Razdoblje Bosne pod vladavinom Osmanskog Carstva traje od pada Bosanskog Kraljevstva 1463, do Austrougarske okupacije Bosanskog pašaluka 1878. Dolazak osmanlija je važan događaj u historiji Bosne i Hercegovine, i imao je ogromne vjerske, jezičke, kulturne, političke, i vojne posljedice za područje današnje Bosne i Hercegovine. Za vrijeme osmanlijske vladavine islam i judaizam se po prvi put značajno pojavljuju u Bosni dok se pravoslavlje širi na čitav prostor današnje države. U Bosni su utemeljeni gradovi poput Sarajeva i Mostara, a sa njima i izgrađeni arhitektonski objekti poput Starog Mosta i Ferhadije džamije. Savremene granice Bosne i Hercegovine su formirane u ovome dobu.
Osvajanje i širenje (1448–1606)
U proljeće 1448. osmanlije su zauzele tvrđavu Hodidjed i uspostavile prvu stalnu poziciju na području današnje Bosne i Hercegovine u tadašnjoj župi Vrhbosna. Na tom novom području osnovale su Vilajet Hodidjed i priključili ga Skopskom krajištu. Početkom maja 1463. Osmanlije su se preko Skoplja, Kosova i Sjenice spustile na Drinu i stigle u oblasti Pavlovića i Kovačevića, koji su se predali bez otpora. Sultanu Mehmedu II predao se dobro utvrđen grad Bobovac već poslije trećeg dana opsade zbog nekih obećanja, a poslije toga je sultan krenuo preko Visokog na Travnik, a zatim na Jajce, koje se također predalo bez borbe. Bosanski kralj pobjegao je u tvrdu ključku tvrđavu u Bosanskoj krajini i skupljao vojsku. Poslije četverodnevne opsade posljednji bosanski kralj Stjepan Tomašević je kapitulirao i napustio tvrđavu, jer mu je Mahmut-paša zajamčio život. Kralj je odveden u Jajce kod sultana i on je ga nagovorio da naredi svojim kastelanima svojih gradova da se predaju, a zatim ga pogubio zajedno sa Pavlovićem i Kovačevićem. Iste godine su Osmanlije već osnovali Bosanski sandžak i priključili njemu dosada osnovanu teritoriju u tadašnjem Bosanskom kraljevstvu i dijelove Stare Raške.
Već na samom početku, uz obostrani dogovor, godine 1465. Osmanlije su od sjevernih dijelova Bosanskog sandžaka osnovali "Bosansko kraljevstvo", kao neku tampon-zonu ili koridor između svojih i ugarskih posjeda u Bosni. Na čelu je postavljen jedan od potomaka bosanske kraljevske porodice Kotromanić, Matija, koga Turska priznaje izvjesno vrijeme kao legitimnog "kralja Bosne".Imamović, Mustafa, (1997), Historija Bošnjaka, str. 109 Međutim, poslije zauzimanja nekoliko tvrđava koje su se još odupirale vojnoj okupaciji, Osmanlije preuzimaju postepeno potpunu vojnu kontrolu nad zemljom. Do 1465. bosanski plemić herceg Stjepan Vukčić Kosača čak uspostavlja apsolutnu dominaciju bosanske vojske na prostoru južne Bosne, ali biva potisnut i povlači se u svoju tvrđavu u bosanskoj luci Novi, koju je osnovao još kralj Tvrtko, gdje i umire 1466, a Novi se otad po njemu zove Herceg Novi.
Godine 1580. uspostavlja se Bosanski ejalet. Bosanski ejalet je bio pod upravom paše ili begler-bega, a uključivao je u sebi cijelu današnju Bosnu i Hercegovinu, uključujući dijelove koji se danas nalaze u sastavu Hrvatske, Crne Gore i Srbije. Dok su susjedne zemlje bile rascjepkane na više ejaleta, Bosna ostaje jedinstvena zemlja i zadržava teritorijalni integritet kroz cijelo vrijeme osmanlijske okupacije.
Islamizacija Bosne i Hercegovine Islam se prvi put značajno pojavljuje u Bosni sa dolaskom Osmanlija u 15. vijeku. Prelazak na islam je započeo za vrijeme vladavine sultana Murata II (1421-1451) i sultana Mehmeda II (1451-1481), dok je ovaj proces bio najveći u 16. stoljeću. Osmanlije su od kraja 14. stoljeća često prisutni na tlu Bosne. Prvi upadi osmanske vojske desilo se 1386. kada ih je kod rijeke Neretve zaustavila bosanska vojska pod vodstvom vojvode Vlatka Vukovića Zoranić, Hakija, (2009), O etnogenezi Bošnjaka - Bošnjaka, str. 409-410, SvjetlostAličehić, Galešić, (2018), Tragom drevnih Bošnjana, str. 24 Dalji prodori Osmanlija u Bosnu se nastavilo u prve dvije decenije 15. stoljeća. Već su tada povremeno zauzimali Nevesinje, Čajniče, Foču i Pljevlju, a od 1428. su zauzeli Hodidjed i Vrhbosnu (područje današnjeg Sarajeva).Imamović, Enver, (2018), Korijeni i život bosanskog plemstva kroz historiju, str. 143 U ovome periodu se već podižu prve džamije na tlu Bosne. U Sarajevu je 1452. Nesuh-beg sagradio džamiju sa kamenom munarom,Jalimam, Salih, (2002), Historija bosanskih bogomila, str. 186 dok je džamija Turhan Emin-begova u Ustikolini podignuta 1448/49.Mujezinović, Mehmed, (1974), Islamska epigrafika u Bosni i Hercegovini: Istočna i centralna Bosna, str. 506 U prvih nekoliko decenija nakon pada Bosne islam je primilo mali broj stanovnika . Prvi popisni defter iz 1468/69. pokazuje da je na prostoru Bosanskog sandžaka (s dijelovima Hercegovine) živjelo svega 332 kuće muslimana naspram 37.125 kršćanskih kuća. Na popisnom defteru iz 1485. (bez Hercegovačkog sandžaka) dolazi do povećanja broja muslimana kojih je zabilježeno 4.134 kuća pored 30.552. kršćanskih kuća.Hadžijahić, Muhamed, (1990), Porijeklo bosanskih Muslimana, str. 164, Izdavačko-trgovinsko preduzeće "Bosna" Sarajevo. Proces prihvatanja islama u Bosni je teklo bez prisile jer osmanske vlasti nisu sprovodili nikakvu planiranu službenu akciju islamiziranja stanovništva, nego je svako imao slobodu biranja svoje vjere. Svakome je osigurana vjerska sloboda ukoliko plačaju harač (porez). U prilog tome ide i činjenica da je neposredno nakon osvajanja Bosne sultan Mehmed II na Milodražu 28. 5. 1464. izdao bosanskom franjevcu fra Anđeu Zvizdoviću ahdnamu, povelju kojom jamči vjersku slobodu bosanskih katolika. Ovim dokumentom katolička crkva je opstala u Bosni. Islam su jednostavno širile prilike i ljudske okolnosti.Imamović, Mustafa, (1997), Historija Bošnjaka, str. 143 i 168 Predzadnji bosanski kralj Stjepan Tomašević se žalio papi Piu II 1461. da su "Turci u mome kraljevstvu podigli nekoliko tvrđava i laskaju seljacima, prikazivajući se tobože ljubazni prema njima, i obećavaju da će svaki od njih biti slobodan koji k njima otpadne”.Župarić, Nakaš, Kurtović, Lalić, Dautović, (2018), Codex diplomaticus regni bosnae - povelja i pisma stare bosanske države, str. 827, Mladinska knjiga Njegov sin Stjepan Tomaš je na sličan način u razgovoru sa papinim izaslanikom Nikolom Barbucijem 1459. žalio da "manihejci (krstjani) više vole Turke nego kršćane".Imamović, Enver, (2018), Korijeni i život bosanskog plemstva kroz historiju, str. 144 Ovi zapisi su izuzetno važni jer oni pokazuju da Turci obećavaju stanovništvu društvenu jednakost. Proces prihvatanje islama se intenziviralo tokom 16. stoljeća, pogotovo nakon Mohačke bitke 1526, što se nastavlja kroz čitavo 17. stoljeće. Prihvatanje islama je trajao 250 godina, odnosno do pred austro-ugarske okupacije, samo što je u 18. i 19. stoljeću ovaj proces tekao u manjem obimu nego u ranijem periodu, jer je većina stanovništva Bosne u tom periodu bili muslimani.Imamović, Mustafa, (1997), Historija Bošnjaka, str. 140
Razni historičariSafvet-beg Bašagić, Mehmed ef. Handžić, Enver Imamović govore o tome da su bosanski krstjani odmah nakon dolaska Osmanlija masovno prešli na islam, ili čak da se taj čin odvijao odjednom u jednom mahu. Često se pozivaju na navodnu predaju o prelasku 30.000 ili 36.000 bosanskih krstjana na islam pred sultanom Mehmedom II u Jajcu u junu 1463. Ovaj podatak ne može da bude tačan iz više razloga. Prvo, nije moguće da je te godine uopšte bilo toliko krstjana, jer se njihova vjerska organizacija potpuno ugasila par godina prije pada Bosne. Neposredno prije dolaska Osmanlija velik broj bosanskih krstjana je nasilno katolicizirano usljed progona dvaju posljednih bosanskih kraljeva. Osmanski defteri pokazuju da je za prvih 150 godina osmanske vladavine postojalo u Bosni svega 700 pripadnika nekadašnje Crkve bosanske. Drugi razlog je zbog toga što nije moguće pohraniti toliki broj ljudi u jednom mjestu. Pored toga, ni turski ljetopisac i hroničar Dursun-beg, koji je pratio sultana Fatiha u svom pohodu na Bosnu, ne navodi ovaj podatak. Mavro Orbini također ne spominje ovaj događaj u svojoj knjizi Kraljevstvo Slavena. Ovaj nestvaran i suviše pretjeran podatak je moderna historiografija odbaila kao nevjerodostojnom.Imamović, Mustafa, (1997), Historija Bošnjaka, str. 138-140 Oni bosanski krstjani koji nisu pobjegli iz Bosne su sigurno prešli na islam, ali ne u tolikom broju odjednom. Uz to ide u prilog prvi popisni defter iz 1468/69. koji pokazuje da je na području Bosne živjela svega 332 muslimanske kuće.
Mnogi historičari smatraju da je jedan od glavnih razloga prelaska pripadnika Crkve bosanske na islam bila i vjerska podudarnost i sličnost među dvije vjere.Arnold, Thomas, (1989), Povijest islama, historijski tokovi misije, El-KalemTruhelka, Ćiro, (1934), O porijeklu bosanskih muslimana, str. 11-12Jalimam, Salih, (2002), Historija bosanskih bogomila, str. 175Handžić, Mehmed, (2012), Islamizacija Bosne i porijelo bosansko-herc. muslimana, str. 33 Tako npr. profesor londonskog univerziteta Sir Thomas Arnold u svome djelu "Historija širenja islama” kaže sljedeće: "Mi smatramo jačim razlogom to, što su bogomili pomiješani sa muslimanima bili skloni islamu radi mnogih tačaka u njihovom vjerovanju, koje su slične s islamskim učenjem. Bogomili su zabacivali obožavanje Marije, ustanovu krštenja i sve vrste klera. Krst su, kao znamen vjere, mrzili. Smatrali su idolopoklonstvom upućivanje molitvi slikama i kipovima svetaca i relikvijama. Protivno katoličkim crkvama, koje su nedostojno ukrašene slikama, njihovi su hramovi bili skromni i jednostavni. Kao i muslimani imali su hrđavo mišljenje o crkvenim zvonima, koja su nazivali ‘satanske trube’. Vjerovali su, da Isus nije lično razapet, nego da je to bio neki iluzorni lik, te su se u ovom pogledu djelomično slagali sa Kur’anom. Osuđivanje alkohol a i sklonost asketskom životu i jednostavnosti spadaju u one okolnosti koje su poslužile zbližavanju bogomila sa islamom. I oni su se pet puta dnevno molili. Često su puta padali na koljena i izražavali blagodarnost Bogu. Prema tome, za njihovo sudjelovanje pri molitvi u džamiji izgleda da nije trebalo velike preinake."
Može se reći da su oni i iz političkih razloga prelazili na islam. Bosanski krstjani, koji su kroz srednji vijek proganjani od katoličke crkve, radije primili vjeru koja im je blakonaklono ponuđena.Imamović, Mustafa, (1997), Historija Bošnjaka, str. 150 Pored toga, nakon dolaska Osmanlija, bosanskim krstjanima se uspjelo da osigura da im imanja ostanu u njihovom vlasništvu i da im nova vlast ne konficira. Ovo se može vidjeti na osnovu katastarskog popisa iz 1468/69.Jalimam, Salih, (2002), Historija bosanskih bogomila, str. 186-187 Ovo znači da Bošnjani nisu morali prelaziti na islam da bi sačuvali svoje feudalne posjede.Imamović, Mustafa, (1997), Historija Bošnjaka, str. 152
Islamizacija je vrlo sporo napredovala u Hercegovini, sjevernoj i sjeveroistočnoj Bosni. Gradovi su se brže islamizirali nego sela. Na području čitave sjeveroistočne Bosne godine 1533. muslimani su činili jednu trećinu stanovništva, a već 1548. 40%. Za vrijeme osmanskog doba ime Bošnjanin je pretvoreno u današnje Bošnjak, pri čemu je sufiks -ak zamijenjen sa -anin, da bi se prilagodilo turskom jeziku. Nakon 1530. prestaju se voditi popisni defteri pa nedostaju tačni podaci, ali krajem 16. i početkom 17. stoljeća muslimani su stekli apsolutnu većinu na teritoriji današnje Bosne i Hercegovine. Jedan posjetilac bilježi da je u Bosni 1626. živjelo 250 000 katolika, i da je broj muslimana bio veći od broja katolika.Malcolm, Noel, (2011), Bosna kratka povijest, str. 125
Stagnacija (1606–1683) Na vojnom planu u ovome periodu Bošnjaci bivaju regrutirani i učestvuju u mnogim ratovima koje je vodilo Osmansko Carstvo; od rata protiv Austrije od 1593. do 1603, rata s Venecijom (Mlecima) od 1640. do 1669, te ponovo protiv Austrije 1663, nakon čega dolazi do primirja, koje traje sve do 1683, kad je rat nastavljen.
Propadanje (1683–1804)