MAP11 (skr. od: Mikroubula-asocirani protein 11) je protein koji je kod ljudi kodiran genom MAP11. Ranije je vio poznat pod generičkim imenom C7orf43. C7orf43 nema drugi ljudski pseudonim, ali se u miševa može naći kao BC037034.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 580 aminokiselina, а molekulska težina 62.597 Da..
1020304050 MESQCDYSMYFPAVPLPPRAELAGDPGRYRALPRRNHLYLGETVRFLLVL RCRGGAGSGTGGGPGLGSRGAWAELATALAALASVSAGGGMPGGGGAGDQ DSEPPGGGDPGGGGLFRGCSPLLTHGPGPATSGGATTLPVEEPIVSTDEV IFPLTVSLDRLPPGTPKAKIVVTVWKREIEAPEVRDQGYLRLLQTRSPGE TFRGEQSAFKAQVSTLLTLLPPPVLRCRQFTVAGKHLTVLKVLNSSSQEE ISIWDIRILPNFNASYLPVMPDGSVLLVDNVCHQSGEVSMGSFCRLPGTS GCFPCPLNALEEHNFLFQLRGGEQPPPGAKEGLEVPLIAVVQWSTPKLPF TQSIYTHYRLPSVRLDRPCFVMTASCKSPVRTYERFTVTYTLLNNLQDFL AVRLVWTPEHAQAGKQLCEEERRAMQAALDSVVCHTPLNNLGFSRKGSAL TFSVAFQALRTGLFELSQHMKLKLQFTASVSHPPPEARPLSRKSSPSSPA VRDLVERHQASLGRSQSFSHQQPSRSHLMRSGSVMERRAITPPVASPVGR PLYLPPDKAVLSLDKIAKRECKVLVVEPVK
Genski lokus Kod ljudi, MAP11 nalazi se u dugom kraku hromosoma 7 (7q22.1), i nalazi se na negativnom (antisens) lancu. Geni koji se nalaze oko C7orf43 uključuju GAL3ST4, LAMTOR4, GPC2. Kod ljudi, C7orf43 ima devet otkrivenih uobičajenih jednonukleotidnih polimorfizama (SNP), koji se svi nalaze u nekodirajućim regijama i stoga ne utiču na aminokiselinsku sekvencu. thumb|left|500px|Gensko susjedstvo gena C7orf43 na ljudskom hromosomu 7
iRNK
Prerađene varijante thumb|right|500px|Primarni transkript of izoforme 1 C7orf43 sa 11 egzona i 10 introna (NCBI Aceview:C7orf43) MAP11 kodira dvije izoforme, dužu C7orf43 izoformu 1, od 2.585 sa 11 egzona i 10 intron. C7orf43 izoforma 1 kodira protein dug 580 aminokiselina sa samo jednim mjestom poliadenilacije. C7orf43 izoformA 2 duga je 2.085 parova baza i kodira protein od 311 aminokiselina. U više navrata prijavljene su dvije dodatne izoforme koje kodiraju proteine sa 199 i 206 aminokiselina. Protein Sastav i domeni Ljudski protein MAP11 ima izoelektričnu tačku od 8,94. MAP11 također ima glicin-bogato područje koje obuhvata aminokiseline 54 do 134. Analiza pomoću alata SAPS SDSC Biology Workbencha pokazala je da ovo područje bogato glicinom nije konzervirano u smislu specifičnih položaja ostataka glicina, ali je dobro konzervirano u ukupnom sadržaju glicina u sisara i gmizavaca, iako ne u košljoriba. C7orf43 uglavnom je nenaelektrisan, a ova neutralna raspodjela naboja očuvana je kod sisara i gmizavaca, ali košljoribe imaju najmanje jednu skupinu negativnog naboja Predviđeno je da C7orf43 nema signalni peptid u svojih prvih 70 aminokiselinskih ostataka. Međutim, predviđa se da vakuolno ciljani motiv u ljudskom proteinu počinje od ostatka 258. Pokazalo se da je ovaj motiv vakuolnog ciljanja konzerviran kod sisara, gmizavaca, ptica, vodozemaca i košljoriba. Tkivna ekspresija MAP11 ima široko rasprostranjenu umjerenu ekspresiju sa varijabilnošću tkiva do tkiva kod ljudi i kod ostalih sisarskih vrsta. Pokazalo se da je mišji ortolog C7orf43 sveprisutno izražen u mozgu, kao i kod mišjeg embrionskom centralnog nervnog sistema.
Regulacija MAP11 ima jednu promotorsku regiju, uzvodno od svog mjesta za transkripciju, kako je predviđeno Genomatix. Ovaj promotor je dug 657 parova baza i nalazi se na pozicijama 99756182 do 99756838 pb u negativnom lancu hromosoma 7. Postoji nekoliko mjesta vezanja transkripcijskog faktora. koja se nalaze u ovom promotoru, uključujući mjesta vezanja za cinkov prst i faktore transkripcije slične Kruppelu. 20 najboljih mjesta vezivanja transkripcije koje je predvidio ElDorado iz Genomatixa navedeno je u sljedećoj tablici. Detaljni podaci o porodici Detaljni podaci o matriksu Početni položaj Položaj kraja Sidreni položaj Lanac Rezultat sličnosti matriksa Sekvenca Brachyury gen, faktor razvoja mezoderma T-kutijski transkripcijski faktor TBX20 617 645 631 + 1 agcagccggAGGTgtcgggaccctctgga C2H2 transkripcijski faktori cinkovog prsta 2 KRAB-proteion 300 sa cinkovim prstom596 618 607 + 1ccggccgCCCCagccgggcgcag Domenski faktori replikacijske viljuške Alternativno prerađena varijanta FOXP1, aktivirana u ESC-ovima 37 53 45 – 1aaaaaaaAACAaccctt Gen pleomorfnog adenomaGen 1 pleomorfnog adenoma 411 433 422–1gaGGGGgcggggtcccgctgctc Gen pleomorfnog adenoma Pleomorphic adenoma gene 1 464 486 475–1gaGGGGgcgtggccgccgaggcc Transkripcijski faktor II B RNK-polimeraze II Transkripcijski faktor II B (TFIIB) element prepoznavanja 197 203 200 + 1ccgCGCCProtein TGF-beta indicirane apoptozeCistein-serin-bogati jedarni protein 1 (AXUD1, AXIN1 nadregulirani 1) 73 79 76– 1AGAGtga GC-kutijski faktori SP1/GC Stimulirajući protein 1, sveprisutni faktor transkripcije cinkovih prstiju 418 434 426 –0,998 ggaggGGGCggggtccc Ljudski i mišji faktori ETS1Ets varijanta 3 486506 496–0,996gagaaacaGGAAgcggaaggg Kruepeloliki transkripcijski faktori Krueppeloliki faktor obogaćen crijevima / KLF4 469 485 477–0,994agggggcGTGGccgccg Dvošaki homeodomen transkripcijskih faktora cinkovog prsta AREB6 (Atp1a1 regulatorni faktor vezanja elementa 6) 495507 501 + 0,994ttcctGTTTctctTranskripcijski faktor RU49 cinkovog prsta, proliferecija cinkovog prsta 1 - Zipro1Transkripcijski faktor RU49 cinkovog prsta , proliferecija cinkovog prsta 1 - Zipro1). RU49 pokazuje snažnu sklonost vezivanju za tandemska ponavljanja minimalnog mjesta vezivanja za konsenzusni RU49.522 528 525 + 0,994 cAGTAcc Krueppeloliki transkripcijski faktori Sržni promotor-vezujući protein (CPBP) sa 3 Krueppel-tipom cinkovih prstiju (KLF6, ZF9) 418 434 426 – 0,992ggagGGGGcggggtccc C2H2 transkripcijski faktori cinkovog prsta 7Protein 263 cinkovog prsta, ZKSCAN12 (zinc protein cinkovog prrsta 12 sa domenima KRAB i SCAN ) 425 439 432 + 0,99cgccccCTCCtccac C2H2 transkrippcijski faktori cinkovog prsta 6 Protein cinkovog prsta i BTB sa domenom 7, oroto-onkogen FBI-1, Pokémon (preferira sekundarno vezanje DNK) 252 264 258 – 0,989 caaGACCaccctg Krueppeloliki transkripcijski faktori Kruppeloliki faktor 7 (sveprisutni, UKLF) 416 432 424 – 0,989 agggGGCGgggtcccgc GC-kutijski faktori SP1/GC Transkripcijski faktor Sp4 471 487 479 – 0,986ggagggGGCGtggccgc Krueppeloliki transkripcijski faktori Krueppeloliki faktor obogaćen crijevima 137 153 145 + 0,986 gggctcAAAGgatcctc Krueppeloliki transkripcijski faktori Krueppeloliki faktor 2 (plućni) (LKLF) 641 657 649 – 0,986cgctaGGGTgggtccag Ljudska i mišja varijanta and faktora ETS1 Ets varijanta 1 6 26 16 – 0,984 ttctcccaGGAAgattctcca
Reference
Dopunska literatura
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 7 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika Kategorija:Nekarakterizirani proteini