Tetratrikopeptidni ponavljajući protein 39C je protein koji je kod ljudi kodiran genom TTC39C. TTC39C je jedan od tri TTC39. Njegova funkcija je dosad nepoznata; međutim, postoje neki dokazi koji sugeriraju da igra ulogu u anafazi. Sadrži i relativno dobro okarakterizirani strukturni motiv koji se naziva tetratrikopeptidno ponavljanje (TPR).
Gen
TTC39C nalazi se na dugom (q) kraku ljudskog hromosoma 18, pozicija 18q11.2. Its most common aliases are FLJ33761, C18orf17, and HsT2697.
Protein
Aminokiselinska sekvenca 1020304050 MAGSEQQRPRRRDDGDSDAAAAAAAPLQDAELALAGINMLLNNGFRESDQ LFKQYRNHSPLMSFGASFVSFLNAMMTFEEEKMQLACDDLKTTEKLCESE EAGVIETIKNKIKKNVDVRKSAPSMVDRLQRQIIIADCQVYLAVLSFVKQ ELSAYIKGGWILRKAWKIYNKCYLDINALQELYQKKLTEESLTSDAANDN HIVAEGVSEESLNRLKGAVSFGYGLFHLCISMVPPNLLKIINLLGFPGDR LQGLSSLMYASESKDMKAPLATLALLWYHTVVRPFFALDGSDNKAGLDEA KEILLKKEAAYPNSSLFMFFKGRIQRLECQINSALTSFHTALELAVDQRE IQHVCLYEIGWCSMIELNFKDAFDSFERLKNESRWSQCYYAYLTAVCQGA TGDVDGAQIVFKEVQKLFKRKNNQIEQFSVKKAERFRKQTPTKALCVLAS IEVLYLWKALPNCSFPNLQRMSQACHEVDDSSVVGLKYLLLGAIHKCLGN SEDAVQYFQRAVKDELCRQNNLYVQPYACYELGCLLLDKPETVGRGRALL LQAKEDFSGYDFENRLHVRIHAALASLRELVPQ Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Protein TTC39C dugačak je 583 aminokiseline i lokaliziran je u citoplazmi ćelije, na osnovu njegove predviđene sekundarne strukture. Ima tri izoforme, od kojih je najduža varijanta 1. transkripta. Sadrži tri ponavljanja tetratrikopeptida, kao i domen nepoznate funkcije DUF3808. Proteinski proizvod ima molekulsku težinu 65,9 kDa i izoelektričnu tačku 6,584. Postoji nekoliko predviđenih lokacija fosforilacija, acetilacija i palmitoilacija, koje su prikazane u donjoj tabeli. Njegova cijela predviđena sekundarna struktura sastoji se gotovo u cijelosti od alfa-heliksa i tvori tercijarnu strukturu za koju se predviđa da se podudara sa strukturom proteina cut9 u kvascima sa 100%-tnom preciznošću i pokrivenošću od 85%.
TipLokacija Funkcija Kvalitet mjestaFosforilacija Treonin 1, 4 i 9 Serin 8, 9, 29, 31, 32, 35 i 39 Tirozin 5, 10 i 18 Regulacija ćelijskog ciklusa, apoptoze, ćelijske signalizacije itd.VisokAcetilacija Moguće mesto acetilacije neposredno nizvodno od N-kraja metionina Regulira ekspresiju gena UmjerenPalmitoilacijaCisteini 87 i 497 Sidrenje proteina na membranu Umjeren
Homologija
U većini kičmenjaka, protein TTC39C je konzerviran preko 50%, a kod beskičmenjaka ima nivo konzervacije oko 24% . Najmanje jedan ortolog i nekoliko homologa također su identifikovani u gljiva. Kod biljaka nije identificiran nijedan ortolog. Nekoliko njegovih ortologa prikazano je u donjoj tabeli.
Naučno imeUobičajeno ime Pretpostavljeni prosjek datiranja divergencije od ljudi (milioni godina) Dužina proteina (aa) Pristupni broj RNK u NCBI Protein NCBI Accession Number Identitet RNK (%) Identitet proteina (%) Callithrix jacchusMarmozet42,6522XM_002807499XP_00280754542,299,4Anolis carolinensisAnola296,0574XM_003219667XP_00321971527,781.7Gallus gallusKokoš296,0576XM_419163 XP_41916336,188,0Xenopus tropicalisZapadna kandžasta žaba371,2570NM_001113821 NP_00110729355,2088,0Oreochromis niloticusTilapija400,1578XM_003444269 XP_00344431724,070,2Apis melliferaMedonosna pčela782,7877XM_001120231 XP_00112023138,724,3Saccharomyces cerevisiaePekarski kvasac1215,8725NM_001179808 NP_01294329,717,6
TTC39C ima dva paraloga iz porodice TTC39: TTC39A i TTC39B, koji se nalaze na hromosomu 1, na 1p32.3, odnosno na hromosomu 9, na 9p22.3. TTC39B povezan je s upravljanjem HDL holesterolom i može biti uključen u prevenciju kardiovaskularnih bolesti.
Ekspresija
thumb|left|280px|Ekspresija u raznim tkivim
Regija promotora koja kontrolira ekspresiju transkripta varijante 1 započinje približno 952 baze uzvodno od početnog kodona i uključuje cijeli 5' UTR. Pomoću programa El Dorado identificirano je nekoliko mogućih transkripcijskih faktora mjesta vezanja, uključujući CCCTC faktor vezanja i mjesto za CTCF, insultatorski protein koji veže CCCTC. Ovaj transkripcijski faktor povezan je s nizom funkcija, uključujući organizaciju hromatina. Bilo je i nekoliko lokacija za koje se čini da su općeniti faktor transkripcije TFIIB, te E2F i E2F mjesta za vezanje faktora transkripcije. Transkripcijski faktori E2F uključeni su u posredovanje ćelijskog ciklusa, što bi moglo biti potencijalna veza sa pretpostavljenom ulogom TTC39C u anafazi. Nekoliko studija mikromreža na ljudima, psima i miševima pružilo je dokaze da je TTC39C najjače eksprimiran u jetri. Pokazuje relativno visoku ekspresiju u svim tkivima i imao je percentilni rang iznad 50% u svim tkivima, osim u uzorcima ljudskih bubrega, kičmene moždine i skeletnih mišića.
Funkcija
Funkcija TTC39C još uvijek je nepoznata. Međutim, jedan od njegovih strukturnih motiva, ponavljanje tetratrikopeptida, relativno je dobro okarakteriziran i pokazalo se da je aktivan prije svega u četiri kategorije interakcija protein-protein: interakcija s molekulskim šaperonima, posredovanje početka anafaza tokom diobe ćelija, represija transkripcije i transport proteina. Od ova četiri područja funkcionalnosti, postoji najviše dokaza o njegovom učešću u pokretanju anafaze. Dva od tri moguća interakcijska proteina, koja je identificirao STRING, imaju ulogu u anafazi. Konačno, protein koji je imao strukturu koja izgleda da se savršeno podudara s 85% sekvence TTC39C uključen je u anafazu kvasca, Schizosaccharomyces pombe. Međutim, uloga TTC39C u anafazi mora se potvrditi dodatnim studijama.
Interakcije thumb|left|x70px|Interakcijska mreža TTC39C
Studije programa Textmining identificirale su nekoliko proteina s kojima TTC39C može komunicirati. Ove interakcije protein-protein nisu potvrđene; međutim, dva od identificiranih proteina, AGBL1 i HAUS4, vjerovatno su kandidati zbog svoje uloge u anafazi. Identificirane su i dodatne potencijalne interakcije proteina-protein za TTC39C kod miševa; međutim, nema očite veze s TTC39C osim koekspresije.
Reference
Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Geni na hromosomu 18 Kategorija:Proteomika