Ljudski gen KDM2B kodira enzimski protein lizin (K)-specifičma demetilaza 2B.
Tkivna i subćelijska distribucija
KDM2B je široko i visoko eksprimiran u embrionskim tkivima (posebno u razvoju centralnog nervnog sistema kičmenjaka). Ekspresija KDM2B je također zadržana u većini organa kod odraslih. Protein je prisutan u nukleoplazmi i obogaćen je u jedarcetu, gdje veže transkribiranu regiju ribosomske RNK (rRNK), kako bi potisnuo transkripciju gena ribosomske RNK koja inhibira rast i proliferaciju ćelija.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 1.336 aminokiselina, a molekulska težina 152.615 Da..
1020304050 MAGPQMGGSAEDHPPRKRHAAEKQKKKTVIYTKCFEFESATQRPIDRQRY DENEDLSDVEEIVSVRGFSLEEKLRSQLYQGDFVHAMEGKDFNYEYVQRE ALRVPLIFREKDGLGIKMPDPDFTVRDVKLLVGSRRLVDVMDVNTQKGTE MSMSQFVRYYETPEAQRDKLYNVISLEFSHTKLEHLVKRPTVVDLVDWVD NMWPQHLKEKQTEATNAIAEMKYPKVKKYCLMSVKGCFTDFHIDFGGTSV WYHVFRGGKIFWLIPPTLHNLALYEEWVLSGKQSDIFLGDRVERCQRIEL KQGYTFFIPSGWIHAVYTPVDSLVFGGNILHSFNVPMQLRIYEIEDRTRV QPKFRYPFYYEMCWYVLERYVYCVTQRSHLTQEYQRESMLIDAPRKPSID GFSSDSWLEMEEEACDQQPQEEEEKDEEGEGRDRAPKPPTDGSTSPTSTP SEDQEALGKKPKAPALRFLKRTLSNESEESVKSTTLAVDYPKTPTGSPAT EVSAKWTHLTEFELKGLKALVEKLESLPENKKCVPEGIEDPQALLEGVKN VLKEHADDDPSLAITGVPVVTWPKKTPKNRAVGRPKGKLGPASAVKLAAN RTTAGARRRRTRCRKCEACLRTECGECHFCKDMKKFGGPGRMKQSCIMRQ CIAPVLPHTAVCLVCGEAGKEDTVEEEEGKFNLMLMECSICNEIIHPGCL KIKESEGVVNDELPNCWECPKCNHAGKTGKQKRGPGFKYASNLPGSLLKE QKMNRDNKEGQEPAKRRSECEEAPRRRSDEHSKKVPPDGLLRRKSDDVHL RKKRKYEKPQELSGRKRASSLQTSPGSSSHLSPRPPLGSSLSPWWRSSLT YFQQQLKPGKEDKLFRKKRRSWKNAEDRMALANKPLRRFKQEPEDELPEA PPKTRESDHSRSSSPTAGPSTEGAEGPEEKKKVKMRRKRRLPNKELSREL SKELNHEIQRTENSLANENQQPIKSEPESEGEEPKRPPGICERPHRFSKG LNGTPRELRHQLGPSLRSPPRVISRPPPSVSPPKCIQMERHVIRPPPISP PPDSLPLDDGAAHVMHREVWMAVFSYLSHQDLCVCMRVCRTWNRWCCDKR LWTRIDLNHCKSITPLMLSGIIRRQPVSLDLSWTNISKKQLSWLINRLPG LRDLVLSGCSWIAVSALCSSSCPLLRTLDVQWVEGLKDAQMRDLLSPPTD NRPGQMDNRSKLRNIVELRLAGLDITDASLRLIIRHMPLLSKLHLSYCNH VTDQSINLLTAVGTTTRDSLTEINLSDCNKVTDQCLSFFKRCGNICHIDL RYCKQVTKEGCEQFIAEMSVSVQFGQVEEKLLQKLS Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Struktura
Protein KDM2B ima nekoliko domena, uključujući JmjC domen, koji ima aktivnost histon-demetilaze demetilirajući trimetilirani Lys-4 i dimetilirani Lys-36 histona H3. KDM2B posebno prepoznaje i veže nemetiliranu DNK na CpG-otocima preko svog domena vezanja ZF-CxxC DNK. KDM2B posljedično regrutira nekanonski polikombni represivni kompleks 1.1 (ncPRC1) na nemetilirane CpG otoke, direktnom interakcijom sa BCOR i PCGF1 što dovodi do mono-ubikvililacije histona H2A na K119 i represije gena.
Funkcija
Ovaj gen kodira člana porodice proteina F-kutije, koju karakterizira motiv od približno 40 aminokiselina. Proteini F-kutije čine jednu od četiri podjedinice kompleksa ubikvitinskih proteinskih ligaza zvanog SCF (SKP1-kulin-F-kutija), koji funkcioniraju u fosforilacijski zavisnoj ubikvitinaciji. Proteini F-kutije su podijeljeni u 3 klase: Fbws koji sadrže domene WD-40, Fbls koji sadrže leucin-bogate ponavljanja i Fbxs koji sadrže ili različite module interakcije protein-protein ili bez prepoznatljivih motiva. Protein kodiran ovim genom pripada klasi Fbls. Za ovaj gen pronađeno je više alternativnih prerađenih varijanti transkripta , ali priroda nekih varijanti u cijeloj dužini nije utvrđena.
Kao dio kompleksa ncPRC1.1, utvrđeno je da se KDM2B brzo i prolazno regrutira na mjesta oštećenja DNK na način ovisan o PARP1 i bezvremeno, kako bi se podsticala mono-ubikvitinacija histona H2A na K119 uz istodobno lokalno smanjenje razine H2A i povećanje H2A.Z. Ovi događaji podstiču transkripcijsku represiju na lezijama DNK, signalizaciju prekida dvostrukih lanaca i popravak homologne rekombinacije. Aktivnost kompleksa ncPRC1.1 na lezijama DNK bila je neophodna za pravilno regrutiranje dva kanonska kompleksa PRC1 (cPRC1.2 i cPRC1.4), definirana njihovim PCGF podjedinicama, MEL18 i BMI1. Stoga aktiviranje kompleksa ncPRC1.1 predstavlja rani i kritični regulatorni korak u popravci homologne rekombinacije.
Klinićki značaj
Gubitak KDM2B dovodi do ozbiljnih razvojnih nedostataka (defekti rasta u mozgu, uključujući neuspjeh zatvaranja nervne cijevi i kraniofacijalne malformacije, hematopoetski razvoj) što dovodi do smrtnosti embriona
Reference
Dopunska literatura
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 12 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika