Protein 135 upredene zavojnice, znan i kao CCDC135, je protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC135.
Gen Kod ljudi, CCDC90B se nalazi na hromosomu 16. Susjedi su:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?insideX=115&revCmplDisp=0&hgsid=157359316&hgt.out1=1.5x&position=chr16%3A56276931-56332628&hgtgroup_map_close=0&hgtgroup_phenDis_close=1&hgtgroup_genes_close=0&hgtgroup_rna_close=0&hgtgroup_expression_close=1&hgtgroup_regulation_close=0&hgtgroup_compGeno_close=0&hgtgroup_varRep_close=1&hgtgroup_encodeGenes_close=1&hgtgroup_encodeTxLevels_close=1&hgtgroup_encodeChip_close=1&hgtgroup_encodeChrom_close=1&hgtgroup_encodeCompAndVar_close=1
GPR97, G-protein spregnuti receptor 97. GPR56, kodira člana porodice receptora povezanih sa G-proteinima (receptor spregnut sa G-proteinom 56). Gen je uključen u regulaciju uzorka korteksa mozga. Protein se specifično veže za transglutaminazu 2 u vanćelijskom prostoru. KATNB1, katanin p80 podjedinica B 1. Pomoćni protein koji pomaže ciljanju enzima na centrosom. KIFC3, član porodice kinezina C3 izoforma 3. KIFC3 pripada velikoj porodici kinezina, molekulskih motora koji koriste energiju hidrolize ATP za translokaciju tereta duž mikrotubula.
Protein Struktura Ovaj protein karakteriziraju dva domena.http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:84229
Sekvenca jedarne lokalizacije sa rezultatom 4 u aminokiselinama 265–279. Sekvenca aminokiselina za ovu regiju je: KKQQEIRAQEKKRLR
Porodica slična transglutaminazama sa E-vrijednosti 0,0018 u aminokiselinama 149–308. Sekvenca aminokiselina za ovu regiju je CAQFVSDFLTMVPLPDPLKPPSHLYSSTTVLKYQKGNCFDFSTLLCSMLIGSGYDAYCVNGYGSLDLCHMDLTREVCPLTVKPKETIKKEEK VLPKKYTIKPPRDLCSRFEQEQEVKKQQEIRAQEKKRLREEEERLMEAEKAKPDALHGLRVHSWVLVL
Dužina polipeptidnog lanca je 874 aminokiseline, a molekulska težina 103.497 Da
Puna aminokiselinska sekvenca je
1020304050 MEVLREKVEEEEEAEREEAAEWAEWARMEKMMRPVEVRKEEITLKQETLR DLEKKLSEIQITVSAELPAFTKDTIDISKLPISYKTNTPKEEHLLQVADN FSRQYSHLCPDRVPLFLHPLNECEVPKFVSTTLRPTLMPYPELYNWDSCA QFVSDFLTMVPLPDPLKPPSHLYSSTTVLKYQKGNCFDFSTLLCSMLIGS GYDAYCVNGYGSLDLCHMDLTREVCPLTVKPKETIKKEEKVLPKKYTIKP PRDLCSRFEQEQEVKKQQEIRAQEKKRLREEEERLMEAEKAKPDALHGLR VHSWVLVLSGKREVPENFFIDPFTGHSYSTQDEHFLGIESLWNHKNYWIN MQDCWNCCKDLIFDLGDPVRWEYMLLGTDKSQLSLTEEDDSGINDEDDVE NLGKEDEDKSFDMPHSWVEQIEISPEAFETRCPNGKKVIQYKRAKLEKWA PYLNSNGLVSRLTTYEDLQCTNILEIKEWYQNREDMLELKHINKTTDLKT DYFKPGHPQALRVHSYKSMQPEMDRVIEFYETARVDGLMKREETPRTMTE YYQGRPDFLSYRHASFGPRVKKLTLSSAESNPRPIVKITERFFRNPAKPA EEDVAERVFLVAEERIQLRYHCREDHITASKREFLRRTEVDSKGNKIIMT PDMCISFEVEPMEHTKKLLYQYEAMMHLKREEKLSRHQVWESELEVLEIL KLREEEEAAHTLTISIYDTKRNEKSKEYREAMERMMHEEHLRQVETQLDY LAPFLAQLPPGEKLTCWQAVRLKDECLSDFKQRLINKANLIQARFEKETQ ELQKKQQWYQENQVTLTPEDEDLYLSYCSQAMFRIRILEQRLNRHKELAP LKYLALEEKLYKDPRLGELQKIFA Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Protein ima 17 predviđenih alfa-heliksnih mjesta, karakterističnih za proteine sa upredenom zavojnicom i jedan predviđeni beta-list. Sljedeća slika prikazuje predviđena područja alfa-heliksa i beta-listova dva programa STRAP i Quickphyre:http: //www.sbg .bio.ic.ac.uk / ~ phyre / Napomena: prikazane su sekundarne konsenzusne strukture. To je izvedeno konstrukcijom višestrukim poravnavanjem sekvenci proteina sa njihovim sekundarnim strukturama (kao što je prikazano dolje). Zatim su predviđene regije unakrsno provjerene pomoću programa Quickphyre .
280px|center
Predviđena svojstva Molekulska težina: 103502,53 = 103484,53 + 18 kDa Izoelektrična tačka: 5,358000 Transmembranski heliksi: Nema Posttranslacijske modifikacije: Tranzicijski peptidi hloroplasta: Nema Signalni vrhovi: Da Sekvenca jedarne lokalizacije: KKQQEIRAQEKKRLR Mjesta C-manozilacije: Nijedno (međutim, predviđeno je 14 mjesta s ocjenom nižom od praga.http://www.cbs.dtu.dk/services/NetCGlyc/) Ciljanje mitohondrija: Nema Mjesta N-glikozilacije: Da Sekvenca gi|223941912 na pozicijama 100 i 493 sa potencijalima of 0,7200, odnosno 0,6031.
Ćelijska lokacija Predviđa se da je CCDC135 citosolno /jedarni protein with no transmembrane spans or segments. It is predicted to contain at least 56 specific phosphorylation sites koji uključuju: 20 mjesta fosforilacija proteina-kinaza C, 11 mjesta fosforilacije kazein-kinaze II i osam mjesta ovisnih o fosforilaciji cAMP/cGMP.
Također se predviđa da aminokiselinska sekvenca sadrži 10 sumoilacija ns pozicijama K236, K236, K45, K773, K499, K679, K249, K167, K540, K445, and K292.
Homologija thumb|right|280px|Sekvenca sa označenim CCDC135. LRRC57 je izuzetno dobro konzerviran, kao što je prikazano u bilješci sekvence s desne strane. Anotacija sekvence kreirana je pomoću 20 ortologa prikazanih u donjoj tabeli i pripremljena je pomoću ClustalX2 i ClustalW (u programu Biology Workbench).http://workbench.sdsc.edu/
Sljedeća tabela pruža nekoliko detalja o ortolozima ljudske verzije CCDC135. Ovi ortolozi su prikupljeni iz BLAT-a. u pretragom BLAST-a ,
VrstaUobičsjrni naziv organizmaPristup bazi NCBIIdentitet sekvence (%)Sličnost sekvence (%)Dužina (aminokiseline)Uobičajena oznaka gena Homo sapiensČovjekNP_115645.4100100874Domen upredene zavojnice ljudi 135 (CCDC135) Macaca mulattaRezus majmunXP_001100628.19698830Predcviđajnje: slično otvorenom okviru čitanja 50 hromosoma 16 Bos taurusGovedoNP_001033120.18693872Protein 135 upredene zavojnice Canis familiarisPasXP_544386.28592903Predviđanje: slično otvorenom okviru čitanja 50 hromosoma 16 Equus caballusKonjXP_0019155818187831Predviđanje: slično domenuupredene zavojnice 135 Rattus norvegicusPacovNP_0010996398491874hypothetical protein LOC291853 Mus musculusMišNP_0010361808290876Domen upredene zavojnice sa proteinom 135 Ornithorhynchus anatinusKljunarXP_001508368.17185860Predviđanje: slično proteinu 135 domena upredene zavojnice Monodelphis domesticaOposumXP_001363193.17084866Predviđanje: hipotetska proteinska izoforma 1 Gallus gallusKokošXP_425101.25772868Predviđanje: hipotetski protein Taeniopygia guttataZebrasta zebaXP_002195392.15067731- Xenopus troicalisŽabaNP_001072331.15671856Protein 135 domena upredene zavojnice Danio rerioZebricaXP_6834914666721 Slično proteinu 135 domena upredene zavojnice Tetraodon nigroviridisTetraodonCAG072724259526Neimenovani proteinski proizvod Nematostella vectensisMorska sasa XP_0016322915370817Predviđeni protein Branchiostoma floridaeFloridski kopljarXP_0026105945171850Hipotetski protein BRAFLDRAFT_275841 Ciona intestinalisMorski mlazXP_0021236654969837 Slično proteinu 135 domena upredene zavojnice Anopheles gambiaeKomaracXP_312247.43249662AGAP002677-PA Nasonia vitripennisVašXP_0016070943455868Predviđanje: hipotetski protein Drosophila melanogasterVinska mušicaNP_001036757.12847897CG34110
Reference
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 16 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika