Rijeke Estonije su uglavnom manje dužine i manjeg protoka. Samo 10 rijeka Estonije su duže od 100 km. Rijeka Narva, dužine 77 km koja svojim tokom formira granicu između Estonije i Rusije je rijeka sa najvećom količinom vode a njen protok je veći od protoka svih estonskih rijeka zajedno.
Najduže rijeke su: Võhandu (162 km), Pärnu (144 km), Põltsamaa (135 km), Pedja (122 km) i Keila (116 km).
Najduže rijeke # Naziv Dužina (km) Sliv (km2) 1. Võhandu 162 1,420 2. Pärnu 144 6,920 3. Põltsamaa 135 1,310 4. Pedja 122 2,710 5. Keila 116 682 6. Kasari 112 3,210 7. Piusa 109 796 8. Pirita 105 799 9. Emajõgi 101 9,740 10. Navesti 100 3,000
A Aavoja - Agali - Ahja - Alajõgi - Allika - Ambla - Amme - Angerja potok - Antsla - Apna - Ärma - Aruküla - Atla - Audru - Avaste potok - Avijõgi
E Emajõgi (Embach) - Elbu - Elva - Enge - Erra - Esna
G Gorodenka
H Häädemeeste - Haavakivi - Halliste - Härjapea - Harku potok - Helme - Hilba - Humalaste - Hundikuristiku potok - Hüüru
J Jaama (Struuga) - Jägala - Jänijõgi - Järveotsa potok - Jõelähtme - Jõku - Jurga potok - Juudaoja
K Kääpa - Kalita potok - Kalli - Kargaja - Kärla - Käru - Kasari - Kata - Katku potok - Kavilda - Keila - Kloostri - Kodila - Kohtra - Kolga - Kolga potok - Kõpu - Koosa - Kroodi potok - Kuivajõgi - Kuke - Külge potok - Kulgu - Kullavere - Kunda - Kurina - Kurna potok - Kuura
L Laatre - Laeva - Lahavere potok - Lähkma - Leevi - Leisi - Lemmejõgi - Lemmjõgi - Liivi - Lintsi - Lodja potok - Loo - Loobu - Lõve - Luguse - Luutsna
M Maadevahe - Mädajõgi - Mädara - Mähe potok - Maidla - Massu - Mõra - Munalaskme potok - Mustajõgi - Mustjõgi (Endla) - Mustjõgi (Gauja basin) - Mustjõgi (Jägala basin) - Mustjõgi (Tallinn) - Mustoja (Lahemaa) - Mustvee - Muuga potok
N Nahavere potok - Naravere potok - Narva - Nasva - Nõva - Nurtu - Navesti - Nuutri
O Õhne - Onga - Orajõgi
P Paadrema - Paala - Pääsküla - Pada - Pala - Pale - Paltra - Pärlijõgi - Pärnu - Pede - Pedeli - Pedja - Peeda - Peetri - Penijõgi - Piigaste potok - Piilsi - Pikknurme - Pirita - Piusa - Põduste - Põltsamaa - Porijõgi - Poruni - Prandi - Preedi - Pühajõgi (Ida-Virumaa) - Pühajõgi (Saaremaa) - Punapea - Purtse
R Raasiku - Rannametsa - Rannamõisa - Rannapungerja - Räpu - Raudna - Reiu - Reopalu - Retla - Riguldi
S Saarjõgi - Saki - Saku - Salajõgi - Salla - Salme - Sämi - Sauga - Selja - Sigaste potok - Sillaorsa - Sitapätsi - Sõmeru - Soodla - Sõtke - Struuga (Jaama) - Surju potok - Surjupera potok - Suuremõisa
T Taebla - Tagajõgi - Tänassilma - Tarvastu - Tatra - Teenuse - Timmkanal - Tirtsi - Tiskre potok - Tõdva - Tõlla potok - Toolse - Topi - Tori - Tõrvajõgi - Tõrvanõmme potok - Tõstamaa - Treppoja - Tuhala - Tuudi
U Ulila - Umbusi - Ura - Uueveski potok
V Vääna - Vaemla - Vaidava - Väike Emajõgi - Vainupea - Valgejõgi - Valuoja - Vändra - Vara potok - Vardi - Vardja - Varsaallika potok - Värska potok - Vasalemma - Vaskjõgi - Veelikse potok - Velise - Vigala - Vihterpalu - Visela - Visula - Vodja - Võhandu - Võhkse - Võhu - Võlupe - Vorsti - Võsu
Reference Estonica: The hydrographic network
Estonija