Protein osjetljivosti na rak pluća 3 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LNCR3 sa hromosoma 5. Citogenetička lokacija mu je 5p15.33, a genomske koordinate (GRCh38): 5:0-4,400.000. 612571
U studiji pridruživanja širom genoma na 3.259 pacijenata s rakom pluća i 4.159 kontrola, McKay et al. (2008) otkrili su značajnu povezanost između raka pluća i dva jednonukleotidna polimorfizma, rs402710 i rs2736100 na hromosomu 5p15,33 (p = 2 x 10 (c –7), odnosno p = 4 x 10 (–6). Nalazi su ponovljeni u 2.899 slučajeva i 5.573 kontrole (p = 7 x 10 (–5) i p = 0,016 za dva SNP-a). Područje osjetljivosti u hromosomskoj regiji 5p15 sadrži dva gena, TERT i CLPTM1L, što ukazuje da jedan ili oba mogu imati ulogu u etiologiji raka pluća.McKay, J. D., Hung, R. J., Gaborieau, V., Boffetta, P., Chabreier, A., Byrnes, G., Zaridze, D., Mukeria, A., Szeszenia-Dabrowska, N., Lissowska, J., Rudnai, P., Fabianova, E., and 62 others. Lung cancer susceptibility locus at 5p15.33. Nature Genet. 40: 1404-1406, 2008. PubMed: 18978790
Wang et al. (2008) otkrili su značajnu povezanost između rs401681 na hromosomskoj sekvenci 5p15.33 i osjetljivosti na rak pluća u studiji pruživanja u cijelom genomu na 5.095 slučajeva raka pluća i 5.200 kontrola. Nalazi su ponovljeni u dodatnih 2.448 slučajeva i 3.036 kontrola (p = 7,90 x 10 (–9). Alel A rs401681 povezan je sa smanjenim rizikom od raka pluća. SNP nalazi se unutar introna 13 gena CLPTM1L.Wang, Y., Broderick, P., Webb, E., Wu, X., Vijayakrishnan, J., Matakidou, A., Qureshi, M., Dong, Q., Gu, X., Chen, W. V., Spitz, M. R., Eisen, T., Amos, C. I., Houlston, R. S. Common 5p15.33 and 6p21.33 variants influence lung cancer risk. Nature Genet. 40: 1407-1409, 2008. PubMed: 18978787 S obzirom na važnost regije 5p15.33 za biologiju raka i nakon potvrde povezanosti SNP-a unutar regije s rizikom od karcinoma baznih ćelija, Rafnar et al. (2009) procijenili su povezanost SNP rs401681 sa 16 dodatnih tipova raka u preko 30.000 slučajeva raka i 45.000 kontrola. Utvrdili su povezanost alela C s rakom pluća (OR = 1,15, p = 7,2 x 10 (–8) i slabiju povezanost s rakom mokraćnog mjehura, prostate i grlića maternice. Značajno je da većina ovih tipova raka ima snažnu ekološku komponentu rizika. Studija raka pluća obuhvatila je 4.265 pacijenata i 34.666 kontrola.
U studiji pridruživanja širom genoma za karcinom pluća i njegove glavne histološke tipove koji su uključivali 515.922 SNP-a i 5.739 slučajeva raka pluća i 5.848 kontrola, Landi et al. (2009) pronašli su povezanost između TERT SNP rs2736100 i rizika od adenokarcinoma (omjer vjerovatnoće, 1,23; korigirano p = 3,02 x 10 (–7). Metaanaliza kombiniranjem njihovih rezultata sa zbirnim podacima iz 10 prethodnih studija za ukupno 13.300 slučajeva i 19.666 kontrola ponovila je nalaz (omjer vjerovatnoće, 1,24; korigirani p = 3.74 x 10 (–14). Zaključili su da je prethodno identificirana povezanost rs2736100 u hromosomskoj refiji 5p15.33 s rizikom od raka pluća ograničena na histološki tip adenokarcinoma, te su primijetili da se rs2736100 nalazi u intronu 2 TERT -a unutar pretpostavljene regulatorne regije.Landi, M. T., Chatterjee, N., Yu, K., Goldin, L. R., Goldstein, A. M., Rotunno, M., Mirabello, L., Jacobs, K., Wheeler, W., Yeager, M., Bergen, A. W., Li, Q. {and 55 others}: A genome-wide association study of lung cancer identifies a region of chromosome 5p15 associated with risk for adenocarcinoma. Am. J. Hum. Genet. 85: 679-691, 2009. Note: Erratum: Am. J. Hum. Genet. 88: 861 only, 2011. PubMed: 19836008
Hu et al. (2011) izvršili su skeniranje pridruživanja u genomu za 5.408 ispitanika (2.331 sa karcinomom pluća i 3.077 kontrola), nakon čega je uslijedila dvofazna validacija među 12.722ispitanika (6.313 slučajeva i 6.409 kontrola). Kombinirane analize identifikovale su šest dobro repliciranih SNP-ova sa nezavisnim efektima i značajnim pridruživanjima za rak pluća. Potvrdili su lokus na 5p15,33 u regiji TERT-CLPTM1L koju karakteriziraju rs465498 i rs2736100 (p = 1,2 x 10 (–20), odnosno p = 1,0 x 10 (–27). Autori su također potvrdili povezani SNP, rs4488809, koji se nalazi u prvom intronu TP63 na hromosomu 3, regija 3q28 (p = 7,2 x 10 (–26).Hu, Z., Wu, C., Shi, Y., Guo, H., Zhao, X., Yin, Z., Yang, L., Dai, J., Hu, L., Tan, W., Li, Z., Deng, Q., and 33 others. A genome-wide association study identifies two new lung cancer susceptibility loci at 13q12.12 and 22q12.2 in Han Chinese. Nature Genet. 43: 792-796, 2011. PubMed: 21725308Rafnar, T., Sulem, P., Stacey, S. N., Geller, F., Gudmundsson, J., Sigurdsson, A., Jakobsdottir, M., Helgadottir, H., Thorlacius, S., Aben, K. K. H., Blondal, T., Thorgeirsson, T. E., and 73 others. Sequence variants at the TERT-CLPTM1L locus associate with many cancer types. Nature Genet. 41: 221-227, 2009. PubMed: 19151717
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 5 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika