PROSER2, znan i kao prolinom i serinom bogti protein 2, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom PROSER2. PROSER2 ili otvoreni okvir čitanja 47 hrobosoma 10, nalazi se na pojasu 14 kratkog kraka hromosoma (10p14) i sadrži visoko konzervirani domen SARG.NCBI (National Center for Biotechnology Information) Protein To je brzorazvijajući It gen sa dva paraloga, c1orf116 i specifična androgen-regulirni proteinska izoforma 1.NCBI BLAST (National Center for Biotechnology Information Basic Local Alignment Search Tool ) [http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]Time Tree [http://www.timetree.org/] Protein PROSER2 ima još neokarakteriziranu funkciju, ali, kod ljudi, on može imati ulogu u regulaciji ćelijskog ciklusa, reproduktivnom funkcioniranju i potencijalni je biomarker kancera.Pawlowski,T.,Yeatts, K., and Akhavan, R. (2012). Circulating biomarkers for cancer.Birrer, M.J., Bonome, T.A., Sood, A., and LU, C. (2013). Pro-angiogenic genes in ovarian tumor endothelial cell isolates.Nguyen,L.S., Kim, H.-G., Rosenfeld, J.A., Shen, Y., Gusella, J.F., Lacassie, Y., Layman, L.C., Shaffer, L.G., and Gécz, J. (2013). Contribution of copy number variants involving nonsense-mediated mRNA decay pathway genes to neuro-developmental disorders. Hum. Mol. Genet. 22, 1816–1825.Schettini, J., Hornung, T., Holterman, D., and Spetzler, D. (2014). Biomarker compositions and methods.Seto, M., Tagawa, H., Yoshida, Y., and Kira, S. (2008). Methods for Diagnosis and Prognosis of Malignant Lymphoma.Zarbl, H., and Graham, J. (2014). Novel Method of Cancer Diagnosis and Prognosis and Prediction of Response to Therapy. Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 435 aminokiselina, а molekulska težina 45.802 Da.
1020304050 MPVTHRKSDASDMNSDTSPSCRLRAFSRGGSLESRSSSSRSRSFTLDDES LKYLTHEEKDVLLFFEETIDSLDEDFEEPVLCDGGVCCLCSPSLEESTSS PSEPEDVIDLVQPAPGAGEAEGLPEGTQAAGPAPAGKEHRKQDAETPPPP DPPAPETLLAPPPLPSTPDPPRRELRAPSPPVEHPRLLRSVPTPLVMAQK ISERMAGNEALSPTSPFREGRPGEWRTPAARGPRSGDPGPGPSHPAQPKA PRFPSNIIVTNGAAREPRRTLSRAAVSVQERRAQVLATIHGHAGAFPAAG DAGEGAPGGGSSPERVARGRGLPGPAESLRAGGQAPRGPALANGFPSAHE ALKSAPSSFAPAGKSLCFRPGPALPSTRARQSFPGPRQPNGAQDWRRADS LPRPQGITVQFAGRGSSEEARREALRKLGLLRESS
Gen Ovaj gen je dug 48.880 baza sa 3.360 parova baza nakon transkripcije do iRNK.NCBI (National Center for Biotechnology Information) NucleotideNCBI (National Center for Biotechnology Information) Gene PROSER2 ima pet varijanti prerade, od kojih su tri alternativno prerađene, a dvije su neprerađene forme.NCBI (NationalCenter for Biotechnology Information) AceView [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Acembly/] Sadrži uzvodno uokvirenistop kodon i 2.000 bp dugipromotor.Ensembl
Lokus Kod čovjena, PROSER2 nalazi se na desetom hromosomu (sekvencas 10p14). Orijentiran je na plus lanac DNK i ima pet egzona.GeneCards [http://www.genecards.org/]
Transkript PROSER2 Prerađena varijantaImeDužina sekvence (bp)Dužina proteina (aa)Masa (Da)TipObrazac1 – Primarni transkriptPROSER2; c10orf47336043545,802Protein kodirajući (puna dužina)5 egzona; 4 kodirajuća egztona Predviđeno: 1 dimetilirani arginin; 1 omega-N-metilarginin
37 mjesta fosforilacije;NetPhos. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/] 2 SUMO I motiva;GPS-SUMO. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/] 2 mjesta S-palmitoilacije;GPS-Lipid. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/] 2 mjests GalNac O-glikozilacijeYinOYang. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]
Izoelektrična tačka: 6,81
Električni naboj: 3,021.646341Protein kodirajući5 egzona; 4 kodirajuća egzona3c10orf47 izoforma CRA_b1.23223924.793Protein kodirajući1 egzon; 1 kodirajući egzon Izoelektrična tačka: 12.21
Električni naboj: 19,04476859.554Protein kodirajući3 egzona; 2 kodirajuća egzona 3' skraćen u transkriptu; 85. aa je neterminalni ostatak; 85. aa je neterminalni ostatak
Izoelektrična tačka: 4,25
Električni naboj: –8,05728NeproteinskiPrerađeni transkript4 egzon; 0 kodiraućih egzona
Homologija i evolucija thumb|Evolucijska historija PROSER2 u odnosu na citohrom C i fibrinogensku podjedinicu alfa. Svaka tačka podataka na grafikonu predstavlja homolog ljudskog gena nađenog u drugoj vrsti koji je pronađen pomoću BLAST pretraživanja. Ovo pretraživanje rezultiralo je postotkom identiteta koji su graftirani prema procijenjenom vremenu odstupanja od ljudi koje je pronađeno pomoću TimeTree-a. Ovaj grafikon pokazuje da je "PROSER2" gen koji brzo evoluiraa, slično fibrinogenskoj podjedinici alfa.<ref>NCBI BLAST (National Center for Biotechnology Information Basic Local Alignment Search Tool )</nowiki></ref>Time Tree|581x581px
Ortolozi Ortologni prostor za PROSER2 je prilično velik, jer je prijavljeno da 143 organizma imaju ortologe sa ljudskim PROSER2. Najdalji ortolog od ljudskog PROSER2 je morski pas slon, Callorhinchus milii. Najdalji srodnici ljudi sa PROSER2 su ribe, uključujući morske pse (hrskavičave ribe). Po tome može se zaključiti da je PROSER2 nastalo kod kičmenjaka.
Paralozi Ljudski gen PROSER2 ima dva paraloga: otvoreni okvir čitanja c1orf116 i specifičnu izoformu genskog proteina reguliranu androgenima 1.
Konzervirane regije Više poravnavanja sekvenci pokazalo je da je 3’ kraj dva proteina bogatog prolin-serinom 2 visoko konzerviran u udaljenim i bliskim homolozima. Ove široko konzervirane aminokiseline koje se nalaze u svih primata, sisara, gmizavaca, ptica, vodozemaca, riba i morskih pasa za koje su dostupne sekvence uključuju: R421, G406, V409, A424, L425, L428, G429 i L430. Može se primijetiti da ove visoko konzrvirane aminokiseline obuhvataju veći dio 3’ kraja domena specifično reguliranog androgena genskog proteina (SARG). Kraj 5' proteina bogatog 2 prolin-serinom 2 visoko je konzerviran kod bliskih srodnika ljudi, uključujući sve primate, sisare, gmizavce i ptice za koje su dostupne sekvence. PROSER2 ima ravnomjernu ravnotežu baznih i kiselih ostataka koji su konzervirani u svim homolozima.SDSC (San Diego Supercomputer Center) Biology Workbench. BOXSHADE [http://workbench.sdsc.edu/]SDSC (San Diego Supercomputer Center) Biology Workbench. ClustalW Multiple Sequence Alignment [http://workbench.sdsc.edu/]
Evolucijski obrazac PROSER2 je brzoevoluirajući gen, sličan fibrinogenskoj podjedinici alfa (FGA). Skoro savršeno se usklađuje sa fibrinogenovom evolucionom historijom i mnogo je udaljeniji od evolucijskog vremenskog slijeda ctohroma C (CYCS) koji evoluira sporije od PROSER2 ili FGA . Duplikacije gena PROSER2 dogodile su se otprilike kod riba koje su divergirale od ljudi prije oko 436,8 miliona godina.
Prolinomu serinom bogati protein 2 U Homo sapiens, PROSER2 kodira protein 2, bogat prolinom i serinom, koji je dugačak 435 aminokiselina i ima molekulsku težinu od 45.802 Da. Ovaj protein ima prilično neutralnu baznu izoelektričnu tačku od 6,81.Isoelectric Point Determination. Biology WorkBench [http://workbench.sdsc.edu] Protein 2 bogat prolinom i serinom sadrži konzervirani domen SARG (specifično genski protein reguliran androgenima) koji obuhvata 388 aminokiselina unutar PROSER2. SARG domen pripada porodici gena pfam15385. Njegova prava funkcija tek treba biti razjašnjena, ali se sumnja na androgene receptore, jer je reguliran prema gore u prisutnosti androgena, ali ne i glukokortikoida.Marchler-Bauer A et al. (2015), "CDD: NCBI's conserved domain database.", Nucleic Acids Res. 43(Database issue):D222-6. SARG domen je visoko eksprimiran u prostati, gde je također prijavljen PROSER2. centre|thumb|802x802px|Unutrašnja struktura i obrasci ljudskog proteina PROSER2.EnsemblUniProt [http://www.uniprot.org/uniprot/]
Unutrašnja struktura proteina ObrasciLokacijaSer-bogata regijaaa 8–43Regija niske kompleksnostiaa 27–43Regija niske kompleksnostiaa 87–105Regija niske kompleksnostiaa 113–126Regija niske kompleksnostiaa 143–171Pro-bogata regijaaa 147–254Regija niske kompleksnostiaa 228–246Regija niske kompleksnostiaa 291–310SARG Domen (Specifični androgen-regulirani gen protein)aa 44–433
Postranslacijske modifikacije PROSER2 sadrži 35 predviđenih mjesta fosforilacije serina, kao i dva predviđena mjesta fosforilacije treoninana konzerviranim ostacima.NetPhos. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/] Predviđa se i da sadrži i dva motiva interakcije SUMO-a, dva mjesta S-palmitoilacije, kao i dva mjesta GalNac O-glikozilacije, koja se nalaze na ili blizu visoko konzerviranih aminokiselina.GPS-SUMO. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]GPS-Lipid. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]YinOYang. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/] Ove modifikacije mogu promijeniti proteina|savijanje]] i funkciju proteina za koji se predviđa da će biti lokaliziran u jedru.Predict Protein. [https://www.predictprotein.org/]
Predviđena sekundarna struktura Struktura PROSER2 još je neokarakterizirana. Međutim, vjerojatno će sadržavati četiri alfa-heliksa i pet domena beta-listova koji su konzervirani u svim homolozima sisara.PELE. SDSC Biology Workbench [http://workbench.sdsc.edu/] Na temelju strukturnih karakteristika i posttranslacijskih modifikacija, predviđa se da je to topljivi protein koji se izlučuje iz jedra neklasičnim putem sekrecije.SOSUI. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]Secretome. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]
Funkcija Funkcija proteina bogatog prolinom i serinom 2 još je nepoznata. Međutim, u nekoliko američkih patenata naveden je kao potencijalni biomarker) raka.
Interaktivni proteini Prethodni eksperimenti su otkrili da "PROSER2" stupa u interakciju s nekoliko drugih proteina, uključujući: STK24, ESR2, POT1, ACTB i EPS8.STRING 10: Known and Predicted Protein-Protein Interactions. [http://string-db.org/] Ovi proteini u interakciji su uključeni u kontrolu apoptoze, umnožavanja reproduktivnih ćelija, održavanja telomera, integriteta ćelije i napredovanja ćelijskog ciklusa. Ove interakcije identificiraju PROSER2 kao gen koji je snažno uključen u regulaciju ćelijske diferencijacije i apoptoze.
Ekspresija Ekspresija PROSER2 je izrazito specifična za tkivo, a koja je često niska. Kod ljudi, PROSER2 je najviše eksprimirann u koštanoj srži, fetusnom mozgu, fetusnom bubregu, jetri, fetusnoj jetri, plućima, uključujući i fetusna, limfnim čvorovima, prostati, želucu, timusu i dušniku (ID GEO profil: 69555271). Utvrđeno je i da je visoko eksprimiran u debelom crijevu, sjemenicima, paratiroidnoj žlijezdi i maternici (GEO profil ID: 10034772) . Visoka ekspresija u tkivu testisa i prostate je očekivana, s obzirom na postojanje SARG domena u genu i njegovu povezanost s androgenima. PROSER2 je najmanje eksprimiran u srcu, kičmenoj moždini i nekoliko područja u mozgu odrasle osobe (GEO profil ID: 69555271).PROSER2 ima veću ekspresiju kod pacijenata sa ETP-ALL (rani prekursor akutnih limfoblastnih leukemija T-ćelija), u poređenju sa kontrolama (GEO profil ID: 92018456) i visoko je eksprimiran u primarnim tumorima prostate u usporedbi s benignim i malignim obrascima (GEO profil ID: 14264706). PROSER2 je nedovoljno izražen kod muškaraca s AIS-om (sindrom neosjetljivosti na androgene), što slijedi s prethodno opisane dokaze u vezi s domenom SARG. Utvrđeno je da liječenje dihidrotestosteronom inducirs genitalne fibroblaste da povećaju ekspresiju PROSER2 , što dodatno potvrđuje da je to gen koji reagira na androgene (GEO profil ID: 20808032).
Interakcije faktora transkripcije