Pertusariaceae G. W. Körber & Körber, 1822 Разред Rhizocarpales Семейство Rhizocarpaceae Разред Teloschistales(Разред) Семейство Caliciaceae Семейство Letrouitiaceae Семейство Megalosporaceae Семейство Microcaliciaceae Семейство Physciaceae Семейство Ropalosporaceae Семейство Teloschistaceae Разред Umbilicariales Семейство Elixiaceae Семейство Fuscideaceae Семейство Ophioparmaceae Семейство Rhizoplacopsidaceae Семейство Umbilicariaceae Клас Leotiomycetes Разред Cyttariales Семейство Cyttariaceae Разред Erysiphales Семейство Erysiphaceae Разред Helotiales Семейство Ascocorticiaceae Семейство Dermateaceae Семейство Geoglossaceae Семейство Helotiaceae Семейство Hemiphacidiaceae Семейство Hyaloscyphaceae Семейство Loramycetaceae Семейство Phacidiaceae Семейство Rutstroemiaceae Семейство Sclerotiniaceae Семейство Vibrisseaceae Разред Leotiales Семейство Bulgariaceae Семейство Leotiaceae Разред Rhytismatales Семейство Ascodichaenaceae Семейство Cudoniaceae Семейство Rhytismataceae Разред Thelebolales Семейство Thelebolaceae Клас Lichinomycetes V. Reeb, Lutzoni & C. Roux, 2004 Разред Lichinales Семейство Gloeoheppiaceae Семейство Heppiaceae Семейство Lichinaceae Семейство Peltulaceae Клас Orbiliomycetes O.E. Erikss. & Baral, 2003 Разред Orbiliales Baral, O.E. Erikss, Marson & Weber, 2003 Семейство Orbiliaceae Nannf., 1932 Клас Пезизомицети (Pezizomycetes) Разред Pezizales Семейство Ascobolaceae Семейство Ascodesmidaceae Семейство Caloscyphaceae Семейство Carbomycetaceae Семейство Chorioactidaceae Семейство Discinaceae Семейство Glaziellaceae Семейство Helvellaceae Семейство Karstenellaceae Семейство Morchellaceae Семейство Pezizaceae Семейство Pyronemataceae Семейство Rhizinaceae Семейство Sarcoscyphaceae Семейство Sarcosomataceae Семейство Tuberaceae Клас Сордариомицети (Sordariomycetes) Разред Boliniales Семейство Boliniaceae Семейство Catabotrydaceae Разред Calosphaeriales Семейство Calosphaeriaceae Семейство Pleurostomataceae Разред Chaetosphaeriales Семейство Chaetosphaeriaceae Разред Coniochaetales Семейство Coniochaetaceae Разред Coronophorales Семейство Bertiaceae Семейство Chaetosphaerellaceae Семейство Nitschkiaceae Разред Diaporthales Семейство Cryphonectriaceae Семейство Diaporthaceae Семейство Gnomoniaceae Семейство Melanconidaceae Семейство Melogrammataceae Семейство Pseudovalsaceae Семейство Schizoparmaceae Семейство Sydowiellaceae Семейство Togniniaceae Семейство Valsaceae Разред Hypocreales