HomoloGene, alat Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI), Sjedinjenih Država, sistem je za automatsko otkrivanje homologa (sličnosti koja se može pripisati podrijeklu od zajedničkog pretka) među označenim genima nekoliko potpuno sekvenciranih eukariotskih genoma.
HomoloGene-ska obrada sastoji se od analize proteina iz ulaznih organizama. Sekvence se upoređuju pomoću BLAST-a, zatim se podudaraju i svrstavaju u grupe, koristeći taksonomsko stablo kreirano na temelju sličnosti sekvenci, gdje se prvo poklapaju srodniji organizmi, a zatim se na dodaju drugi. Poravnanja proteina mapiraju se natrag u njihove odgovarajuće sekvence DNK, a zatim se može izračunati metrika udaljenosti kao molekulske udaljenosti po modelu supstitucije (Jukes i Cantor, 1969), odnos Ka/Ks.
Sekvence se porede pomoću heurističkih algoritama za maksimiziranje rezultata globalno, a ne lokalno, u bipartitnom podudaranju . Zatim se izračunava statistički značaj svake komparacije. Sekvence se izrađuju po položaju i postavljaju se vrijednosti Ks kako bi se spriječilo grupiranje lažnih ortologa. „Paralozi“ se identificiraju pronalaženjem sekvenci koje su bliže datim vrstama od drugih vrsta.
Uključeni organizmi
Metazoa Kičmenjaci
Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus, Rattus norvegicus, Canis lupus familiaris, Bos taurus, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Danio rerio
Beskičmenjaci Drosophila melanogaster, Anopheles gambiae, Caenorhabditis elegans
Gljive
Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Kluyveromyces lactis, Eremothecium gossypii, Magnaporthe grisea, Neurospora crassa
Biljke Dikotiledone Arabidopsis thaliana
Monokotiledone Oryza sativa
Protista Plasmodium falciparum.
Uključene baze podataka MGI: Projekt mišjeg genoma ZFIN: Mreža informacija o zebrici SGD: Baza podataka o genomu kvasaca COG: Baza podataka o klasterima ortolognih gena FlyBase:Baza podataka o genetici Drosophila melanogaster OMIM: Onlajn mendelovsko nasleđivanje kod čovjeka
Reference
Vanjski linkovi
HomoloGene at the National Center for Biotechnology Information Bioinformatic Harvester - Bioinformatic Harvester, a meta search engine that uses Homologene OMIM ZFIN SGD COG FlyBase MGI Rat Genome Database
Kategorija:Genetički softver Kategorija:Bioinformatika Kategorija:Genetika