Protein YIF1A je protein koji je kod ljudi kodiran genom YIF1A.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 293 aminokiseline, a molekulska težina 32.011 Da..
1020304050 MAYHSGYGAHGSKHRARAAPDPPPLFDDTSGGYSSQPGGYPATGADVAFS VNHLLGDPMANVAMAYGSSIASHGKDMVHKELHRFVSVSKLKYFFAVDTA YVAKKLGLLVFPYTHQNWEVQYSRDAPLPPRQDLNAPDLYIPTMAFITYV LLAGMALGIQKRFSPEVLGLCASTALVWVVMEVLALLLGLYLATVRSDLS TFHLLAYSGYKYVGMILSVLTGLLFGSDGYYVALAWTSSALMYFIVRSLR TAALGPDSMGGPVPRQRLQLYLTLGAAAFQPLIIYWLTFHLVR
Gen
Opća svojstva YIF1A (homolog Yip1 interakcijskog faktora A) poznat je i kao YIF1, YIF1P, FinGER7 i 54TM. Kod ljudi, ima 4.591 parova baza s osam egzona, a nalazi se na minus lancu hromosoma 11,sekvenca 11q13,2.
Promotori Četiri su predviđena promotora za YIIF1A. Predviđena regija promotora s najvećim povjerenjem je GXP_50494 i duga 1.252 parova baza; proteže se od prvog egzona YIF1A. Ovaj promotor se nalazi na minus lancu hromosoma 11.
Faktori transkripcije Promotorska varijanta 1 transkripta YIF1A sadrži brojna mjesta vezanja transkripcijskog faktora. Transkripcijski faktori za koje se predviđa da će se vezati za promotorsku regiju uključuju sljedeće.
Protein akutne mijeloidne leukemije 1, RUNX1 (transkripcijski faktor 1 povezan s tuntom) Protein cinkovog prsta 263, ZKSCAN12 (protein cinkovog prsta sa KRAB i SCAN domenima 12) E2F transkripcijski faktor 1 EGR1, rani odgovor na rast 1 GATA-vezujući faktor 1 CP2-oliki transkripcijski faktor 1 (LBP-9) X-boks vezujući protein RFX1 Elementi odgovora na estrogen (ER alfa), IR3 mjesta Laktotransferin i deltalaktoferin, protein koji inhibira rast 12 TGFB-inducirani protein ranog odgovora na rast 1 (KLF10)
Ekspresija Ekspresija YIF1A je najjača u duodenumu i jetri. Također se eksprimirs u umjerenim količinama i u tkivima, uključujući debelo crijevo,jajnike, gušteraču, slezenu i jednjak, a izražava se u nižim razinama u raznim drugim tkivima. NCBI GeoProfile data provide the tissue expression graph for YIF1A in humans; it also indicates that YIF1A is expressed at moderately to moderately low across all other tissues.
iRNK thumb|YIF1A,sa domenima i posttranslacijskim modifikacijama YIF1A ima izoforme 1 i 2, s egzonima 8 i 7. Dva transkripta podvrgavaju se alternativnoj preradi i prevode se u proteine s 293, odnosno 241 aminokiselinom.
RNK-vezujući proteini 5'neprevedena regija ima mjesta vezanja za RBXM, EIF4B i FUS. 3 'neprevedena regija predviđa mjesta vezivanja za ELAVL1, koji je elementima bogatim AU i regulira stabilnost iRNK.
Protein
Opća svojstva Najduža proteinska izoforma YIF1A ima 293 aminokiseline. Ima molekulsku težinu od približno 32,0 kDa, s predviđenom izoelektričnom tačkom od približno 8,98.
Kompozicija YIF1 je vrlo normalan protein u smislu količine aminokiselina koje sadrži. Sastav svakog aminokiselinskog ostatka sličan je njegovom prosječnom relativnom sastavu među ljudskim proteinima. Nema grupa naboja, pokretljivosti ili obrazaca. Postoji ponavljajuća struktura na [201-204 i 288-291] TFHL.
Domeni i motivi YIF1A ima jedan konzervirani domen, pfam03878 (AA 57 →287). Unutar domena postoji pet transmembranskih domena, po tri necitosolna i citosolna domena. Pretpostavljeno je da postoji moguća uloga u transportu između endoplazmatskog retikuluma i Golgijevog parata.
Struktura thumb|Proteinska struktura YIF1A generirana prema I-Tasser i vizuelizirana pomoću iCn3D. Transmembranski domeni su crveni, necitosolni su žuti, a citosolni su tamnu ružičasti. Struktura YIF1A sastoji se od približno 59% alfa-heliksa, s TM spiralom i neuređenim regijama koje čine ostatak strukture; nije predviđen beta-lanac.
Lokalizacija Predviđena lokacija YIF1A je u endoplazmatskom retikulumu, s unutarćelijskim N– i vanćelijskin C-krajem.
Posttranslacijske modifikacije YIF1A prolazi kroz cijepanje metionina i N-terminalnu acetilaciju, što je jedna od najčešćih posttranslacijskih modifikacija eukariotskih proteina. Također se fosforilira neodređenim kinazama na nekoliko mjesta. Three glycation site is predicted in lysine residue(lys 104,161, and 211). YIF1A se podvrgava modifikaciji O-ß-GlcNAc na pet lokacija, od kojih je jedno mjesto Yin-Yang.
Interaktivni proteini Na osnovu fluorescentne mikroskopije, potvrđena dva hibrida i anti-tag koimunoprecipitacije, a proteini koji će najvjerojatnije stupiti u interakciju s YIF1A su GPR37, SEC23IP, REEP2 i YIPF5 . Studije pokazuju da interakcija između VAPB -a i YIF1A kontrolira isporuku membrane u dendrite. Također učestvuje u ER-proteinu razvijenog odgovora (UPR), indukcijom ERN1/IRE1. Osim toga, protein YIF1A stupa u interakciju s proteinom M SARS-Cov-2.
thumb|Koncepcijska translacija varijante 1 transkripta Hsa_YIF1A , iRNK (NM 020470)
Homologija YIF1A ima jedan paralog pod nazivom YIF1B, koji se nalazi na ljudskom kromosomu 19. YIF1A ima 238 identificiranih ortologa. Ortolog sadrže kičmenjaci poput sisara, vodozemci i gmizavci. Također imaju i beskičmenjaci kao što su Insecta, Anthozoa i Ascidiacea. Nije pronađen ortolog kod protista, bakterija ili arheja.
Sljedeća tabela daje obrasce ortologa YIF1A.
+Rod i vrstaPrisrupni brojDate+iranje divergencije sa čovjekom (milioni godina)Dužina sekvence(AA)Identitet sekvenceHomo sapiens (Čovjek)NP_0652030293100Aotus nancymaae (Maov noćni msjmun)XP_0123183444331794Mus musculus (Miš)NP_0808299029393Sus scrofa (Divlja svinja)XP_0138495199631192Delphinapterus leucas (Bijeli kit)XP_0224470949630691Phascolarctos cinereus (Koala)XP_02082375715929388Ornithorhynchus anatinus(Kljunar)XP_02891598217729388Chelonia mydas (Zelena kornjača)XP_00705628131224078XP_00530549731229373Microcaecilia unicolor (vodozemac)XP_02947052035230672Rhinatrema bivittatum(Doprukasta cecilija)XP_02947052035230771Latimeria chalumnae (Latimerija)XP_01434520441329671Salmo trutta (Potočna pastrmka)XP_02958584343530970Echeneis naucrates (Sisačka ajkula)XP_02936807443530866Danio rerio (Zebrica)NP_95622543530765Maylandia zebra (zebrica mbuna)XP_00454567243530863Saccharomyces cerevisiae S288C ('''Pekarski kvasac)|NP_014136 |1017 |314 |33 |- |Physcomitrium patens'' (mahovina)XP_024362517127528230
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Geni na hromosomu 11 Kategorija:Proteomika