Protein 138 sa upredenom zavojnicom, znan i kao CCDC138, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC138 sa hromosoma 2. Njegova tačna funkcija nije poznata.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 665 aminokiselina, a molekulska težina 76.219 Da.
1020304050 MEPRVVKPPGQDLVVESLKSRYGLGGSCPDEYDFSNFYQSKYKRRTLTSP GDLDIYSGDKVGSSLKYSDESKHCRTPLGSLFKHVNVNCLDDELDSFHDL KKQETEEELIENDYRVSTSKITKQSFKEIEKVALPTNTTSSRPRTECCSD AGDSPLKPVSCPKSKASDKRSLLPHQISQIYDELFQIHLKLQCETAAQQK FAEELQKRERFLLEREQLLFRHENALSKIKGVEEEVLTRFQIIKEQHDAE VEHLTEVLKEKNKETKRLRSSFDALKELNDTLKKQLNEASEENRKIDIQA KRVQARLDNLQRKYEFMTIQRLKGSSHAVHEMKSLKQEKAPVSKTYKVPL NGQVYELLTVFMDWISDHHLSKVKHEESGMDGKKPQLKFASQRNDIQEKC VKLLPLMTEQLQWMPFVNIKLHEPFVKFIYWSLRQLDAGAQHSTMTSTLR RLGEDIFKGVVTKGIQDNSPQHSVENKPKTAAFFKSSNLPLRFLSTLIVL KTVTQADYLAQAFDSLCLDLKTEEGKTLFLEYQAVPVILSHLRISSKGLL SNVIDSLLQMTVESKSLQPFLEACSNSLFFRTCSVLLRAPKLDLQILEKL SIILQKLSKIKSNKKLFELFTIHLMLQEIQRTTNPEHAFLCINLNSTLFN LGLTKCNSLVSSASP
Gen Gen CCDC138 nalazi swe na pozitivnom lancu hromosoma 2. Llociran je na dugom (q) kraku, pozicija 12.13, ili na sekvenci 2q12.3. Proteže se između baznih parova 108,786,752 i 108,876.591. The DNA sequence is 89,840bp long. 800px|center|Crvena linija pokazuje poziciju lokusa CCDC138 na hromosomskoj regiji 2q12.3.
Uobičajeni aliasi CCDC138 je jedini uspostavljeni zajednički alijas.
Protein Predviđa se da protein CCDC138 ima molekulsku težinu od 76,2Kda i izoelektričnu tačku od 8,614. Kompozicijska analiza pokazuje da postoji mala upotreba AGP grupiranja u CCDC138, te da nema pozitivnih, negativnih ili mješovitih klastera naelektrisanja. Protein nema motiv zadržavanja ER u C-terminalu ni motiv za vezanje RNK. Predviđeno je i da je topljivi jedarni protein sa leucinskim zatvaračem (PS00029) na poziciji 205 nadalje sa sekvencom LQKRERFLLEREQLLFRHENAL.
Primarne sekvence i varijante/izoforme Postoje dvije izoforme proteina CCDC138. Primarna izoforma ima 665 aminokiselina while the secondary isoform has 577 amino acids, i nedostaje joj 88 aminokiselina na C-kraju. 600px|center| Poređenje sekvenci po parovima, upoređujući izoforme 1 i 2 proteina CCDC138. Slika prikazuje poravnavanje sekvenci u paru upoređujući primarnu izoformu (Izoforma 1) sa sekundarnom izoformom (izoforma 2).
Domen i motivi Domen nepoznate funkcije (DUF2317) na proteinu na lokaciji 212 – 315 okarakteriziran je u bakterija.TMHMM and TMAP suggests that there are no predicted transmembrane domain. SOSUI dalje predviđa da je CCDC138 rastvorljivi protein bez transmembranskog domena.
Posttranslacijske modifikacije Prema SUMOplot Analysis Programu, there are 7 predicted sumoylation at lysine residues K7, K207, K336, K374, K383, K521, and K591. NetPhos predviđeno je da postoje 44 mjesta fosforilacije, uključujući 29 ostataka serina, 10 ostataka treonina i pet ostataka tirozina.
Nema daljih post-translacijskih modifikacija kako predviđa NetNGlyc, NetOGlyc, SignalP, Sulfinator, and Myristoylator.
Sekundarna struktura CCDC138 protein sadrži više alfa heliksa, beta listova i namotanih zavojnica kako su predvideli PELE, CHOFAS i GOR4.
800px|center|Sekundarna struktura CCDC138 kako je predvidio PELE Žuta prikazuje upredenu zavojnicu, plava alfa-heliks, a crvena beta-list. Većina sekvenci su upredene zavojnice i alfa-heliksi.
Strukture 3° i 4° Ne postoje predviđene strukture od 3° i 4° za protein CCDC138. Međutim, postoji slična struktura koja ima 29% identiteta. Predviđena struktura je lanac A, analiza kristalne strukture Clpb, proteina koji kodira ATP zavisnu proteazu i šaperon. Ovaj protein ima usklađenu dužinu od 144 aminokiseline, a poravnanje se nalazi u domenu nepoznate funkcije CCDC138.
280px|center|Analiza kristalne strukture lanca A Clpb-a
Ekspresija Gen je eksprimiran na niskim razinama u gotovo svim ljudskim tkivima, ali su viši nivoi uočeni u određenim tkivima kancera. CCDC138 je rastvorljivi protein za koji je predviđeno da se nalazi u ćelijskom jedru.
Obrasci ekspresije tkiva procijenjeni mikromrežom preko GEO profila pokazuju da je CCDC138 eksprimiran u umjerenim razinama u različitim tkivima uključujući limfocite periferne krvi, fetusni timus, timus odraslih, sjemenike, jajnike, zadnji mozak, debelo crijevo, mliječne žlijezde i koštanu srž. 1200px|center| Obrasci ekspresije tkiva procijenjeni mikromrežom prikazani u GEO profilu.
Promotor Regija promotora CCDC138 je prikazan na slici ispod. 500px|center| Promotorska regija CCDC138 sa označenim mjestima vezivanja faktora transkripcije
Varijante transkripta Postoje dvije najznačajnije alternativne varijante transkripta za CCDC138 iRNK. Prva varijanta kao što je prikazano na donjoj slici pronađena je u plućima, krvi i ljudskim embrionskim matičnim ćelijama. Druga varijanta je pronađena kod adenokarcinoma, prostate, pluća i primarnih epitelnih ćelija pluća.
600px|center|Varijante transkripta CCDC138 Prvi transkript pokazuje kompletan transkript iRNK. Drugi transkript je prva varijanta, dok je transkript ? druga varijanta.
Funkcija i biohemija Tačna funkcija CCDC138 tek treba biti upoznata.
Interakcija proteina Utvrđeno je da protein CCDC138 stupa u interakciju sa ubikvitinom C, proteinom uključenim u ubikvinaciju i na kraju u razgradnju proteina.
Faktori transkripcije koji se mogu vezati za regulatornu sekvencu Tabela ispod pokazuje neke transkripcijske faktore koje je predvidio Genomatix, a koji se vezuju za regulatornu sekvencu gena CCDC138. Detalju o porodici Detalji o matriksu Tkivo GC-kutijski faktori SP1/GC Stimulirajući protein 1, sveprisutni transkripcijski faktor cinkovih prstiju Sveprisutan Receptor aktiviran peroksisomskim proliferatorom Gama receptor aktiviran peroksisomskim proliferatorom, mjesto DR1 Masno tkivo, vezivno tkivo, probavni sistem, jetra MYT1 C2HC protein cinkovog prsta MyT1 faktor transkripcije cinkovog prsta uključen u primarnu neurogenezu Centralni i periferni nervni sistem, neuroglija, neuroni Elementi odgovora NGFI-B, potporodica nur jedarnih receptora Monomere potporodice nur jedarnih receptora (nur77, nurr1, nor-1) Mozak, centralni nervni sistem, endokrini sistem, imunski sistem, Leydigove ćelije, nervni sistem, neuroni, sjemenici, timusna žlijezda, urogenitalni sistem Krueppeloliki transkripcijski faktori Protein koji veže jezgarni promotor (CPBP) sa tri cinkova prsta Krueppelovog tipa (KLF6, ZF9) Krvne ćelije, ćelije koštane srži, probavni sistem, embrionske strukture, eritrociti, hematopoetski sistem, jetra Zrnoglavi transkripcijski faktori Znoglavi faktor 3 (sestrinski zrnoglavog faktora sisara – SOM) Embrionske strukture, integumentni sistemPorodica gena CTCF i BORIS , transkripcijski regulatori sa 11 visoko konzerviranih domena cinkovih prstiju Insulatorski protein CTCF (CCCTC-vezujući faktor) Krvne ćelije, embrionske strukture, endokrini sistem, eritrociti, zametne ćelije, sjemenici, urogenitalni sistem Motiv deset elemenata sržnog preomotora Deset elemenata ljudskih motiva – Transkripcijski faktori homeodomena abdomenskog tipa B Homeoboks C13 / Hox-3gamma Ćelije koštane srži, kosti i skelet, centralni nervni sistem, vezivno tkivo, embrionske strukture, hematopoetski sistem, integumentni sistem, bubrezi, nervni sistem, neuroni, prostata, kičmena moždina, urogenitalni sistem E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa E2F transkripcijski faktor 2 Sveprisutan PAX-3 vezna mjesta Pax-3 protein uparenog domena, izražen u embriogenezi, mutacije koreliraju sa Waardenburgovim sindromom Embrionske strukture, mišići, skelet, skeletni mišići ZF5 POZ domen cinkovog prsta Protein 161 ZF5 POZ domena cinkovog prsta – Kičmenjački TATA-vezujući proteinski faktor Ćelijski i virusni elementi TATA kutije – CCAAT-vezujući faktori Ptičji C-tip LTR CCAAT-kutije Sveprisutan Ccaat/pojačivač-vezujući protein CCAAT/pojačivač vezujući protein alfa Masno tkivo, ćelije koštane srži, vezivno tkivo, probavni sistem, hematopoetski sistem, imunski sistem, jetra, mijeloidne ćelije, fagociti Aktivator-, medjiator- iTBP-ovisni jezgarni promotoraki element transkripcije RNK polimeraze II Promotori bezTATA-kutije Element 1 X gena jezgarnog promotora –
Paralozi= Nisu identifikovani paralozi CCDC138.
Homologija i evolucija Ortolozi CCDC138 je konzerviran u različitim organizmima kao što je prikazano u tabeli ispod.
Rod i vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije od ljudske loze (u milionima godina) Dužina sekvence Identitet sekvence sa ljudkim RNK/proteinima Sličnost sekvence sa ljudskim RNK/proteinima Mus musculus Kućni miš 92,3 2466 bp 77% 65,7% Columbia livia Golub ksmenjar 296 1863 bp 61% 59.4% Xenopus laevis Afrička kandžasta žaba 371,2 2634 bp 52% 40,1% Anolis carolinensis Crvenogrla anola 296 9588 bp 78% 46,3% Latimeria chalumnae Zapadni indijskookeanski celakant 414,9 1838 bp 71% 38,1% Strongylocentrotus purpuratus Ljubičasti morski jež 742,9 2047 bp 59% 14,5% Ciona intestinalis Vrčolika tunikata 722,5 2420 bp 56% 23,8% Aplysia californica Kalifornijski morski puž 782,7 2103 bp 49% 17,2% Hydra vulgaris Slatkovodni polip 855,3 1482 bp 46% 13,7% Chrysemys picta bellii Zapadna obojena kornjača 296 700 bp 36% 15,9% Alligator mississippiensis Američki aligator 296 2089 bp 76% 38,4% Melopsittacus undulatus Pupavac 296 1764 bp 73% 40,3% Taeniopygia guttata Zebrasta zeba 296 1980 bp 75% 44,2% Lepisosteus oculatus Pjegava riba gar 400,1 1269 bp 65% 30,9% Saccoglossus kowalevskii Žirasta glista 661,2 2515 bp 42% 24,1% Branchiostoma floridae Floridska kopljača 713,2 1758 bp 55% 27,0% Maylandia zebra Zebrica mbuna 400,1 4815 bp 58% 21.4% Trichoplax adhaerens Trihoplaks 800 1605 bp 56% 10,3% Pelodiscus sinensis Kineska mehkooklopna kornjača 296 2895 bp 77% 33,9% Falco cherrug Saker-soko 296 1866 bp 73% 48,9%
Udaljeni homolozi Najudaljeniji homolog otkriven ili predviđen je Trichoplax adhaerans. Ima očuvan CCDC138 gen i evoluirao je 800 miliona godina prije ljudske loze.
Homologni domeni Među gore navedenim ortolozima, postoje različiti homologni konzervirani regioni, prikazani na slikama ispod. 600px|centar|Poravnavanje višestrukih sekvenci CCDC138 koje prikazuje konzerviran regije. 600px|centar||Poravnavanje višestrukih sekvenci CCDC138 koje prikazuje konzerviran regije. 600px|centar||Poravnavanje višestrukih sekvenci CCDC138 koje prikazuje konzerviran regije. Zelena boja pokazuje potpuno konzervirane ostatke, žuta identične ostatke, cijan pokazuje slične ostatke, a bijela različite ostatke.
Filogenija Uočena filogenija gena CCDC138 gore pomenutih ortologa rekapitulira evolucijsku historiju.
550px|center|Ukorijenjeno filogenetsko stsblo CCDC138 Slika iznad pokazuje evolucijske odnose ortologa CCDC138 .
Klinički značaj CCDC138 je identifikovan kao jedan od mnogih gena uključenih u iniciranje terminskih porođaja u miometriju.
Reference
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 2 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika