Лишена от сигурния доход, който левантийската търговия ѝ е осигурявала в миналото, сериозно застрашена от османските турци в своите отвъдморски територии, заобиколена от все по-силни и национални европейски сили и преди всичко все по-открито враждебни към нейната автономия, Венецианската република се съсредоточава върху защитата на владенията си, като в същото време тръгва към бавен политически упадък. Ако през XVII век тя все още е валидно ангажирана във войните за защита на своите морски граници и все още е способна не само да се изправи срещу турците в защитата на последната си голяма колония Кандия (о-в Крит), но дори да премине в контраатака със завладяването на Мореа, то през XVIII век тя е сведена до италианска регионална сила, все по-укрепена в позиции на неутралитет и защита на съществуващото, които обаче не я предпазват от наполеоновото нашествие.

XVII век

Венеция срещу Испанияː Война за Градиска, заговор на Бедмар и Война за Валтелина

На 10 януари 1606 г. дож става Леонардо Донато. Той незабавно трябва да се изправи пред папските претенциите относно събитията при управлението на предишния дож, които провокират интердикта на папа Павел V. Републиката отговаря, като назначава свой богословски съветник – фра Паоло Сарпи, който излага в протест причините за невалидността на папския акт, призовавайки духовенството да продължи своите функции под наказание от експулсиране от земите на Венеция. Йезуитите, които не искат да се подчинят на диктата, са изгонени. На 21 април 1607 г., чрез френско посредничество, най-накрая е постигнато споразумение: предаването на двамата арестувани духовници на Кралство Франция в замяна на вдигане на интердикта.

През 1609 г. Галилео Галилей представя на Сеньорията новото си изобретение на камбанарията на „Сан Марко“: телескопа.

Дож Донато умира на 16 юли 1612 г. и е наследен от Маркантонио Мемо на 24 юли. През 1613 г. Венеция започва войната срещу ускоците пирати, защитавани и въоръжени от Австрия, които започват да воюват чрез блокади и изтребителни действия. На 2 януари 1615 г. за дож е избран Джовани Бембо. Към края на годината ускоците опустошават територията на Монфалконе, предизвиквайки реакцията на Венеция, която обявява война на Ерцхерцогство Австрия. Започвайки от града-крепост Палма, венецианците окупират Кормонс, Аквилея, Червиняно, като стигат дотам, че обсаждат стратегическата крепост Градиска в Графство Гориция. Ето защо австрийците преминават в настъпление в Истрия, като окупират северната ѝ част и в същото време подтикват ускоците да атакуват по море. Австрийската офанзива е подновена през 1616 г. в опит да завладее и Южна Истрия, но безуспешно. Междувременно на 24 февруари венецианците се връщат, за да обсадят Градиска, но съпротивата на форта ги принуждава да вдигнат обсадата.

Войната за Градиска се подновява с нова сила през юни 1617 г., когато и австрийският, и венецианският командир падат на полето, докато замъкът е обсаден за трети път, като е близо до падане. В този момент Испания заплашва с намеса. След това, през юли, до Десетте достига новината, че маркизът на Бедмар Алфонсо де ла Куева-Бенавидес – испански посланик, крои заговор срещу правителството, като се снабдява с голяма шпионска мрежа. В този момент Венеция отговаря, като установява контакти с Франция, която предлага да улесни мирните преговори. На 6 ноември в Мадрид е подписан договор, с който статуквото е възстановено. В същото време обаче Адриатическо море е обявено за венецианско море, затворено за всякакви неразрешени военни кораби. След това Републиката се съюзява с Републиката на седемте съединени провинции, влизайки във война с Неаполитанско кралство и въоръжавайки, наред с традиционната Тънка армада от галери, и Голямата армада от ветроходни кораби – въоръжени търговци и кораби, наети от холандци и англичани, за да се изправи срещу испанската сила. Междувременно е в ход планът за заговор, който предвижда морското нападение от страна на испанския флот, подкрепен от вътрешните действия на бунтовниците. Изпълнението на проекта се проваля както през ноември 1617 г., така и през март 1618 г. по случай погребението на дожа.

Управлението на дож Николо Донато е белязано от заговора на Бедмар. На 9 април таен донос потвърждава опасенията на Десетте, които се готвят да реагират. Дожът умира на 9 май; на 12 май Десетте, в разгара на междуцарствието, нареждат арестуването и смъртната присъда на враговете на държавата.

Новият дож на Венеция е Антонио Приули. След това Републиката се опитва да блокира прохода Валтелина за испанците, участващи по това време в Тридесетгодишната война, чрез разпалването на религиозни конфликти в Граубюнден, подновявайки съюза си с холандците през 1619 г. През юли 1620 г., докато се провежда т. нар. „Свещено клане“ – клане на реформираното население във Валтелина от страна на групи католици, ускоцката партизанска война е окончателно изкоренена, като същевременно се слага край на войната с Неапол. Почти по същото време обаче Венеция влиза във войната заедно със Савойците срещу испанците (вж. Война за Валтелина). Последствията от заговора продължават и по време на управлението на дож Приули: през 1622 г. сенаторът Антонио Фоскарини, посланик в Англия, е признат за виновен в шпионаж в полза на Испания и е обесен между колоните на малкия площад във Венеция: след като се разбира няколко месеца по-късно, че е невинен, той е реабилитиран с циркуляр, изпратен до европейските канцеларии.

През 1623 г. за дож е избран Франческо Контарини. По време на неговото управление Венеция се съюзява с Франция срещу Испания.

През 1625 г., когато Джовани I Корнаро става дож, Франция успява да настрои Дания срещу Испания и Империята, разширявайки продължаващия конфликт, но през 1626 г. поради вътрешни трудности е принудена да подпише мирен договор. Следователно Венеция също е принудена да преговаря с испанците, признавайки Валтелина като автономна територия под техен протекторат. Това обаче е само временно примирие: през 1629 г. Републиката се намесва срещу Испания в проблемите, възникнали около наследяването на Херцогство Мантуа, като подсилва флота с наемането на десет кораба, които да бъдат разположени в Армада Гроса.

През 1630 г., докато Николо Контарини е избран за дож, във Венеция се разразява чумна епидемия, пренесена в Италия от ландскнехтите и вероятно пристигнала в града след посланика на Мантуа маркиз Де Стирджис. През октомври Венецианският сенат, по искане на Сеньорията, дава тържествен обет да построи църква в чест на Богородица, ако епидемията спре. Едва през март 1631 г. обаче интензивността ѝ започва да намалява, което позволява да започне строителството на базиликата „Санта Мария дела Салуте“: изчислено е, че смъртните случаи във Венеция са 98 хиляди. Самият дож умира в тези месеци.

Кандийска война

По време на управлението на дож Франческо Ерицо отношенията с турците и техните берберски съюзници започват отново да се влошават: през 1638 г. флотът от венециански ветроходни кораби се сблъсква близо до Вльора (тогава османско военно пристанище) в Адриатическо море с берберските пирати, опитващи се да проникнат във Венецианския залив, и ги разбива, като същевременно бомбардира и града. По-сериозен повод за избухването на война възниква през 1644 г., когато хоспиталиерите нападат османски конвой, натоварен с богатства и жени от харема на султана, който пътува от Константинопол към Александрия. Малтийската флотилия спира в пристанище на Кандия (о-в Крит), за да се снабди с припаси. Турците смятат тази постъпка за открито враждебно действие. През 1645 г. Високата порта събира армия от 50 000 души и 416 кораба, на пръв поглед за да проведе наказателна експедиция в Малта, но за ужас на венецианците турският флот внезапно се появява на 23 юни 1845 г. пред пристанището-крепост Ханя на Крит. Това е краят на 60-годишният период на мир между двете страни и венецианците, които се стараят да не дават на турците повод за война, оставят укрепленията на острова в неподдържано състояние и разчитат не на редовна армия, а на местна милиция.

Франческо да Молин е избран за дож на 20 януари. Мобилизираният венециански флот побеждава турския близо до Негропонт, но до май 1647 г. целият Крит вече е паднал, с изключение на столицата Кандия (Ираклио); за превземането на Кандия започва обсада, която продължава цели 22 години. Венеция, решена да защити последната си колония на всяка цена, упорито продължава битката, побеждавайки турците през 1649 г. във водите на Смирна и през 1651 г. във водите на Парос. Морски сблъсъци има отново многократно през 1654 г. По време на управлението на дож Карло Контарини има нови победи, докато венецианският флот не унищожава турците край Дарданелите.

Управлението на Франческо Корнаро продължава няколко месеца, също белязани от война, като венецианският флот се подготвя за нов опит за форсиране на Дарданелите.

Избран на 15 юни 1656 г., дож Бертучо Валиеро приветства новината, че в разгара на войната венецианският флот, след поредната победа над османския флот на 21 юни, открива достъп до Мраморно море и бомбардира Истанбул. Друга победа е постигната през 1657 г. при Хиос, но сблъсъкът с огромната империя става неравностоен за Републиката, която не се поддържа вече от търговия. Между 17 и 19 юли Венеция е победена по море в сблъсък, в който самият адмирал Ладзаро Мочениго губи живота си.

Управлението на дож Джовани Пезаро стартира 1658 г. То е белязано от подписването на Пиренейския договор в Европа, за да се сложи край на войната между Франция и Испания, което позволява на Венеция да получи нова помощ от Запада. Венецианците дори акостират в Мореа, превземайки Каламата, но скоро трябва да се оттеглят, за да се концентрират върху отбраната на Кандия.

На 16 октомври 1659 г. за дож е избран Доменико II Контарини. През 1661 г. венецианският флот отново побеждава във водите на Милос турците, които са принудени да съсредоточат всичките си усилия върху прекратяването на конфликта. През август 1664 г., с подписването на мирния договор от Вашвар, турците изтеглят войските си от Балканите, съсредоточавайки ги срещу Венеция. След като последната отчаяна венецианска експедиция за повторно завладяване на Крит се проваля през 1666 г., през 1667 г. самият велик везир пристига в Кандия, за да ръководи военните операции на обсада, продължаваща вече деветнадесет години без прекъсване. В града се стичат контингенти от доброволци от цяла Европа. Кандия е описана в тази епоха като напълно унищожена и обезлюдена, но все още способна да устои на непрекъсната капка от бомбардировки, атаки, контраатаки и експлозии на мини, докато с рухването на последните защити не е подписан договор на 5 септември 1669 г. с военна почест. Венеция губи 134 млн. дуката и 30 000 мъже в конфликта, а турците – 80 000 войници и сума от няколко милиона в начинание, което би трябвало да продължи, според плановете им, едва няколко месеца.

Дожът умира през 1674 г. Мастото му е заето от Николо Сагредо. Неговите великолепни празненства и пищността и великолепието на управлението показват политика, обръщаща малко внимание на икономии, необходими за възстановяване след тази дълга и болезнена война.

Последна победаː Морейска експедиция

На 26 август 1676 г. за дож е избран Алвизе Контарини. При неговото управление се разпространяват кафенетата: първото – Кафене „Флориан“ е открито през 1683 г. След падането на Кандия венецианското присъствие в Леванта е сведено само до Йонийските острови, но когато избухва войната между Австрия и Османската империя и турците идват да обсаждат Виена, Венеция се подготвя да воюва отново в старите си води. Затова през 1684 г., за да отблъсне османците, е създадена Свещена лига.