METTL26, ranije označavan kao C16orf13, je kodirajući gen za metiltransferazoliki protein 26, znan i kao JFP2. Iako je funkcija ovog gena nepoznata, razni podaci otkrivaju da se on eksprimira na visokim nivoima u različitim kanceroznim tkivima. Podekspresija ovog gena također je povezana sa posljedičnim bolestima kod ljudi.
Gen Kod ljudi, METTL26 nalazi se na kratkom kraku hromosoma 16, u trinaestom otvorenom okviru čitanja. Postoji pet varijanti transkripta ovog gena, nazvanih 1, 2, 3, 4 i 7. Najduži transkript cDNK (varijanta 1 transkripta) sadrži 854 parova baza. Ovaj transkript sastoji se od šest egzona, od kojih svi doprinose glavnoj natporodici koja je uključena u sintezu proteina, methyltransferases superfamily. Primarni transkript ovog gena dug je 1.919 baznih parova.
Susjedstvo gena Gen C16orf13 nalazi se na kraju hromosoma 16, potencijalno podložan delecijskim mutacijama.
Geni koji okružuju gen C16orf13 uključuju hipotetski protein LOC100287175 i LOC100138285, desno i RAB40C i WFIKKN1 lijevo. Ovaj gen se nalazi na minus lancu, zajedno sa LOC100138285. Ostali susjedni geni usmjereni su na suprotni način na plus lanac. Gensko susjedstvo izvorno se nalazi u bazi NCBI Gene.
Predviđena svojstva Sekundarna struktura proteina može se predvidjeti pomoću algoritama za predviđanje pojave alfa-heliksa i beta-listova unutar proteina. Analiza strukture proteina provedena je pomoću algoritama CHOFAS, GOR4 i PELE u SDSC Biology Workbench. Analize su kombinirane i uključene u susjedni dijagram. Uključene su samo strukture koje su se pojavile u više od jednog rezultata.
Protein Protein koji je kodiran ovim genom poznat je kao UPF0585, gdje UPF signalizira nepoznatu funkciju proteina. Postoji pet izoformi ovog proteina, što odgovara pet prerađenih varijanti gena. Izoforme su imenovane a, b, c, d i g. Konzervirani domen otkriven u BLAST pretrazi ove aminokiselinske sekvence je methyltransferase superfamily.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 204 aminokiseline, a molekulska težina 22.578 Da. 1020304050 MLVAAAAERNKDPILHVLRQYLDPAQRGVRVLEVASGSGQHAAHFARAFP LAEWQPSDVDQRCLDSIAATTQAQGLTNVKAPLHLDVTWGWEHWGGILPQ SLDLLLCINMAHVSPLRCTEGLFRAAGHLLKPRALLITYGPYAINGKISP QSNVDFDLMLRCRNPEWGLRDTALLEDLGKASGLLLERMVDMPANNKCLI FRKN Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Tkivna distribucija Profil ljudske ekpresije iz NCBI UniGene sugerira da je ovaj gen raširen u mnogim različitim tkivima u tijelu. Ovaj profil ekspresije sugerira da je ovaj gen "gen za održavanje", koji ima važne efekte u svim ćelijama, bez obzira na tkivo. Čini se da su najviši nivoi ekspresije u nadbubrežnoj žlijezdi, plućima i paratiroidnoj žlijezdi.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ESTProfileViewer.cgi?uglist=Hs.239500 Postoji mnogo dodatnih lokacija, osim ove tri, gdje je gen izražen u visokom nivou. Čini se da nema stvarne sličnosti u nekoliko tkiva u kojima gen nije eksprimiran. Ovi podaci o ekspresiji ne daju nikakve naznake o određenoj funkciji, osim što sugeriraju da je gen uključen u funkciju "održavatelja" gotovo svih ćelija.
Distribucija po vrstama Upotrebom Dotlet program , napravljena je tačkasti dijagram poređenja ljudskog gena sa njegovim ortologom kod čimpanze.
Postoji konzerviranost sekvence na početku i na kraju gena, sugerirajući konzervaciju i sličnost u 5 'i 3' neprevedenih regija.
Ova sličnost sekvenci u 5 ’UTR i 3’ UTR ne proširuje se na prošlost kod vrsta sisara i ne pokazuje gotovo nikakvu sličnost na tačkama ljudskog gena sa srodnim vrstama, kao što je „Xenopus tropicalis“.
Poravnavanje višestrukih sekvenci izvedeno pomoću SDSC Biology Workbench otkriva malu sličnost sekvence među vrstama koje su udaljenije od primata u uzvodnom dijelu gena. Blizu početka mjesta transkripcije u ljudskom genu C16orf13, postoji velika konzerviranost među primatima u kojima su bili dostupni podaci, posebno ortolozi gena C16orf13 o ljudskom, orangutanskom i rezus majmuna. Velika sličnost sekvenci među primatima očigledna je u čitavoj promotorskoj regiji, 5'UTR i genu C16orf13.
VrstaUobičajeni nazivUobičajena oznaka genaGeneBroj pristupa bazi NCBIIdentitet sekvenceOčekivana vrijednostDužina sekvence (bp)Datiranje divergencije od ljudi u milionima godina (podaci iz TimeTree.org) Homo sapiensČovjekC16orf13NM_032366.3100%08540 Pan troglodytesObični čimpanzaLOC467858NM_032366.398%07846,4Canis lupus familiarisPasC6H16orf13XM_547214.388%086594,4Mus musculusMiš0610011F06RikNM_026686.286%082592,4Xenopus tropicalisZapadna kandžasta žabac16orf13NM_001039734.1Pretraga baze BLAST nije našla nikakvu sličnostPretraga baze BLAST nije našla nikakvu sličnost993371,2
Interakcije Malo je poznatih interakcija ovog proteina. U bazi podataka GeneCards nisu pronađene interakcije or in the MINT database. A STRING search resulted in two gene outputs. Ove dvije interakcije gena, međutim, spadaju u kategoriju dokaza o susjedstvu gena, što ne mora nužno sugerirati da ti geni međusobno sudjeluju na bilo koji značajan način ili su čak istovremeno eksprimirani. Za sada ne postoje čvrsti dokazi o interakcijama s ovim proteinom.
Vezane bolesti Podaci iz eksperimenata na mikromrežama povezuju ekspresiju ovog gena s rakom u različitim tkivima, posebno rakom dojke i [frak želuca|želuca]]. Pored toga, ekspresija ovog gena povezane je i sa ostalim bolestima, posebno vezivnog tkiva, prehrambenim i metaboličkim i probavnim poremećajima. The canSAR Workbench database reveals microarray data that may link over or under expression of the C16orf13 gene to various carcinomas https://cansar.icr.ac.uk/cansar/index2.php?redirect=treport&redirect_value=Q96S19&focus=&context=&goto=&tab=target_report_expression#main_tab_holder:target_report_tab:target_report_expression
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 16 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika