Bošnjačko-hrvatski sukob ili Hrvatsko-bošnjački sukob, često nazvan i Rat u ratu, bio je sukob između Republike Bosne i Hercegovine i samoproglašene Hrvatske Republike Herceg-Bosna koju je podržavala Republika Hrvatska. Trajao je od 19. juna 1992.ICTY - Kordic and Cerkez judgment - II. PERSECUTION: THE HVO TAKE-OVERS B. Novi Travnik - do 23. februara 1994.
Sukob je eskalirao u Srednjoj Bosni i uskoro se proširio na Hercegovinu, ali nije prerastao u sveopšti rat između Bošnjaka i Hrvata jer su na ostalim frontovima kao u Bihaću, Sarajevu, Tešnju i Orašju ostali u savezništvu. Primirjem 23. februara 1994. zaustavljen je sukob, a okončan potpisivanjem Vašingtonskog sporazuma 18. marta 1994. Sporazumom je oformljena Federacija Bosne i Hercegovine i omogućeno zajedničko djelovanje protiv Vojske Republike Srpske i Srpske vojske Krajine što će biti prekretnica koja je dovela do završetka rata u Bosni i Hercegovini.
Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju osudio je 17 HVO i Herceg-Bosanskih zvaničnika, od kojih je šestero osuđeno za učestvovanje u udruženom zločinačkom poduhvatu koji je za cilj imao pripajanje Hrvatskoj ili kontrolu nad dijelovima Bosne i Hercegovine gdje je hrvatski narod činio većinu. Dva zvaničnika Armije Republike Bosne i Hercegovine su osuđena za ratne zločine. Sud je također presudio da je sukob imao međunarodni karakter jer je Hrvatska imala potpunu kontrolu nad jedinicama HVO-a.
Situacija prije sukoba
Mate Boban, vođa bosanskohercegovackih Hrvata, ubrzo bacivši u sjenu legalno izabrane predstavnike Hrvata, Kljujića i Borasa proglašava hrvatsku državu u zapadnoj Hercegovini 18. novembra 1991. pod imenom Hrvatska zajednica Herceg-Bosna sa vlastitim oružanim snagama, koja je kasnije, 28. augusta 1993. preimenovana u Hrvatsku republiku Herceg-Bosnu.
Dana 17. juna 1992. hrvatske snage su porazile srpsku vojsku u potpunosti u Mostaru i zauzeli pojas hercegovačke teritorije duž istočne obale rijeke.
Mate Boban je zaveo hrvatski sistem lokalne uprave, hrvatski školski sistem, i hrvatski je postao zvanični jezik. Hrvatski dinar je već 1991, zamijenio jugoslavenski dinar. HDZ BiH je pretvorio Herceg-Bosnu u jednopartijsku, etničku državu hrvatskog naroda. Hrvatska policija je često šikanirala mostarski studio Radija BiH, a s vremena na vrijeme ga je i zatvarala. Policija je postavila barikade po cijelom gradu. Bošnjacima nije bilo dozvoljeno da se slobodno kreću.
Armija RBiH uspjela je odbraniti ključne dijelove teritorija Republike, industrijske i urbane centre, ali nisu uspjele riješiti probleme logistike i osiguravanja komunikacija, te pitanje zajedničkog komandovanja i usklađivanja ratnih ciljeva Armije RBiH i HVO-a. HVO je dobijao naoružanje i druge potrepštine iz Zagreba, preko HDZ-a Hercegovine.
Armija RBiH je do augusta 1992. izvršila punu mobilizaciju i imala 168.500 vojnika, bez snaga HVO-a i MUP-a BiH. Najveći problemi bili su odnosi s HVO-om. Dok je HVO, zabranjivao postojanje bilo kakvih jedinica na području koje je smatrao da pripada Herceg-Bosni, na teritoriji pod kontrolom Armije RBiH jedinice HVO-a su prihvaćene kao dio oružanih snaga BiH. thumb|right|Faksimil Proglasa Blaža Kraljevića protiv podjele RBiH, kojeg su vojnici HOS-a dijelili stanovništvu Zapovjednik tada HOS-a Hercegovine, pukovnik Blaž Kraljević koji se stavio pod komandu Predsjedništva Republike Bosne i Hercegovine, 9. maja 1992. izdaje proglas protiv podjele Bosne i Hercegovine. Dana 20. juna 1992. HVO napada Gornji Vakuf i Novi Travnik. Nakon što je 6. augusta HOS zauzeo dijelove općine Trebinje, Mate Boban je pozvao Blaža Kraljevića na sastanak u Mostaru, dana 9. augusta 1992. Vinko Martinović Štela odveo je generala Kraljevića na mjesto sastanka. Sastanku je navodno prisustvovao i ministar obrane Hrvatske Republike Herceg-Bosne. Pri povratku sa sastanka Blaž Kraljević je sa osam zamjenika Hrvatskih odbrambenih snaga (Gordan Čuljak, Šahdo Delić, Ivan Granić, Rasim Krasniqi, Osman Maksić, Mario Medić, Vinko Primorac i Marko Stjepanović) upao u unaprijed postavljenu zasjedu Hrvatskog vijeća odbrane. Kraljevićeva pratnja je zasuta vatrom iz automatskih pušaka. Vodstvo Hrvatskih odbrambenih snaga bilo je likvidirano, a samim tim i dio hrvatske frakcije odane Republici Bosni i Hercegovini.
Do novog sukoba između Armije RBiH i HVO-a dolazi 23. oktobra 1992, kada snage HVO-a ulaze u Prozor, do tada pod nadzorom Armije RBiH, i zauzimaju ga, a pri tome etnički čiste Bošnjake s područja općine (sela Here, Šćipe, Kute, Varvara, te grad Prozor). Izbjeglice iz Prozora dolaze u Gornji Vakuf, nakon čega HVO ponovo pokušava da osvoji Gornji Vakuf radi vojno-strateškog značaja, kojim se povezuje Hercegovina sa Srednjom Bosnom.
Nekoliko dana kasnije, 29. oktobra 1992, srpske snage zauzimaju Jajce, što je njihov posljednji veći teritorijalni dobitak do 1995. Srbi su ušli u Jajce dok je 40.000 bošnjačkih i hrvatskih građana Jajca bježalo u pravcu Travnika.
U Kiseljaku, gradu sa hrvatskom većinom na zapadnom obodu Sarajeva, tvrdokorni nacionalisti na čelu sa Ivicom Rajićem, lojalni hercegovačkim Hrvatima, preuzeli su kontrolu nad lokalnom vladom i HVO. Oni su uveliko sarađivali sa Srbima, koji su držali Sarajevo pod opsadom. Takva situacija je odgovarala hrvatskoj vlasti u Kiseljaku, jer su razvili sistem kartela održavajući vještački visoke cijene robe na crnom tržistu u Sarajevu, na način da su robu kupovali od Srba i preprodavali je po znatno višim cijenama švercerima u opkoljenom Sarajevu, što je za obične građane grada bilo pogubno.
U mjesecu decembru 1992. dolazi do velikog priliva pripadnika HVO-a i HV u Gornji Vakuf, pretežno iz zapadne Hercegovine, pod izgovorom da se spremaju za ratišta na Kupresu i Bugojnu. U Gornji Vakuf su pristigle hrvatske jedinice iz sljedećih mjesta: Posušje, Široki Brijeg, Grude, Imotski, Mostar, Livno, Tomislavgrad, te Prozor. MKSJ je u predmetu Kordić i Čerkez zaključio da je 10. januara 1993, komandant HVO-a u Gornjem Vakufu, Luka Šekerija, poslao zahtjev sa oznakom Vojna tajna - Strogo povjerljivo pukovniku Tihomiru Blaškiću i Dariju Kordiću za dostavom pošiljke granata koje su bile uskladištene u tvornici municije u Vitezu. Borbe su se rasplamsale nakon što su Hrvati bacili bombu u hotel u kojem su Bošnjaci imali vojni štab. U predvečerje istog dana uslijedio je artiljerijski napad hrvatskih snaga na gradsko jezgro.
Dana 13. januara 1993. pukovnik HVO-a, Željko Šiljeg postavlja ultimatum Armiji RBiH u Gornjem Vakufu, da se razoruža i stavi pod kontrolu HVO-a, pozivajući se na "Odluku HVO-a o ustrojstvu provincija". Armija RBiH nije prihvatila ultimatum. Polovinom januara 1993. hrvatske jedinice započele su sa etničkim čiščenjem gradskih dijelova u kojima su Hrvati bili većina, te u selima Bistrica, Uzričje, Duša, Ždrimci i Hrasnica. Nakon ovih događanja Gornji Vakuf se našao u opsadnom stanju sve do marta 1993, te je izložen konstantnoj artiljerijskoj i snajperskoj vatri po stambenim objektima. U martu je potpisano primirje.
Eskalacija sukoba Krajem aprila 1993, sukob između Bošnjaka i Hrvata eskaliralo je u totalni rat međunarodnog karaktera. Vijesti o porazu u Srebrenici izazvale su za Hrvate uznemirujuće glasine, koje su se proširile Srednjom Bosnom da će na desetine hiljada bošnjačkih izbjeglica stići za nekoliko dana. U Kiseljaku i Vitezu, dva džepa naseljena Hrvatima sjeverno i zapadno od Sarajeva, hrvatske milicije u saradnji sa HVO krenule su u preventivnu akciju. Ušle su u selo Ahmići, koje je bilo okruženo selima sa hrvatskim stanovništvom, a potom na različite načine pogubile oko 120 civila za nekoliko sati, uključujući žene, djecu i stare, što je bio i najveći zločin Bošnjačko-hrvatskog rata. Uslijedio je talas prinudnih iseljenja, ubistava i silovanja. Bošnjaci su bježali iz Viteza uputivši se ka Travniku ili Zenici, tvrdeći da su im hrvatski vojnici dali tri sata da napuste grad ili da budu ubijeni. Pored puta su nađena tijela dvojice bošnjačkih ljekara, koji su putovali iz Zenice u Vitez, prostrijeljenih glava.Mitchell, Paul (1996): "Smrt Jugoslavije", dokumentarni film.
U to vrijeme u Travniku je HVO zahtijevao da se ARBIH razoruža i raspusti, pozivajući se na Vance–Owenov plan, prema kome je Travnik stavljen u "hrvatsku pokrajinu". HVO je zahtijevao povlačenje svih nehrvatskih snaga iz te pokrajine.
U roku od nekoliko sedmica u aprilu i maju 1993, došlo je do pada Srebrenice, srpskog odbijanja Vens-Ovenovog plana, nemoći međunarodne zajednice da sprovede mirovni plan i konačno izbijanja totalnog hrvatskog-bošnjačkog rata. Sve ovo je primoralo bosansku vladu i Armiju da se suoče sa novim stanjem stvari. Uslijedio je krupan politički i vojni preokret: Bošnjacima predvođena Armija RBiH počela je da uzvraća udarac. Vojna strategija Trećeg korpusa bila je da isiječe jedan trougao teritorije u srednjoj Bosni koji bi se prostirao od Tuzle na sjeveroistoku do Sarajeva na jugoistoku i Mostara na jugozapadu. Problem je bio što Vlada RBIH nije kontrolisala to područje. U stvari, teritorija pod kontrolom Vlade Republike Bosne i Hercegovine bila je svedena na grupu izolovanih enklava oko Travnika, Zenice, Tuzle, Bihaća, Sarajeva i enklava u istočnoj Bosni. Nijedna od ovih enklava nije mogla da se održi bez stalne međunarodne pomoći, prije svega u doturanju humanitarne pomoći, pošto su pristup u i iz svake od njih presjecale srpske ili hrvatske snage koje su ih opsjedale.
Glavni prioritet Trećeg korpusa je bio obezbjeđivanje linija komunikacije između raštrkanih teritorija. Gusto naseljen džep Viteza, gde je živjelo oko 30.000 Hrvata, bio je prevelik zalogaj. Zato je bosanska armija krenula u napad na hrvatska sela u brdima iznad doline u kojoj se nalazi Vitez. Do početka ljeta, Armija RBiH je obezbijedila neku vrstu puta, koji je zaobilazio džep Viteza straga i povezivao Travnik sa Zenicom i dalje sa Tuzlom. S druge strane ni Herceg-Bosna nije mirovala. U Gornjem Vakufu je došao kraj tromjesečnog primirja, nakon do tada najveće ofanzive hrvatskih snaga na gradsko jezgro i okolna sela. Napadi su započeli jula 1993, pa do februara 1994. Na obje strane su počinjeni ratni zločini, pljačke i paljenje imovine.
Nakon stravičnih izvještaja o srpskim logorima za Bošnjake, u toku ljeta počeli su da pristižu jezivi izvještaji o maltretiranju i mučenju Bošnjaka u hrvatskim logorima. Stipe Mesić se prisjetio u Zagrebu da je o logorima prvi put čuo od Joze Primorca, aktiviste HDZ-a, nakon čega je svoja saznanja prenio Franji Tuđmanu, koji se zbog toga nije mnogo zabrinuo, rekavši da sve strane imaju logore.
Međunarodni komitet Crvenog krsta je polovinom augusta uspio doći do 6.474 zatvorenika u 51 logoru - od kojih su 4.400 zatvorenika držali Hrvati (broj za koji je bosanska vlada tvrdila da je daleko ispod stvarnog), 1.400 Bošnjaci i 674 Srbi.
Dana 15. septembra 1993, Vijeće sigurnosti UN-a je izdalo saopćenje u kojem od Hrvata zahtjeva raspuštanje logora, podsjećajući na osjećaj "odvratnosti i osude" koju je izrazila međunarodna zajednica godinu dana ranije prilikom otkrivanja srpskih logora.