Protein FAM57B je protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM57B. Patricia Hartz (2013) mapirela ge gen FAM57B na poziciji 16p11.2 hromosoma 16, na osnovu poravnavanja sekvenci FAM57B (GenBank AL136777) sa genomskom sekvencom (GRCh37).
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 274 aminokiseline, a molekulska težina 30.629 Da.
Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin
M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
1020304050 MLTPMVAGGVVFPGLFLLSKNTLQRLPQLRWEEADAVIVSARLVSSVQAI MASTAGYIVSTSCKHIIDDQHWLSSAYTQFAVPYFIYDIYAMFLCHWHKH QVKGHGGDDGAARAPGSTWAIARGYLHKEFLMVLHHAAMVLVCFPLSVVW RQGKGDFFLGCMLMAEVSTPFVCLGKILIQYKQQHTLLHKVNGALMLLSF LCCRVLLFPYLYWAYGRHAGLPLLAVPLAIPAHVNLGAALLLAPQLYWFF LICRGACRLFWPRSRPPPACQAQD
Kloniranje i ekspresija Na osnovu eksperimenata na mišima, predviđa se da će FAM57B imati ulogu u sintezi keramida i adipogenez. Yamashita-Sugahara et al. (2013) klonirali su tri prerađene varijante mišjeg Fam57b koje su eksprimirane putem različitih promotora. Varijante 1 i 2 kodiraju proteine sa po 275 aminokiselina, ali njihove prve 42 aminokiseline se razlikuju. Varijanta 3 kodira izvedeni protein od 225 aminokiselina sa N-terminalnim skraćivanjem u odnosu na izoforme 1 i 2. Sve tri izoforme sadrže Tram-Lag1-CLN8 (TLC) domen. Izoforme 1 i 2 imaju po šest transmembranskih domena, a izoforma 3 ima ih pet. Kvantitativna RT-PCR analiza otkrila je varijabilnu ekspresiju varijanti Fam57b u tkivima miša. Varijanta 1 bila je visoko eksprimiranana u mozgu, varijanta 2 u testisima, sa znatno nižom ekspresijom u bijelom masnom tkivu, a varijanta 3 je bila slabo eksprimirana u testisima. Izoforma 1 lokalizirana je na Golgijevom aparatu, dok su izoforme 2 i 3nalaze u endoplazmatskom retikulumu.
Funkcija gena Yamashita-Sugahara et al. (2013) uočili su pojačanu ekspresiju sve tri varijante Fam57b u mišjim ST2 i 3T3L1 ćelijama tokom diferencijacije adipocita. Pparg (, glavni regulator diferencijacije adipocita, direktno je regulirao ekspresiju Fam57b varijante 2 putem PPARG-odgovornog elementa (PPRE) u svojoj promotorskoj regiji. Prekomjerna ekspresija mišjih Fam57b varijanti 1 i 2 u ćelijama ST2 inhibirala je adipogenezu i povećala ukupni sadržaj keramida. Prekomjerno ispoljavanje Fam57b varijante 3 imalo je malo efekta. Izoforme Fam57b imale su jedinstvene učinke na keramide, s tim što je izoforma 1 blago povećavala sadržaj ćelija C18- i C20-keramida, a izoforma 2 sadržaj C16-, C18- i C20-keramida. Izoforma 3 imala je minimalan efekat na sintezu keramida.Yamashita-Sugahara, Y., Tokuzawa, Y., Nakachi, Y., Kanesaki-Yatsuka, Y., Matsumoto, M., Mizuno, Y., Okazaki, Y. Fam57b (family with sequence similarity 57, member B), a novel peroxisome proliferator-activated receptor gamma target gene that regulates adipogenesis through ceramide synthesis. J. Biol. Chem. 288: 4522-4537, 2013. Note: Erratum: J. Biol. Chem. 295: 5176 only, 2020. PubMed: 23275342
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Geni na hromosomu 16 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika