Terminacijski faktor – u molekulskoj biologiji – je signalni protein koji posreduje u prekidu transkripcije RNK, prepoznavanjem stop kodona i izazivanjem oslobađanja novostvorene iRNK. Ovo je dio procesa koji reguliraju transkripciju RNK radi očuvanja integriteta ekspresije gena i prisutni su u eukariotima i prokariotiima, iako je proces u bakterijama šire shvaćen. Najopsežnije proučavan i detaljno objašnjen faktor transkripcije je protein Rho (ρ) iz E. coli.
Prokariotski Prokarioti koriste jedan tip RNK-polimeraze, rtanskribirajući iRNK koja kodira više od jednog tipa proteina. Transkripcija, translacija i degradacija iRNK događaju se istovremeno. Prestanak transkripcije bitan je za definiranje granica u transkripcijskim jedinicama, funkcija neophodna za održavanje integriteta niti i osiguravanje kontrole kvaliteta. Prestanak u E. coli može biti Rho-zavisan, koristeći Rho faktor, ili Rho neovisni, poznat i kao unutrašnja terminacija. Iako je većina operona u DNK neovisna o Rho, terminacija koja ovisi o Rh-u također je bitna za održavanje ispravne transkripcije.
ρ faktor Protein Rho jest RNK-translokaza koja prepoznaje citozinom bogatu regiju elongacijske iRNK, ali su nepoznate tačne karakteristike prepoznatih sekvenci i način na koji se cijepanje odvija. Rho formira heksamer u obliku prstena i napreduje duž iRNK, hidrolizirajući ATP prema RNK-polimerazi (5 'do 3' u odnosu na iRNK). Kada protein Rho dosegne kompleks RNK-polimeraza, transkripcija se prekida disocijacijom RNK- polimeraze iz DNK. Struktura i aktivnost Rho proteina slična je onoj podjedinice F1 ATP-sintaza, podržavajući teoriju da njih dvije dijele evolucijsku vezu.
Rho faktor je široko prisutan u različitim bakterijskim sekvencama i odgovoran je za genetičku polarnost u E. coli. Radi kao senzor translacijskog statusa, inhibirajući neproduktivne transkripcije, suzbija antisens transkripciju i rješava sukoba koji se dešavaju između transkripcije i replikacije. Proces terminacije pomoću Rho faktora reguliran je mehanizmima prigušenja i antiterminacija, nadmećući se s faktorima elongacije za preklapanje mjesta korištenja, a ovisi o tome koliko se brzo Rho može kretati tokom transkripcije kako bi sustigao RNK-polimerazu i aktivirao proces terminacija.
Inhibicija Rho-ovisne terminacije biciklomicinom koristi se za liječenje bakterijskih infekcija. Upotreba ovog mehanizma zajedno s drugim klasama antibiotika proučava se kao način rješavanja rezistencije na antibiotike, suzbijanjem zaštitnih faktora u transkripciji RNK, u sinergiji s drugim inhibitorima ekspresije gena, poput tetraciklina ili rifampicina.
Eukariotski Proces transkripcijske terminacije manje je razumljiv kod eukariota, koji imaju opsežnu posttranskripcijsku obradu RNK, a svaki od tri tipa eukariotske RNK-polimeraze ima različit sistem terminacije.
U RNK-polimerazi I, transkripcijski faktor terminacije RNA polimeraze I veže se nizvodno od regija koje kodiraju pre-rRNK, uzrokujući disocijaciju RNK-polimeraze iz šablona i oslobađanje novog lanca RNK.
Kod RNK-polimeraze II, terminacija se odvija putem kompleksa poliadenilacije/cijepanja. Rep 3' na kraju lanca vezan je na mjestu poliadenilacija, ali će lanac nastaviti kodiranje. Novosintetizirani ribonukleotidi uklanjaju se jedan po jedan, faktorima cijepanja CSTF i CPSF, u procesu koji još uvijek nije u potpunosti razjašnjen. Ostatak lanca oslobađa se 5'-egzonukleazom, kada transkripcija terminira.
RNK-polimeraza III terminira nakon niza uracilskih polimerizacijskih ostataka u transkribiranoj iRNK. Za razliku od bakterija i polimeraze I, terminacija RNK ukosnice mora biti uzvodno, kako bi se omogućilo pravilno cijepanje.
Također pogledajte Rho faktor
Reference
Kategorija:Molekularna genetika Kategorija:Ekspresija gena