Съветският съюз подписва пакт за ненападение с Нацистка Германия на 23 август 1939 г. В допълнение към клаузата за ненападение, договорът включва секретен протокол за разделяне на териториите на Румъния, Полша, Литва, Латвия, Естония, Беларус, Украйна и Финландия на немска и съветска сфери на влияние, като това предполага „териториални и политически преразпределения“ на тези страни. Йосиф Сталин и Адолф Хитлер по-късно водят преговори за съветско присъединяване към силите на Оста.

Германия напада Полша на 1 септември 1939 г. Сталин изчаква до 17 септември преди да започне свое нападение над Полша. Част от районите на Карелия и Сала във Финландия са анексирани от Съветския съюз след Съветско-финландската война. Тя е последвана от съветска анексация на Естония, Латвия, Литва и части от Румъния (Бесарабия, северна Буковина и Херца). Едва през 1989 г. Съветския съюз признава съществуването на секретния протокол към Немско-съветския пакт във връзка с планираното разделяне на тези територии. Инвазията в Буковина нарушава пакта Молотов-Рибентроп, тъй като е отвъд съветската сфера на влияние, която е договорена с Оста.Brackman, Roman. The Secret File of Joseph Stalin: A Hidden Life (Psychology Press, 2001) p. 341, ISBN:978-0-71465-050-0

На 22 юни 1941 г. Хитлер започва атака срещу Съветския съюз. Сталин е убеден, че общите съюзнически войски евентуално ще спрат Германия и със Заем-наем от Запада, съветите спират Вермахта на 30 километра от Москва. В следващите четири години Съветския съюз отблъсква атаки на Оста, като битката при Сталинград и Битката при Курск и на свой ред провежда офанзиви като Висло-Одерската операция.

По-голямата част от съветските боеве се състоят на Източния фронт— включително продължителната война с Финландия, но също така и окупирането на Иран (август 1941) в сътрудничество с британците и по-късно през войната атаката над Япония (август 1945), с която съветите имат погранични конфликти до 1939 г..

Сталин се среща с Уинстън Чърчил и Франклин Рузвелт на Техеранската конференция и започва да се дискутира война на два фронта срещу Германия и бъдещето на Европа след войната. Берлин най-накрая пада през април 1945. Отклоняването на немската инвазия и настояването за победа на Източния фронт изисква огромни жертви от Съветския съюз, които имат най-много военни жертви през войната, губейки повече от 20 милиона души.

Пакт с Адолф Хитлер

През август 1939 г. Сталин приема предложението на Хитлер за пакт за ненападение с Германия, договорен от министрите на външните работи Вячеслав Молотов за СССР и Йоаким фон Рибентроп за Германия. Официално е само пакт за ненападение, но към него има секретен протокол, според който цяла Източна Европа се разделя на немска и съветска сфери на влияние.Encyclopædia Britannica, German-Soviet Nonaggression Pact, 2008Text of the Nazi-Soviet Non-Aggression Pact , executed 23 August 1939 На СССР е обещана източната част на Полша, тогава населена главно с украинци и беларуси, в случай на нейното разпадане, а Германия признава Латвия, Естония и Финландия като част от съветската сфера на влияние, а Литва е добавена във втори секретен протокол от септември 1939 г.Christie, Kenneth, Historical Injustice and Democratic Transition in Eastern Asia and Northern Europe: Ghosts at the Table of Democracy, RoutledgeCurzon, 2002, ISBN:0-7007-1599-1 Друга клауза на пакта е, че Бесарабия, тогава част от Румъния трябва да се присъедини към Молдавската ССР и да стане Молдовска ССР под контрола на Москва.

Пактът е подписан два дни след разпада на съветските военни преговори с британските и френските представители през август 1939 г. върху потенциален Френско-английско-съветски съюз.Lionel Kochan. The Struggle For Germany. 1914 – 1945. New York, 1963 Политическите дискусии се прекратяват на 2 август, когато Молотов казва, че те не могат да ги продължат докато няма напредък по отношение на военните преговори по-късно през август, след като преговорите блокират на гаранциите за балтийските държави,Michael Jabara Carley (1993). End of the 'Low, Dishonest Decade': Failure of the Anglo-Franco-Soviet Alliance in 1939. Europe-Asia Studies 45 (2), 303 – 341. докато военните преговори, за които Молотов настоява започват на 11 август. В същото време Германия, с която СССР започва тайни преговори на 29 юлиFest, Joachim C., Hitler, Houghton Mifflin Harcourt, 2002, ISBN:0-15-602754-2, page 588Ulam, Adam Bruno,Stalin: The Man and His Era, Beacon Press, 1989, ISBN:0-8070-7005-X, page 509 – 10Shirer, William L., The Rise and Fall of the Third Reich: A History of Nazi Germany, Simon and Schuster, 1990 ISBN:0-671-72868-7, page 503 смята, че може да предложи на съветите много по-добри условия от Великобритания и Франция, като Рибентроп твърди, че „няма проблем между балтийско и Черно море, който да не може да бъде разрешен между двама ни.“Fest, Joachim C., Hitler, Harcourt Brace Publishing, 2002 ISBN:0-15-602754-2, page 589 – 90Vehviläinen, Olli, Finland in the Second World War: Between Germany and Russia, Macmillan, 2002, ISBN:0-333-80149-0, page 30 Германските представители казват, че за разлика от Великобритания, Германия може да позволи на руснаците да продължат развитието си необезпокоявано и че „има общ елемент в идеологията на Германия, Италия и Съветския съюз: опозицията на капиталистическите демокрации на Запад“.Bertriko, Jean-Jacques Subrenat, A. and David Cousins, Estonia: Identity and Independence, Rodopi, 2004, ISBN:90-420-0890-3 page 131 По това време Молотов получава информация относно англо-германски преговори и песимистичен рапорт от съветския посланик във Франция.

След несъгласие относно искането на Сталин да премести войските на Червената армия в посока Полша и Румъния (на което Полша и Румъния се противопоставят), на 21 август СССР предлага отлагане на военните разговори под претекста, че липсва старши съветски персонал на разговорите във връзка с есенните маневри на съветските сили, макар че основната причина е, че направен напредък в съветско-германските преговори. Същият ден Сталин получава уверение от Германия, че би одобрила секретен протокол към пакта за ненападение, който би гарантирал съветска земя в Полша, балтийските страни, Финландия и Румъния, след което Сталин телеграфира на Хитлер същата вечер, че съветите искат да подпишат пакта и че ще приемат Рибентроп на 23 август.Shirer, William L., The Rise and Fall of the Third Reich: A History of Nazi Germany, Simon and Schuster, 1990 ISBN:0-671-72868-7, pages 528 По отношение на по-големия въпрос за колективната сигурност, някои историци твърдят, че една от причините Сталин да реши да изостави доктрината е оформянето на неговите възгледи за Франция и Великобритания от тяхното влизане в Мюнхенското споразумение и последвалият неуспешен опит да предотвратят Немската окупация на Чехословакия.Max Beloff The Foreign Policy of Soviet Russia. vol. II, I936-41. Oxford University Press, 1949. p. 166, 211.Например в статията си От Мюнхен до Москва, Едуард Халет Кар обяснява причините зад подписването на пакта за ненападение между СССР и Германия по следния начин: От 1934 г. СССР твърдо вярва, че Хитлер ще започне война някъде в Европа: страшилището за съветската политика е, че това може да бъде война между Хитлер и СССР, а западните сили да бъдат неутрални или да запазят благосклонно мълчание в полза на Хитлер. За да се служи това страшно действие една от трите алтернативи трябва да предвиди: (i) война срещу Германия, в която западните сили да се съюзят със СССР (това е първия избор и принципната цел на съветската политика от 1934 до 1938); (2) война между Германия и западните сили, в която СССР би бил неутрална (това е ясно намекнато в статия във вестник Правда от 21 септември 1938 г. и в речта на Молотов на 6 ноември 1938 г. и става алтернативна политика (i) след март 1939 г., макар че избора не е окончателен до август 1939 г.); и (3) война между Германия и западните сили с Германия в съюз със СССР (това никога не става специфична цел на съветската политика, макар че откритието, че Хитлер би могъл да получи цената за съветската неутралност, превръща СССР де факто в, макар и не войнствен, партньор на Германия от август 1939 г. до, във всеки случай, лятото на 1940)., виж E. H. Carr., From Munich to Moscow. I., Soviet Studies, Vol. 1, No. 1, (юни 1949), pp. 3 – 17. Taylor & Francis, Ltd.Този възглед е оспорен от Вернер Мазер и Дмитрий Волкогонов Сталин може също да вижда пакта като печелене на време при евентуална война с Хитлер, за да може да подсили съветската армия и да измести съветските граничи по на запад, което от военна гледна точка би било предимство при такава война.Yuly Kvitsinsky. Russia-Germany: memoirs of the future, Moscow, 2008 ISBN:5-89935-087-3, p.95

Сталин и Рибентроп прекарват по-голямата част от нощта, в която е подписан пакта за обмяната на приятелски истории за световните дела и шеги (рядкост за Рибентроп) за британската слабост и двамата дори се шегуват за това как Антикоминтерновия пакт принципно плаши „британските търговци.“Shirer, William L., The Rise and Fall of the Third Reich: A History of Nazi Germany, Simon and Schuster, 1990 ISBN:0-671-72868-7, pages 541 По-късно вдигат наздравици, като Сталин предлага тост за здравето на Хитлер, а Рибентроп предлага тост за Сталин.

Разделянето на Източна Европа и други инвазии

На 1 септември 1939 г. с немското нападение над Полша започва Втората световна война. На 17 септември Червената армия напада източна Полша и окупира полските територии, които са ѝ определени според пакта Рибентроп-Молотов, последвано от координация с немските сили в Полша. Единадесет дни по-късно секретния протокол от пакта Рибентроп-Молотов е променен, позволявайки на Германия по-голяма част от Полша, докато дава по-голямата част от Литва на Съветския съюз. Съветската част лежи на изток от така наречената Линия Кързън, етнографска граница между Русия и Полша, начертана от комисията на Парижката мирна конференция през 1919 г.

След като отвеждат около 300 000 полски затворника през 1939 и началото на 1940 г.obozy jenieckie zolnierzy polskich (Prison camps for Polish soldiers) Encyklopedia PWN. Посетен на 28 ноември 2006.Edukacja Humanistyczna w wojsku . 1/2005. Dom wydawniczy Wojska Polskiego. ISSN:1734 – 6584. (Официална публикация на полската армия)Молотов на V сессии Верховного Совета 31 октября цифра „примерно 250 тыс.“Отчёт Украинского и Белорусского фронтов Красной Армии Мельтюхов, с. 367. офицери от НКВД провеждат дълги разпити на затворниците в лагери, които са, всъщност са процес на подбор, който да определи кой да бъде убит.Fischer, Benjamin B., "The Katyn Controversy: Stalin's Killing Field ", Studies in Intelligence, Winter 1999 – 2000. На 5 март 1940 г. съгласно бележка до Сталин от Лаврентий Берия, членове на съветското Политбюро (включително Сталин) подписват заповед за екзекутиране на 25 700 полски военнопленници определени като „националисти и контрареволюционери“, държани в лагери и затвори в окупираните западна Украйна и Беларус.Извадки от разговор No. 13 на Политбюро на ЦК на КПСС, издаващо заповедта на 5 март 1940 г. online , посетен на 19 декември 2005, оригинал на руски с английски превод Този разстрел става известен като Катинско клане.George Sanford, Google Books, p. 20 – 24. Генерал-майор Василий Блохин, главен екзекутор на НКВД лично разстрелва 6000 от пленените полски офицери за 28 дни, което остава едно от най-организираните и продължителни масови убийства от един индивид. По време на 29-годишната си кариера Блохин застрелва приблизително 50 000 души,,Katyn executioners named Gazeta Wyborcza. 15 декември 2008 правейки ги най-кървавия официален екзекутор в записаната история. По-късно, когато германците овладят района на Катин разкриват масовите гробове и се назначава международна комисия, в която участват и български специалисти, която да определи извършителя на разстрелите. Впоследствие българските специалисти са съдени от Народния съд за участието си в тази комисия.