Класификацията на протистите по-долу е въведена от Ернст Хекел през 1866 г. и включва всички семейства на царство Протисти (Protista).
Класификация Царство Протисти
Подцарство Unikonta (Sarcomastigota) Cavalier-Smith, 1987 Тип Amoebozoa Cavalier-Smith, 1998 Подтип Conosa Инфратип Archamoebae Cavalier-Smith, 1983 Клас Archamoebea Разред Mastigamoebida Семейство Mastigamoebidae Семейство Endolimacidae Разред Pelobiontida Семейство Pelomyxidae Greef, 1874 Семейство Entamoebidae Инфратип Mycetozoa Клас Stelamoebea Разред Protostelida Семейство Protosteliidae Семейство Cavosteliidae Разред Dictyosteliida Семейство Acytosteliidae Семейство Dictyosteliidae Клас Myxogastrea Разред Parastelida Семейство Ceratiomyxidae Разред Echinosteliida Семейство Echinosteliidae Семейство Clastodermidae Разред Liceida Семейство Listerellidae Семейство Liceidae Семейство Enteridiidae Разред Trichiida Семейство Dianemidae Семейство Trichiidae Разред Stemonitida Семейство Stemonitidae Разред Physarida Семейство Elaeomyxidae Семейство Physaridae Семейство Didymiidae Подтип Lobosa (Lobosea) Клас Discosea Разред Dermamoebida Семейство Thecamoebidae Разред Glycostylida Семейство Vannellidae Семейство Multiciliidae Семейство Vexilliferidae Семейство Paramoebidae Разред Himatismenida Семейство Cochliopodiidae Клас Tubulinea Разред Arcellinida Подразред Arcellina Семейство Arcellidae Семейство Microchlamyiidae Семейство Microcoryciidae Подразред Difflugiina Семейство Centropyxidae Семейство Difflugiidae Семейство Distomatopyxidae Семейство Heleoperidae Семейство Hyalospheniidae Семейство Lamtopyxidae Семейство Lesquereusiidae Семейство Nebelidae Семейство Paraquadrulidae Семейство Plagiopyxidae Семейство Trigonopyxidae Подразред Phryganellina Семейство Cryptodifflugiidae Семейство Phryganellidae Разред Leptomyxida Семейство Flabellulidae Семейство Leptomyxidae Разред Tubulinida Семейство Amoebidae Семейство Hartmannellidae Подтип Protamoebae Клас Breviatea Разред Breviatida Клас Variosea Разред Centramoebida Семейство Acanthamoebidae Семейство Balamuthiidae Разред Phalansteriida Семейство Phalansteriidae Разред Varipodida Семейство Gephyramoebidae Семейство Filamoebidae Тип Choanozoa Cavalier-Smith 1981 Подтип Choanofila Клас Choanoflagellatea Разред Choanoflagellida Семейство Codonosigidae Семейство Salpingoecidae Разред Acanthoecida Семейство Acanthoecidae Клас Filasterea Разред Ministeriida Семейство Capsasporidae Семейство Ministeriidae Клас Ichthyosporea Разред Dermocystida Семейство Dermocystidae Разред Ichthyophonida Семейство Ichthyophonida Подтип Cristidiscoidia Клас Discicristoidea Разред Fonticulida Семейство Fonticulidae Разред Nucleariida Семейство Nucleariidae Семейство Pompholyxophryidae Подцарство Bikonta (Biciliata) Cavalier-Smith, 2002 Archaeplastida (Primoplantae) Sina Adl, 2005 Отдел Glaucophyta Heinrich L. Skuja, 1954 Клас Glaucophyceae Bohlin, 1901 Разред Glaucocystales Bessey, 1907 Семейство Glaucocystaceae G.S. West, 1904 Отдел Червени водорасли (Rhodophyta) Wettstein, 1922 Подотдел Cyanidiophytina Клас Cyanidiophyceae Разред Cyanidiales Семейство Cyanidiaceae Geitler, 1935 Семейство Galdieriaceae Подотдел Eurhodophytina Клас Bangiophyceae Wettst., 1901 Разред Bangiales Семейство Bangiaceae Семейство Boldiaceae Разред Goniotrichales Skuja, 1939 Семейство Goniotrichaceae Клас Florideophyceae Cronquist, 1960 Подклас Hildenbrandiophycidae Разред Hildenbrandiales Pueschel & Cole, 1982 Семейство Hildenbrandiaceae Rabenhorst, 1868 Подклас Nemaliophycidae Разред Acrochaetiales Семейство Acrochaetiaceae Разред Batrachospermales Семейство Lemaneaceae Разред Balliales Семейство Balliaceae Разред Balbianiales Sheath & K.M. Müller, 1999 Семейство Balbianiaceae Разред Corallinales Семейство Коралинови (Corallinaceae) Lamouroux, 1812 Разред Colaconematales Семейство Colaconemataceae Разред Nemaliales Семейство Galaxauraceae Семейство Liagoraceae Семейство Scinaiaceae Разред Palmariales Семейство Palmariaceae Разред Rhodogorgonales Семейство Rhodogorgonaceae Разред Thoreales Семейство Thoreaceae Подклас Ahnfeltiophycidae Разред Ahnfeltiales Семейство Ahnfeltiaceae Разред Pihiellales Семейство Pihiellaceae Подклас Rhodymeniophycidae Разред Bonnemaisoniales Семейство Bonnemaisoniaceae Разред Gigartinales F. Schmitz, 1892 Семейство Acrotylaceae Семейство Areschougiaceae Семейство Blinksiaceae Семейство Calosiphonaceae Семейство Catenellopsidaceae Семейство Caulacanthaceae Семейство Chondriellaceae Семейство Choreocolacaceae Семейство Corynocystaceae Семейство Crossocarpaceae Семейство Cruoriaceae Семейство Cubiculosporaceae Семейство Cystocloniaceae Семейство Dicranemataceae Семейство Dumontiaceae Семейство Endocladiaceae Семейство Furcellariaceae Семейство Gainiaceae Семейство Gigartinaceae Семейство Gloiosiphoniaceae Семейство Haemeschariaceae Семейство Hypneaceae Семейство Kallymeniaceae Семейство Mychodeaceae Семейство Mychodeophyllaceae Семейство Nizymeniaceae Семейство Phacelocarpaceae Семейство Phyllophoraceae Семейство Polyidaceae Семейство Rhizophyllidaceae Семейство Rissoellaceae Семейство Schmiziellaceae Семейство Solieriaceae Семейство Sphaerococcaceae Семейство Tichocarpaceae Разред Gelidiales Семейство Гелидиеви (Gelidiaceae) Семейство Gelidiellaceae Семейство Pterocladiaceae Разред Gracilariales Семейство Gracilariaceae Семейство Pterocladiophilaceae Разред Halymeniales Семейство Halymeniaceae Разред Rhodymeniales F. Schmitz & Engl, 1892 Семейство Champiaceae Семейство Faucheaceae Семейство Hymenocladiaceae Семейство Lomentariaceae Семейство Rhodymeniaceae Разред Nemastomatales Kylin, 1925 Семейство Nemastomataceae Семейство Schizymeniaceae Разред Plocamiales Семейство Plocamiaceae Семейство Sarcodiaceae Разред Ceramiales Семейство Ceramiaceae Семейство Delesseriaceae Подотдел Rhodophytina Клас Compsopogonophyceae Разред Compsopogonales Skuja, 1939 Семейство Compsopogonaceae F. Schmitz, 1896 Разред Rhodochaetales Семейство Rhodochaetaceae Разред Erythropeltidales Garbary, G.I. Hansen & Scagel, 1980 Семейство Erythropeltidaceae Семейство Erythrotrichiaceae G.M. Smith, 1933 Клас Porphyridiophyceae Kylin, 1937 Разред Porphyridiales Kylin, 1937 Семейство Phragmonemataceae Skuja, 1939 Семейство Porphyridiaceae Kylin, 1937 Клас Rhodellophyceae Cavalier-Smith, 1998 Разред Dixoniellales Семейство Dixoniellaceae Разред Glaucosphaerales Семейство Glaucosphaeraceae Skuja, 1954 Разред Rhodellales Семейство Rhodellaceae Клас Stylonematophyceae Разред Rufusiales Zuccarello & J.A. West, 2008 Семейство Rufusiaceae Zuccarello & J.A. West, 2008 Разред Stylonematales Семейство Stylonemataceae Подотдел Metarhodophytina Клас Compsopogonophyceae G.W. Saunders & Hommersand, 2004 Разред Compsopogonales Skuja, 1939 Семейство Boldiaceae Семейство Compsopogonaceae Разред Erythropeltidales Garbary, 1980 Семейство Erythrotrichiaceae Разред Rhodochaetales Bessey, 1907 Семейство Rhodochaetaceae Хромалвеолата (Chromalveolata) Sina Adl, 2005 Хромисти (Chromista) Cavalier-Smith, 1981 Отдел Heterokontophyta (Heterokonta) Cavalier-Smith, 1986 Клас Actinochrysophyceae Cavalier-Smith, 1995 Подклас Abaxodinae Mikrjukov, 2001 Надразред Actinodinea Mikrjukov, 2001 Разред Actinophryida Hartmann, 1913 Семейство Actinophryidae Разред Ciliophryida Febvre-Chevalier, 1985 Семейство Ciliophryidae Poche, 1913 Разред Pedinellales Zimmermann, Moestrup & G. Hällfors, 1984 Семейство Cyrtophoraceae Pascher, 1911 Семейство Pedinellaceae Pascher, 1910 Надразред Rhizochromulinea O'Kelly & Wujek, 1995 Разред Rhizochromulinales O'Kelly & Wujek, 1994 Семейство Rhizochromulinaceae O'Kelly & Wujek, 1994 Подклас Silicophycidae Rothmaler, 1951 Разред Dictyochales Haeckel, 1894 Семейство Dictyochaceae Lemmermann, 1901 Клас Кремъчни водорасли (Bacillariophyceae, Bacillariophyta) Haeckel 1878 Подклас Eunotiophycidae Разред Eunotiales Семейство Eunotiaceae Семейство Peroniaceae Клас Bicoecea (Bicosoecea) Разред Anoecales Cavalier-Smith, 1997 Разред Bicoecales Grasse & Deflandre, 1952 Клас Bolidophyceae Разред Bolidomonadales Семейство Bolidomonadaceae Клас Златисти водорасли (Chrysophyceae, Chrysophyta) Разред Chromulinales Семейство Chrysamoebaceae Клас Еустигматови водорасли (Eustigmatophyceae, Eustigmatophyta) Hibberd & Leedale, 1971 Разред Eustigmatales Hibberd, 1981 Семейство Chlorobothryaceae Семейство Eustigmataceae Семейство Loboceae Семейство Monodopsidaceae Семейство Pseudocharaciopsidaceae Клас Hyphochytridiomycetes Разред Hyphochytriales Семейство Hyphochytriaceae Семейство Rhizidiomycetaceae Клас Labyrinthulomycetes Dick, 2001 Разред Labyrinthulids Разред Thraustochytrids Клас Оомицетови гъби (Oomycetes) G. Winter, 1880 Разред Albuginales Семейство Albuginaceae Разред Lagenismatales Семейство Lagenismataceae Разред Leptomitales Семейство Apodachlyellaceae Семейство Ducellieriaceae Семейство Leptolegniellaceae Семейство Leptomitaceae Разред Myzocytiopsidales Семейство Crypticolaceae Семейство Ectrogellaceae Семейство Myzocytiopsidaceae Семейство Pontismataceae Семейство Sirolpidiaceae Разред Olpidiopsidales Семейство Olpidiopsidaceae Разред Peronosporales Семейство Peronosporaceae Разред Pythiales Семейство Pythiaceae Семейство Pythiogetonaceae Разред Rhipidiales Семейство Rhipidiaceae Разред Salilagenidiales Семейство Salilagenidiaceae Разред Saprolegniales Семейство Saprolegniaceae Клас Opalinea Разред Opalinida Семейство Opalinidae Claus, 1874 Клас Pelagophyceae Andersen & Saunders, 1993 Разред Pelagomonadales Andersen & Saunders, 1993 Семейство Pelagomonadaceae Разред Sarcinochrysidales Gayral & Billard, 1977 Семейство Sarcinochrysidaceae Клас Кафяви водорасли (Phaeophyceae, Phaeophyta) Kjellman, 1891 Разред Ascoseirales Petrov, 1964 Семейство Ascoseiraceae Разред Cutleriales Bessey, 1907 Семейство Cutleriaceae Разред Desmarestiales Setchell & Gardner, 1925 Семейство Arthrocladiaceae Семейство Desmarestiaceae Разред Dictyotales Bory de Saint-Vincent, 1828 Семейство Dictyotaceae Семейство Scoresbyellaceae Разред Discosporangiales Семейство Choristocarpaceae Разред Ectocarpales Bessey, 1907 Семейство Acinetosporaceae Семейство Adenocystaceae Семейство Chordariaceae Семейство Chordariopsidaceae Семейство Ectocarpaceae Семейство Mesosporaceae Семейство Myrionemataceae Семейство Pylaiellaceae Разред Fucales Bory de Saint-Vincent, 1827 Семейство Bifurcariopsidaceae Семейство Durvillaeaceae Семейство Фукови (Fucaceae) Семейство Himanthaliaceae Семейство Hormosiraceae Семейство Notheiaceae Семейство Саргасови (Sargassaceae) Семейство Seirococcaceae Разред Ishigeales G.Y. Cho & Boo, 2004 Семейство Ishigeaceae Разред Laminariales Migula, 1909 Семейство Akkesiphycaceae Семейство Alariaceae Семейство Chordaceae Семейство Costariaceae Семейство Ламинариеви (Laminariaceae) Семейство Lessoniaceae Семейство Pseudochordaceae Разред Nemodermatales M. Parente, R.L. Fletcher, F. Rousseau & N. Phillips, 2008 Семейство Nemodermataceae Разред Onslowiales Draisma & Prud'homme van Reine, 2008 Семейство Onslowiaceae Разред Ralfsiales Nakamura, 1972 Семейство Neoralfsiaceae Семейство Ralfsiaceae Разред Scytosiphonales Feldmann, 1949 Семейство Chnoosporaceae Семейство Scytosiphonaceae Разред Scytothamnales A.F. Peters & M.N. Clayton, 1998 Семейство Scytothamnaceae Семейство Splachnidiaceae Разред Sphacelariales Migula, 1909 Семейство Sphacelariaceae Семейство Stypocaulaceae Разред Sporochnales Sauvageau, 1926 Семейство Sporochnaceae Разред Syringodermatales E.C. Henry, 1984 Семейство Syringodermataceae Разред Tilopteridales Bessey, 1907 Семейство Halosiphonaceae Семейство Masonophycaceae Семейство Phyllariaceae Семейство Stschapoviaceae