Član 11 porodice Schlafen je protein koji je kod ljudi kodiran genom SLFN11.

Dužina polipeptidnog lanca je 901 aminokiselina, a molekulska težina 102.836.

Aminokiselinska sekvenca Simboli

C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin

1020304050 MEANQCPLVVEPSYPDLVINVGEVTLGEENRKKLQKIQRDQEKERVMRAA CALLNSGGGVIRMAKKVEHPVEMGLDLEQSLRELIQSSDLQAFFETKQQG RCFYIFVKSWSSGPFPEDRSVKPRLCSLSSSLYRRSETSVRSMDSREAFC FLKTKRKPKILEEGPFHKIHKGVYQELPNSDPADPNSDPADLIFQKDYLE YGEILPFPESQLVEFKQFSTKHFQEYVKRTIPEYVPAFANTGGGYLFIGV DDKSREVLGCAKENVDPDSLRRKIEQAIYKLPCVHFCQPQRPITFTLKIV NVLKRGELYGYACMIRVNPFCCAVFSEAPNSWIVEDKYVCSLTTEKWVGM MTDTDPDLLQLSEDFECQLSLSSGPPLSRPVYSKKGLEHKKELQQLLFSV PPGYLRYTPESLWRDLISEHRGLEELINKQMQPFFRGILIFSRSWAVDLN LQEKPGVICDALLIAQNSTPILYTILREQDAEGQDYCTRTAFTLKQKLVN MGGYTGKVCVRAKVLCLSPESSAEALEAAVSPMDYPASYSLAGTQHMEAL LQSLVIVLLGFRSLLSDQLGCEVLNLLTAQQYEIFSRSLRKNRELFVHGL PGSGKTIMAMKIMEKIRNVFHCEAHRILYVCENQPLRNFISDRNICRAET RKTFLRENFEHIQHIVIDEAQNFRTEDGDWYGKAKSITRRAKGGPGILWI FLDYFQTSHLDCSGLPPLSDQYPREELTRIVRNADPIAKYLQKEMQVIRS NPSFNIPTGCLEVFPEAEWSQGVQGTLRIKKYLTVEQIMTCVADTCRRFF DRGYSPKDVAVLVSTAKEVEHYKYELLKAMRKKRVVQLSDACDMLGDHIV LDSVRRFSGLERSIVFGIHPRTADPAILPNVLICLASRAKQHLYIFPWGG H

Porodica Schlafen (SLFN) sadrži devet mišjih i šest ljudskih gena koji kodiraju proteine sa konzerviranim N-krajem sa pretpostavljenim AAA ATPaznim domenom. Duži SLFN proteini, kao što je SLFN11, imaju C-terminalne motive koji nalikuju domenima DNK/RNK helikaza. Studije na miševima implicirale su proteine SLFN u regulaciju rasta ćelija i razvoj T-ćelija.

Kloniranje i ekspresija Geserick et al. (2004) identificirali su mišje Slfn5 (614952), Slfn8, Slfn9 i Slfn10, koji kodiraju proteine koji imaju značajnu homologiju s mišjim Slfn1 kroz Slfn4 u njihovim N-terminalnim polovinama, ali sadrže jedinstvene C-terminalne nastavke s motivima homolognim DNK/RNK helikazama. Slfn8, Slfn9 i Slfn10 međusobno imaju 85 do 87% aminokiselinskih identiteta, dok je Slfn5 udaljeniji s bivšom skupinom, dijeleći 40% identiteta. Van Zuylen et al. (2011) primijetili su da su ljudski SLFN11 i SLFN13 ortologni mišjim Slfn8, Slfn9 i Slfn10. Li et al. (2012) su izjavili da ljudski protein SLFN11 sa 901 aminokiselinom ima AAA domen u N-terminalnoj polovini i navodnu sekvencu helikaze u C-terminalnoj polovini. Kvantitativni RT-PCR test pokazao je da su SLFN5 i SLFN11 najistaknutiji članovi porodice SLFN u nekoliko ljudskih ćelijskih linija.

Gross (2012) pmapirao je gen SLFN11 u hromosomskoj sekvenci 17q12, na osnovu poravnanja sekvence SLFN11 (GenBank BC052586) sa genomskom sekvencom (GRCh37). Bustos et al. (2009) otkrili su da su geni SLFN grupirani u istoj ortolognoj regiji uz bok genima UNC45 (UNC45B; 611220) i PEX12 (601758) u svim ispitivanim genima sisara. Klasteri SLFN čovjeka i miša nalaze se na hromosomima 17, odnosno 11.Bustos, O., Naik, S., Ayers, G., Casola, C., Perez-Lamigueiro, M. A., Chippindale, P. T., Pritham, E. J., de la Casa-Esperon, E. Evolution of the Schlafen genes, a gene family associated with embryonic lethality, meiotic drive, immune processes, and orthopoxvirus virulence. Gene 447: 1-11, 2009. [PubMed]: 19619625 Funkcija gena Li et al. (2012) su primijetili da su nivoi proteina SLFN miša povišeni nakon infekcije brucelom ili listerijom. Korišćenjem kvantitativne RT-PCR, pokazali su da je lipopolisaharid, poli-IC ili interferon (IFN)-alfa (147660) / beta (147640) tretman mišjih makrofaga rezultirao indukcijom nekoliko gena SLFN. Tretman fibroblasta ljudske kože IFN-beta, poli-IC ili poli-dAdT otkrio je sličnu indukciju gena SLFN, uključujući SLFN5 i SLFN11.Li, M., Kao, E., Gao, X., Sandig, H., Limmer, K., Pavon-Eternod, M., Jones, T. E., Landry, S., Pan, T., Weitzman, M. D., David, M. Codon-usage-based inhibition of HIV protein synthesis by human Schlafen 11. Nature 491: 125-128, 2012. PubMed: 23000900 Otkrili su da je ljudski SLFN11, ali ne i SLFN5, snažno i posebno ukinuo proizvodnju retrovirusa, poput virusa ljudske imunodeficijencije (HIV) -1 i smanjio broj virusnih čestica oslobođenih iz ćelija. Inhibitorna aktivnost nalazila se u N-terminalnoj polovini SLFN11 sa 579 ostataka, koja uključuje domen AAA. Umjesto da utiče na rane korake ciklusa retrovirusne infekcije, uključujući obrnutu transkripciju, integraciju i transkripciju, SLFN11 je selektivno inhibirao ekspresiju virusnih proteina na način koji ovisi o upotrebi kodona. SLFN11 vezao je tRNK i suprotstavio se promjenama u bazenu tRNK izazvanih HIV-om. Zaključili su da je SLFN11 moćan, IFN-inducibilni restriktivni faktor protiv retrovirusa koji posreduje u njegovim antivirusnim efektima, na osnovu diskriminacije u upotrebi kodona. Evolucija Bustos et al. (2009) koristili su genomske i filogenetske studije, kako bi istražili evoluciju i ulogu porodice gena SLFN. Otkrili su da je porodica SLFN široko rasprostranjena kod sisara, sa četiri glavna ortologa koji su prošli ekspanzije ili kontrakcije specifične za lozu u različitim redovima, uključujući primate i glodare. Također su identificirali članove porodice SLFN u Chondrichthyes i Amphibia. Pronašli su dokaze da je pozitivna selekcija djelovala na mnoge SLFN gene. Član porodice SLFN horizontalno je premješten s miša na ortopoksviruse, gdje su autori pretpostavili da on ima ulogu u omogućavanju virusu da preživi odbrambene mehanizme domaćina. Virusne SLFN sekvence razvijaju se pod pročišćavajućom selekcijom, što ukazuje na njihovu funkcionalnu važnost. Van Zuylen ert al. (2011) primetili su da samo dva člana porodice SLFN, SLFN5 i SLFN14, imaju direktne ortologe kod miša i ljudi, što je u skladu s brzom evolucijom porodice SLFN kod sisarskih vrsta. Ljudski SLFN12 (614955) i SLFN12L imaju po četiri ortologa u miševa (Slfn1, Slfn2, Slfn3 i Slfn4), a ljudski SLFN11 i SLFN13 imaju po tri ortologa u miševa (Slfn8, Slfn9 i Slfn10).Geserick, P., Kaiser, F., Klemm, U., Kaufmann, S. H. E., Zerrahn, J. Modulation of T cell development and activation by novel members of the Schlafen (slfn) gene family harbouring an RNA helicase-like motif. Int. Immun. 16: 1535-1548, 2004.van Zuylen, W. J., Garceau, V., Idris, A., Schroder, K., Irvine, K. M., Lattin, J. E., Ovchinnikov, D. A., Perkins, A. C., Cook, A. D., Hamilton, J. A., Hertzog, P. J., Stacey, K. J., Kellie, S., Hume, D. A., Sweet, M. J. Macrophage activation and differentiation signals regulate Schlafen-4 gene expression: evidence for Schlafen-4 as a modulator of myelopoiesis. PLoS One 6: e15723, 2011. Note: Electronic Article. [PubMed]: 21249125 Reference

Dopunska literatura

Kategorija:Geni na hromosomu 17 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika