Član A porodice sa sličnošću sekvence 98 ili FAM98A, jest gen koji je kod ljudi nalazi na hromosomu 2. U ljdskom genomu kodira protein FAM98A. FAM98A ima dva ljudska paralog: FAM98B I FAM98C. Sva tri karakterizira DUF2465, konzervirani domen za koji se pokazalo da se vezuje za RNK. FAM98A takođe karakterizira glicinom bogatu C-terminalni domen. FAM98A također ima homologe u kičmenjacima i beskičmenjacima i ima udaljene homologe u Choanoflagellata i zelenim algama.
Amiokiselininska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 519 aminokiselina, a molkekulska iežina 55.401 Da.
1020304050 MECDLMETDILESLEDLGYKGPLLEDGALSQAVSAGASSPEFTKLCAWLV SELRVLCKLEENVQATNSPSEAEEFQLEVSGLLGEMNCPYLSLTSGDVTK RLLIQKNCLLLLTYLISELEAARMLCVNAPPKKAQEGGGSEVFQELKGIC IALGMSKPPANITMFQFFSGIEKKKLKETLAKVPPNHVGKPLLKKPMGPA HWEKIEAINQAIANEYEVRRKLLIKRLDVTVQSFGWSDRAKSQTEKLAKV YQPKRSVLSPKTTISVAHLLAARQDLSKILRTSSGSIREKTACAINKVLM GRVPDRGGRPNEIEPPPPEMPPWQKRQDGPQQQTGGRGGGRGGYEHSSYG GRGGHEQGGGRGGRGGYDHGGRGGGRGNKHQGGWTDGGSGGGGGYQDGGY RDSGFQPGGYHGGHSSGGYQGGGYGGFQTSSSYTGSGYQGGGYQQDNRYQ DGGHHGDRGGGRGGRGGRGGRGGRAGQGGGWGGRGSQNYHQGGQFEQHFQ HGGYQYNHSGFGQGRHYTS
Gen
Lokus Gen FAM98A kod ljudi nalazi se na poziciji 2p22.3 na – (minus) lancu. Uključujući 5' i 3' UTR, gen obuhvata 15.634 baze i sadrži osam egzona.
iRNK iRNK je duga 2745 bp i sastoji se od osam egzona. Kodirajuća sekvenca počinje na bazi 75 i nastavlja se do baze 1.631. Repna signalna sekvenca poliA je sekvenca od šest nukleotida 20 baza sa 3' kraja transkripta na bazama 2725-2730, a poliA mjesto je na bazi 2745.NCBI (National Center for Biotechnology Information) mRNA sequence FAM98A NM_015475.3 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_015475.3
Protein
Primarna sekvenca FAM98A je dužine 518 aminokiselina sa molekulskom težinom od 55,3 kDa, bez modifikacija. Ostaci 10-329 sastoje se od DUF2465, a ostatak proteina je C-terminal bogat diglicinom. Glicin čini otprilike 20% proteina, sa većinom u posljednjih 200 ostataka.
Posttranslacijske modifikacije FAM98A ima šest snažno predviđenih mjesta fosforilacije u DUF2465. Predviđeno je da će ova mjesta fosforilirati S169, T178, S236, T243, S276 i S285 pomoću protein-kinaze C. GPS also predicts phosphorylation by protein kinase C at S285 and T178. FAM98A je vjerovatno sumoiliran na pozicijama K183 i K195.Abgent, a WuXi App Tec company. SUMOplotTM Analysis Program. 2013. http://www.abgent.com/tools Sumoilacija može omogućiti ćeliji da ponovo lokalizira FAM98A između ćelijskog jedra i citoplazme. C-terminal bogat glicinom ima ponavljajuće GRG sekvence, za koje se pokazalo da su podložne metilacijama arginina, bilo simetrično ili asimetrično. Drugi rad objašnjava efekte metilacije arginina na biohemijske funkcije, kao što su aktivacija i represija transkripcije, prerada iRNK, jedarno-citosolno prebacivanje i popravak DNK.
Sekundarna struktura Predviđeno je da N-kraj ima više alfa-heliksa, iako je C-kraj vjerovatno samo namotan.PELE (BPS, D_R, DSC, GGR, GOR, G_G, H_K, K_S, L_G, Q_S, JOI). SDSC Workbench. Board of Trustees of the University of Illinois, 1999. Alfa-heliksi ne formiraju nikakav kanal, a FAM98A nije transmembranski protein.
Tercijarnana i kvaternarna struktura Struktura FAM98A je predviđena programom Phyre2. N-terminalna regija sadrži nekoliko alfa-heliksa i C-terminalnu zavojnu regiju koja odgovara glicinom bogatom C-kraju. Ova dva regiona proteina povezana su alfa-spiralom dužine približno 50 ostataka, od ostataka 200-256. Phyre2 je otkrio da je najsličniji protein ljudski protein NDC80 kinetohorski kompleks komponenta, jedarni protein koji se veže za mikrotubule.
Domeni i motivi FAM98A ima domen nepoznate funkcije 2465 (DUF2465) od aminokiselina 10-329. Unutar DUF2465 postoji heptid (VPDRGGR) blizu C-terminalnog kraja koji je konzerviran kod svih testiranih vrsta. C-terminalni kraj je domen bogat glicinom (glicin čini oko 40% C-terminala) sa GGRGGR ponavljanjima. Na ostacima 149-155, postoji predviđeni jedarni izlazni signal, sa sekvencom ICIALGM (općenito [LIVFM]-X-[LIVFM]-X-[LIVFM]-X-[LIVFM]). Ostaci 173-predviđaju se da je 176 signal jedarne lokalizacije KKLK (K-[K/R]-X-[K/R]).
Homologija
Paralozi FAM98A ima dva paraloga: FAM98B i FAM98C. FAM98A je najduži od tri paralogna proteinska proizvoda sa po 518 aminokiselina. Sličniji je FAM98B, čiji je C-kraj bogat glicinom mnogo kraći od FAM98A. FAM98C manje je sličan od FAM98B do FAM98A, sve osim što nedostaje C-kraj nakon DUF2465 i sadrži više razlika u aminokiselinskoj sekvenci unutar DUF2465. Eksperimentalno je pokazano da se sva tri proteinska proizvoda nespecifično povezuju sa RNK: FAM98A se veže za iRNK, a FAM98B je ugrađen u kompleks za preradu tRNK.
Ortolozi Ortolozi za FAM98A pronađeni su kod kičmenjaka. Kod insekata i mehkušaca postoje predviđeni proteini za gen FAM98A. Budući da postoje tri paraloga FAM98 kod ljudi, postoji i zajednički predak ovih gena. Strogi ortolog, gen koji je ortologan FAM98A, a ne cijeloj porodici FAM98, je manje jasan. FAM98A još uvijek nije temeljno proučen, uz činjenicu da mnogi genomi tek treba biti snimljeni, otežava određivanje da li je predviđeni gen FAM98A kod komaraca strogi ortolog (došlo je do podjele FAM98 na FAM98 A, B, C prije nego što se vrsta razišla) ili ako je homolog ("FAM98A" kod komaraca predčki gen FAM98). thumb|right|x500px| Grafikon podataka na lijevoj strani koji se odnosi na postotak identičnosti proteinske sekvence između životinja i ljudi. Broj sekvenceRod i vrsta (Gsp) Uobičajeno imeDatiranje divergencije (milioni godina) (od Time Tree )Pristupni broj (iz NCBI )Sekvenca Length (AA)IdentitetSličnost 1Homo sapiensČovjek0NM_015475.3518100100 2Mus musculusMiš92,3NP_598508.25159596 3Camelus ferusBaktrijska kamila94,2XP_006192455.15179798 4Pantholops hodgsoniiTibetska antilopa94.2XP_005963883.15219697 5Elephantulus edwardii Kafezna slonovska rovka 98,7XP_006882420.15179496 6Geospiza fortisSrednja prizemna zeba296XP_005416400.16488488 7Pseudopodoces humilis Prizemna sjenica296XP_005526966.15458488 8Alligator mississippiensisAmerički aligator296XP_006273242.15568186 9Pelodiscus sinensis Kineska mehkooklopna kornjača 296XP_006131385.15498588 10Chrysemys picta belliiZapadna obojena kornjača 296XP_005296336.15498588 11Xenopus tropicalisZapadna kandžasta žaba371,2XP_002934502.25207986 12Anoplopoma fimbria Samur riba 400.1BT082651.13533148 13Ictalurus punctatusKanalski patuljasti som400,1AHH38396.15436775 14Camponotus floridanusFloridski mrav drvosjek782.7EFN74857.15164153 15Culex quinquefasciatusKomarac782,7XM_001846602.14983852 16Ceratitis capitataMedna mušica782.7JAC03102.14543551 17Lepeophtheirus salmonisLososova vaš 782,7BT078155.14672945 18Crassotrea gigasPacifička ostriga782,7EKC33026.14224559 19Clonorchis sinensisKineski jetreni metilj792,4GAA34581.23783547 20Echinococcus granulosusPasja pantljičara792,4CDJ19758.111773956
Udaljeni homolozi Predviđa se da se geni homologni FAM98A pojavljuju u mnogim taksonima unutar Animalia, ali postoje i drugi taksoni izvan koji mogu imati homologne FAM98 gene u svojim genomima. Eukarioti kao što je opistokont Monosiga brevicollis (XP_00174505.1) i Capraspora owczarzaki (XP_004346371.1), a čak i protist Chlorella variabilis (XP_005845167.1), zelena alga, može u genomu imati gen FAM98.
Homologni domeni Homologni domen u FAM98A je domen DUF2465 (domen nepoznate funkcije 2465). Funkcija ovog domena, kao i samog gena, uglavnom nije poznata, iako je objavljeno da se on prvenstveno vezuje za RNK, ciljajući iRNK u FAM98A i tRNK u FAM98B.
Ekspresija
Promotor Promotor (GXP_90934) dodijeljen ljudskom transkriptu FAM98A (GXT_24436545)Transkript GXT_2827489. Genomatix softver. 2014. http://www.genomatix.de/cgi-bin//eldorado/eldorado.pl?s=2ab9d4751cbd873358acdd746c629f61;TRANS=1;TRANSCRIPTID=2827489;ELDORADO_VERSION=E28R1306 dug je 915 bp, i preklapa se sa transkriptom koji uključuje 243 bp transkripta iRNK. Jedarni respiratorni faktor 1 (NRF1) je transkripcijski faktor za koji je predviđeno sedam mjesta vezanja na promotoru, od kojih su četiri imala sličnost matriksa - optimalni rezultat veći ili jednak 0,085 i dva predviđena transkripcijska faktora sa najvišim rezultatom su NRF1 od 0,204 i 0,199.GXP_90934. Genomatix software. 2014. http://www.genomatix.de/cgi-bin//eldorado/eldorado.pl?s=99a7e4da5d3118fa8a93fb9a283d710f;PROM_ID=GXP_90934;GROUP=vertebrates;GROUP=others;ELDORADO_VERSION=E28R1306
Ekspresija gena U ljudskom transkriptomu velikih razmjera GEO, FAM98A je bio sveprisutno eksprimiran, iako ne ravnomjerno izražen. Tipovi ćelija koji su bili najviše izraženi su mnogi dijelovi mozga (moždana kora,ii000, amigdala, talamus, corpus callosum i hipofiza), testis, materica i glatki mišići.Nacionalni centar za informacije o biotehnologiji , Nacionalna medicinska biblioteka SAD. Gene Expression Omnibus (GEO) Profili. Analiza velikog obima ljudskog transkriptoma (HG-U133A)".https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS596:212333_at Prema Aceviewu, FAM98A je eksprimiran 3,9 puta više od prosječnog gena. AceView je identifikovao jedanaest transkripata, od kojih su pet bili "dobri", kompletni (i sa N– i C-kraja potpuno prevedeni) proteini. Iz transkripata, očigledno postoje dva glavna dijela FAM98A: prva četiri i druga četiri egzona, a ti dijelovi otprilike odgovaraju tercijarnoj strukturi proteina – N-terminalnog alfa-heliksa do egzona 1-4, i dugi alfa-helisni krak i C-terminal se namotaju na egzone 5-8.
Funkcija i biohemija Funkcija FAM98A nije eksperimentalno određena, iako je pokazano da vezuje svoj DUF2465 sa iRNK. Kiraga et al. su primijetili da se za nukleinske kiseline vezuju bazni proteini. U stvari, FAM98A (i njegovi ortolozi) imaju nemodifikovanu izoelektričnu tačku od približno 9.Program dr. Luce Toldo, razvijen na http://www.embl-heidelberg.de. promijenio je Bjoern Kindler, kako bi se ispisala i najniža pronađena neto naknada. Dostupno na EMBL WWW Gateway to Isoelectric Point Service
Poznate interakcije Eksperimentalno je pokazano da FAM98A stupa u interakciju sa UBC, DDX1, C14orf166 i SUMO3, a koeksprimiran je sa DDX1, C14orf166 i RBM25.STRING 9.1. FAM98A. http://string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl Ova posljednja tri proteina stupaju u interakciju sa iRNK, kao što se predviđa i za FAM98A. DDX1 je pretpostavljena ATP-ovisna RNK-helikaza u splajsosomu, koja vjerovatno oslobađa RNK iz kompleksa za preradu. C14orf166 RNK-polimeraza II vezujući faktor, a RBM25 regulira alternativnu preradu. Sve ove interakcije sugeriraju da je FAM98A jedarni protein. FAM98A također stupa u interakciju sa SUMO3, koji sumoilira lizine u proteinu, kako bi olakšao transport kroz jedarnu membranu između jedra i citosola. FAM98A također veže nespecifičnu iRNK, što ukazuje na potencijalni iRNK šatl iz jedra u ribosome.
Klinički značaj U studiji koja se bavila razlikama u nivoima ekspresije određenih gena (uključujući FAM98A) i kod mladih i kod starijih muškaraca sa visokim ili niskim sadržajem proteina, nivoi ekspresije su izmereni kao omjer ishrane sa niskim i visokim sadržajem proteina u svakoj grupi muškaraca ( mladi i stari). FAM98A je imao povećanu ekspresiju u ishrani sa niskim sadržajem proteina i kod mladih i kod starijih muškaraca, 1,01,odnosno1,20. Samo još jedan gen u studiji imao je isti trend povećane ekspresije u ishrani sa niskim sadržajem proteina u obe grupe: THOC4. THOC4, THO kompleks 4 ili Aly/REF faktor eksporta, dimerizira se da formira veći kompleks i prati prerađenu iRNK, pomažući u procesuiranju i eksportu iRNK. U radu se spominje da je pojačana regulacija iRNK kod starijih osoba povezana sa vezivanjem/preradom RNK, signalnim proteinima i degradacijom proteina; zapravo, grupa starijih ima veću ekspresiju FAM98A u ishrani sa niskim sadržajem proteina od mlađih muškaraca.
Pridružene bolesti