Tokom rata u Bosni i Hercegovini, koji su vodila njena tri najbrojnija naroda, i genocida koji je bio njegov rezultat nasilje je poprimilo i rodni karakter s obzirom na to da je Vojska Republike Srpske (VRS) provodila politiku genocidnog silovanja prema Bošnjacima (bosanskim Muslimanima). Procjene ukupnog broja silovanih žena tokom ovog rata kreću se u rasponu od 12.000 do 50.000. Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju () objavio je da su "sistematsko silovanje" i "seksualno ropstvo" u vrijeme rata zločin protiv čovječnosti, od čega je teži jedino ratni zločin genocida. Iako ICTY nije tretirao masovna silovanja kao genocid, po organiziranosti i sistematskoj prirodi masovnih silovanja bošnjačkih žena jasno je da su ona bila dio veće kampanje genocida.

Iako su tokom sukoba žrtve silovanja bile pripadnice svih naroda, ogromnu većinu ratnih zločina počinila je Vojska Republike Srpske (VRS) i srpske paravojne jedinice, koje su koristile silovanje kao sredstvo terora, kao dio njihovog programa etničkog čišćenja. Presuda Dragoljubu Kunarcu, pripadniku VRS-a, bila je prvi slučaj – bilo u nacionalnoj, bilo u međunarodnoj sudskoj praksi – da neka osoba bude osuđena za korištenje silovanja kao oružja u ratu. Jako medijsko praćenje okrutnosti srpskih paravojnih i vojnih snaga prema muslimanskim ženama i djeci izazvalo je međunarodnu osudu srpskih snaga.

Nakon rata je snimljeno nekoliko nagrađivanih dokumentaraca i filmova koji se bave ovom tematikom.

Silovanje kao genocid mini|lijevo|250px|Iskopavanje masovne grobnice u istočnoj Bosni. Muškarci civili iz Foče ubijeni su, a žene su bile zatočene i silovane u više navrata od pripadnika srpskih snaga. Prema Amnesty Internationalu, korištenje silovanja tokom ratnih perioda nije nusproizvod sukoba nego unaprijed planirana i namjerna vojna strategija. Adam Jones opisao je silovanja u Nankingu kao "jedan od najdivljačkijih primjera genocidnog silovanja". Tada su deseci hiljada žena grupno silovani i ubijeni. U posljednjih 25 godina 20. stoljeća većina sukoba promijenila je svoj karakter iz ratova među državama u unutardržavne građanske ratove. Tokom ovih sukoba upotreba silovanja kao oružja protiv civila postala je češća. Novinari i organizacije za ljudska prava dokumentirale su kampanje genocidnog silovanja tokom sukoba na Balkanu, u Sijera Leoneu, Ruandi, Liberiji, Sudanu, Ugandi i DR Kongu. Strateški ciljevi ovih masovnih silovanja imaju dvostruku namjeru; prva je da se u civile usadi strah, sa daljom namjerom da se oni protjeraju sa svojih posjeda, a druga da se ponižavanjem i nanošenjem sramote ciljanoj populaciji smanji šansa za njen mogući povratak i početak života iznova. Ovi su efekti od strateške važnosti za počinioce koji ne djeluju kao snage dotične države jer je za njih nužno da ciljanu populaciju uklone s njene zemlje. Upotreba masovnog silovanja adekvatna je za kampanje koje uključuju etničko čišćenje i genocid jer je u njima zadatak da se ciljana populacija uništi ili prisilno premjesti i osigura da se nikad više ne vrati.

Pozadina mini|desno|230px|Ratom razoreno sarajevsko naselje Grbavica 1996, poprište logora za silovanje tokom rata u Bosni i Hercegovini i predmet nagrađivanog istoimenog filma

Historičari, poput Nialla Fergusona, ocijenili su da odluka da se masovna silovanja koriste za etničko čišćenje, a koja je donesena na visokim nivoima, predstavlja pogrešno usmjereni nacionalizam. Prije 1980. maršal Josip Broz Tito uspješno je suzbijao hrvatski i srpski nacionalizam, iako njegovo zabranjivanje bilo kakve priče o nacionalističkim temama nije uspjelo smanjiti intenzitet kojim su one osjećane. Slobodan Milošević razbuktao je srpski nacionalni osjećaj govorom koji se odnosio na Kosovsku bitku. Osjećaj da su Srbi žrtve i njihova agresija prema Bošnjacima dodatno su uzburkani preuveličanim pričama o ulozi koju je mala frakcija Bošnjaka imala u progonu Srba tokom genocida od strane ustaša u 1940-im. Ostali mitovi koji su prizivani uključivali su sugestije da su bosanski Muslimani rasno drugačiji; najčešća je bila da je njihova krv većinom turska iako su DNK-testovi zapravo dokazali da oba naroda dijele isti genski fond. Uprkos kampanjama mržnje koje je vodila vlast, neki Srbi pokušali su odbraniti Bosance od okrutnosti i moralo im je biti zaprijećeno, uključujući slučajeve kad je megafonom ili razglasom objavljivano da će "svaki Srbin koji zaštiti nekog Muslimana biti trenutno ubijen".

Prije no što je sukob počeo Bošnjaci u istočnoj Bosni već su počeli bivati otpuštani s njihovih radnih mjesta i ekskomunicirani, a ograničavana im je i sloboda kretanja. Na početku rata srpske snage počele su za cilj uzimati bošnjačko civilno stanovništvo. Kad bi gradovi i sela bili osigurani, tj. osvojeni, vojska, policija, paravojne jedinice, a ponekad čak i mještani srpske nacionalnosti nastavljali su ove napade. Bošnjačke kuće i stanovi su pljačkani ili sravnjivani sa zemljom, civili su sakupljani, a neki su pritom i fizički zlostavljani ili ubijani. Muškarci i žene su razdvajani, a zatim držani u koncentracionim logorima.

Procjene broja žrtava Procjene broja silovanih žena, od kojih su većina Bošnjakinje, kreću se u rasponu od 12.000 do 50.000. Srpske snage organizirale su "logore za silovanja", u kojima su žene bile podvrgnute višestrukim silovanjima, a bile bi puštane tek kad bi zatrudnjele. Grupna i javna silovanja pred očima mještana nisu bila nepoznata pojava.

Od maja 1992. Bošnjaci su sakupljani i zatim odvedeni u koncentracioni logor Omarska. U tom logoru seksualni napadi i mučenje muškaraca i žena bili su uobičajena stvar. Jedne novine opisale su ga kao "mjesto orgije ubijanja, sakaćenja, premlaćivanja i silovanja".

6. oktobra 1992. Vijeće sigurnosti UN-a osnovalo je ekspertnu komisiju na čelu s Mahmoudom Cherifom Bassiounijem. Prema nalazima ove komisije, bilo je očito da su srpske snage silovanje koristile sistematski i da je to imalo podršku zapovjednikâ i lokalnih vlasti. Komisija je također izvijestila da su neki počinioci rekli da im je bilo naređeno da siluju. Drugi su rekli da je korištenje silovanja bilo taktika s ciljem da se osigura da se stanovništvo više neće vratiti u to područje. Napadači su govorili svojim žrtvama da će nositi dijete njihove nacionalnosti. Trudnice su držane u zatočeništvu sve dok ne bi bilo prekasno za pobačaj. Žrtvama je rečeno da će biti pronađene i ubijene ako progovore o onome što se desilo. Komisija je zaključila i da je "izviješteno da su silovanja počinile sve strane u sukobu. Međutim, najveći broj žrtava bile su bosanske Muslimanke, a najveći broj navodnih počinilaca bili su bosanski Srbi. Postoji nekoliko izvještaja o silovanjima i seksualnim napadima unutar pripadnika istog naroda."

Tim istražitelja Evropske zajednice, uključujući Simone Veil i Anne Warburton, donio je sličan zaključak u svom izvještaju iz 1993. u kojem stoji da silovanja koja su izvršila snage bosanskih Srba nisu bila sekundarni efekt sukoba nego dio sistematske politike etničkog čišćenja i da su "počinjena sa svjesnom namjerom demoraliziranja i teroriziranja zajednica, tjerajući ih od njihovih zavičaja i demonstrirajući snagu napadačkih trupa". Amnesty International i Helsinki Watch također su zaključili tokom sukoba da je silovanje bilo korišteno kao oružje u ratu, s primarnom svrhom da se prouzrokuje poniženje, degradacija i zastrašivanje kako bi se osiguralo da se preživjeli nikad ne vrate.

Kroz ovaj sukob bile su pogođene žene svih nacionalnosti iako ne u razmjeru u kojem su to pretrpjele bosanske Muslimanke. Postojale su tvrdnje da je, "za Srbe, želja da se bosanske Muslimanke degradiraju, ponize i ostave trudne 's malim četnicima' bila od najveće važnosti." Žene su prisiljavane da iznesu trudnoću do kraja i porode se. Mnogi izvještaji o zlostavljanjima ilustrirali su etničku dimenziju silovanjâ.

Karakteristike lokacija i postupaka mini|250px| "Karamanova kuća", lokacija u blizini Foče gdje su žene mučene i silovane (fotografija dobijena ljubaznošću ICTY-ja) Srpske snage formirale su logore gdje su se izvršavala silovanja, poput Keraterma, Vilina Vlas, Manjača, Omarska, Trnopolje, Uzamnica i Vojno.

U maju 1992. mještani srpske nacionalnosti iz Snagova kod Zvornika opkolili su i zauzeli selo Liplje i pretvorili ga u koncentracioni logor. 400 ljudi zatvoreno je u nekoliko kuća i oni su bili podvrgnuti silovanju, mučenju i ubijanju.

Tokom pet mjeseci od proljeća do ljeta 1992. 5.000-7.000 Bošnjaka i Hrvata držano je u Omarskoj u nehumanim uvjetima, a silovanja, ubistva i fizičko zlostavljanje bili su uobičajeni.

Logori za zatočeno stanovništvo formirani su širom Foče koja je bila pod kontrolom srpskih snaga i ovaj je slučaj do danas ostao naročito dobro proučen sa sudskog aspekta. Dok su držane u jednoj od najpoznatijih lokacija za silovanje u gradu, "Karamanovoj kući", Muslimanke, uključujući i maloljetnice (12-godišnjakinje), bile su silovane iznova i iznova. Tokom suđenja Kunarcu i ostalima uvjeti u ovim logorima opisani su kao "nedopustivo nehigijenski", a načelnik fočanske policije, Dragan Gagović, identificiran je kao jedan od onih koji su posjećivali ove logore, gdje bi odabirao žene, izvodio ih vani i silovao.

Žene i djevojke koje bi odabrao Kunarac ili njegovi ljudi odvođene su u vojničke baze i silovane. U drugim prilikama djevojke su odvođene iz centara za zatočene i dugo držane na raznim lokacijama kao seksualno roblje. Radomir Kovač, koji je također osuđen pred Haškim tribunalom, lično je držao 4 djevojke u svom stanu zlostavljajući i silujući 3 od njih više puta, dozvoljavajući istovremeno svojim poznanicima da siluju jednu od njih. Prije no što je prodao ove 3 djevojke Kovač je 2 od njih dodijelio drugim srpskim vojnicima, koji su ih zlostavljali više od tri sedmice.

Hrvatske snage formirale su logore u Čelebićima, Dretelju, Gabeli, Rodoču, Kaoniku, Vitezu i Žepi. U Čelebićima su srpski civili podvrgnuti raznim oblicima mučenja i okrutnog i nehumanog ponašanja, uključujući silovanje. U Dretelju su većinu zatvorenika činili srpski civili, koji su držani u nehumanim uvjetima, dok su zatočene žene silovane i rečeno im je da će ih držati tu sve dok ne rode (dijete) "ustaše". U logoru Heliodrom u Rodoču držani su i srpski i bošnjački civili, a izviješteno je da su zatvorenice bile objekt seksualnih napada.

Bošnjačke snage formirale su koncentracione logore u sportskom objektu "Musala" u Donjem Selu kod Konjica, koji su bili isključivo za srpske žene i djecu, a u savezu sa hrvatskim snagama vodile su i logor u Čelebićima.

U Doboju su pripadnici srpskih snaga razdvajali žene od muškaraca, a zatim pomagali muškim članovima vlastitih porodica u silovanju nekih žena. Žene su pitane za svoje muške srodnike u gradu i 14-ogodišnji sin jedne žene doveden je da siluje vlastitu majku. Neki autori izrazili su skepticizam u pogledu tvrdnji muškaraca u ovakvim situacijama da su bili primorani na silovanje smatrajući da bi jednom kad bi penis nekoga od njih došao u stanje erekcije, on bio aktivan učesnik u silovanju, bez obzira na ostale okolnosti.

Posljedice Nakon kraja rata i potpisivanja Dejtonskog sporazuma bilo je kontinuiranih pokušaja da se suprotstavljene strane pomire.

Mnogo je pažnje posvećeno potrebi da se shvati realnost onoga što se desilo, razbiju mitovi i tome da se odgovorne vođe dovedu pred lice pravde i podstaknu da prihvate svoju krivicu za masovna silovanja i druge oblike okrutnosti.

Među posljedicama ovog rata jest i to da je etnički identitet sada od mnogo veće društvene važnosti u Bosni i Hercegovini nego što je to bio prije 1992. Od 60-ih godina 20. stoljeća do rata postotak miješanih brakova iznosio je približno 12% i mlađi građani često bi za sebe prije govorili da su Bosanci nego identificirali svoju etničku pripadnost. Nakon rata je postalo obavezno da se ljudi identificiraju kao Bošnjaci, Srbi ili Hrvati i to je bio i ostao problem za djecu silovanih žena koja odrastaju i sazrijevaju.