Protein FAM114A1, znan i kao nadeksprimirani protein 20 nervnog sistema (NOXP20) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM114A1 sa hromosoma 4. Ortolozi FAM114A1 mogu se naći u organizmima koji su taksonomski udaljeni od Homo sapiens kao rodu Drosophila. Međutim, očekivano, ljudski FAM114A! više liči na primatske nego bilo koji drugi ortolog. FAM114A1 ima jedan paralog, FAM114A2, koji također kodira protein nepoznate funkcije.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 563 aminokiselina, а molekulska težina 60.742 Da.
1020304050 MSDDAGDTLATGDKAEVTEMPNSDSLPEDAEVHCDSAAVSHEPTPADPRG EGHENAAVQGAGAAAIGPPVQPQDANALEPPLNGDVTEDTLAECIDSVSL EAEPRSEIPLQEQNYLAVDSPPSGGGWAGWGSWGKSLLSSASATVGHGLT AVKEKAGATLRIHGVNSGSSEGAQPNTENGVPEITDAATDQGPAESPPTS PSSASRGMLSAITNVVQNTGKSVLTGGLDALEFIGKKTMNVLAESDPGFK RTKTLMERTVSLSQMLREAKEKEKQRLAQQLTMERTAHYGMLFDEYQGLS HLEALEILSNESESKVQSFLASLDGEKLELLKNDLISIKDIFAAKELENE ENQEEQGLEEKGEEFARMLTELLFELHVAATPDKLNKAMKRAHDWVEEDQ TVVSVDVAKVSEEETKKEEKEEKSQDPQEDKKEEKKTKTIEEVYMSSIES LAEVTARCIEQLHKVAELILHGQEEEKPAQDQAKVLIKLTTAMCNEVASL SKKFTNSLTTVGSNKKAEVLNPMISSVLLEGCNSTTYIQDAFQLLLPVLQ VSHIQTSCLKAQP
Gen FAM114A1 nalazi se na kratkom kraku hromosoma 4 (pozicija 4.p14), kod ljudi na prednjem smislenom lancu, gdje počinje na baznom paru 38,869.354 i završava se na 38,947.365. Njegova iRNK ima 4138 bp. Gen ima sljedeće susjede na istom hromosomu: TLR1: Toll-likj receptor (TLR) 1 ima ulogu u prepoznavanju patogena i aktivaciji urođene imunosti. TLR6: Toll-liki receptor (TLR) 6 ima ulogu u prepoznavanju patogenq i aktivaciji urođene imunosti. TMEM156: Gen kodira transmembranski protein. KLHL5: Kelch-liki 5, smatra se da njegov protein ima ulogu u aktivaciji limfocita.
Proteini
NOXP20 se sastoji od 563 aminokiseline i teži 60742 Da sa izoelektričnom tačkom od 4,415999. Malo se zna o detaljima ovog proteina, međutim, postoji mnogo naučnih predviđanja za njegovu strukturu i funkciju. Kao i svaki drugi protein, podvrgnut posttranslacijskim modifikacijama. Modifikacija za koju se pokazalo da je prava je fosforilacija na dvije proteinske aminokiseline: 196. i 199.
Struktura
Postoji nekoliko dostupnih alata za predviđanje sekundarne strukture proteina. Jedan alat koji kombinuje rezultate nekoliko njih je PELE na SDSC Biology WorkBench. Prema ovom alatu, sekundarna struktura proteina je uglavnom alfa-heliksi i zavojnice s nekim beta lanaca oko strukture.
Funkcija Tačna funkcija NOXP20 još uvijek nije dobro shvaćena. Međutim, postoje dokazi da protein nosi kaspazni domen za regrutovanje na sebi. Znajući da je kaspaza uključena u apoptozu, ove informacije navode na vjerovanje da NOXP20 može imati ulogu u apoptozi i regulaciji ćelijske proliferacije.
Ekspresija
NOXP20 je nadeksprimiran u mozgu,, prema podacima mikročipa upotrebom Allen Brain Atlas-a za dobijanje dokaza o ekspresiji. Podaci iz baze NCBI GEO Profile pokazuju da iako je FAM114A1 eksprimiran u mozgu, njegova ekspresija nadilazi nervno tkivo i uključuje većinu tipova tkiva u ljudskom tijelu. GEO profili takođe pokazuju da je FAM114A1 više izražen u mezenhimskim matičnim ćelijama nego u nediferenciranim matičnim ćelijama. Dalji eksperimenti pokazali su da postoje određeni faktori koji utiču na ekspresiju FAM114A1. Jedan primjer je direktna veza između prekomjernih ekspresija CLDN-1 i FAM114A1.
Homologija Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj Dužina sekvence (AA) Identitet saekvence Sličnost sekvence Pan troglodytes Čimpanza XP_517149.2 563 a 99% 99% Macaca mulatta Rezus-makak EHH25809.1 563 a 97% 98% Nomascus leucogenys Sjeverni bjeloobrazni gibon XP_003258632.1 562 a 97% 98% Macaca fascicularis Rakojedni makak EHH53615.1 563 a 96% 98% Pongo abelii Sumatranski orangutan XP_002814719.1 563 a 98% 96% Equus caballus Konj XP_001498667.1 562 a 88% 93% Loxodonta africana Afrički savanski slon XP_003411349.1 558 a 85% 91% Heterocephalus glaber Goli krtičasti pacov EHB16215.1 561 a 86% 90% Cavia porcellus Zamorac XP_003471670.1 569 a 86% 90% Bos taurus Govedo XP_588946.3 563 a 84% 90% Sus scrofa Divlja svinja XP_003128969.1 562 a 84% 90% Ailuropoda melanoleuca Gigantski panda XP_002928170.1 570 a 83% 89% Canis lupus familiaris Pas XP_536261.3 560 a 83% 88% Rattus norvegicus Pacov XP_573600.2 567 a 78% 83% Mus musculus Miš BAB30694.1 569 a 77% 83% Monodelphis domestica Sivi krfatkorepi oposum XP_001374188.1 562 a 72% 81% Meleagris gallopavo Divlja ćurka XP_003205919.1 563 a 64% 76% Gallus gallus Kokoš XP_423859.3 561 a 64% 75% Taeniopygia guttata Zebrasta zeba XP_002189709.1 565 a 61% 75% Anolis carolinensisKarolinska anola XP_003226293.1 539 a 61% 75% Danio rerio Zebrica NP_001082947.1 546 a 57% 72% Xenopus (silurana) tropicalis Zapadna kandžasta žaba XP_002938704.1 424 a 66% 79%
Interakcije Nema dokaza o interakcijama koje protein FAM114A1 ima sa drugim proteinima u ljudskom tijelu. Međutim, kod miševa je otkrivena interakcija između FAM114A1 i CDGSH gvožđe-sumpornog domena 2. Postoji 77% identiteta i 83% sličnosti između aminokiselina NOXP20 u dvije vrste (Homo sapiens i Mus musculus). Zbog bliskog odnosa između ove dvije vrste možemo pretpostaviti da NOXP20 ima istu interakciju kod ljudi.
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Geni na hromosomu 4 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika