thumb| Atomska struktura 30S podjedinice iz Thermus thermophilus. Proteini su prikazani plavom bojom, a pojedinačni lanac RNK narandžastom. Prokariotska mala ribosomska podjedinica, ili 30S podjedinica, je manja podjedinica 70S ribosoma, koja se nalazi u prokariotima. To je kompleks 16S ribosomske RNK (rRNK) i 19 proteina. Ovaj kompleks je impliciran u vezivanju transferne RNK (tRNK) za informacijsku RNK (iRNK). Mala podjedinica je odgovorna za vezivanje i čitanje iRNK prilikom translacije. Mala podjedinica, i rRNK i njeni proteini, kompleksira se s velikom 50S podjedinicom i formira 70S prokariotskog ribosoma u prokariotskim ćelijama. Ovaj 70S ribosom se zatim koristi za prevođenje iRNK u proteine.
Funkcija Podjedinica 30S je integralni dio translacije iRNK. Vezuje tri prokariotska faktora inicijacije: IF-1, IF-2 i IF-3.
Dio 30S podjedinice (16S rRNK) vodi inicijacijski startni kodon (5′)-AUG-(3′) iRNK u poziciju prepoznavanjem Shine-Dalgarno sekvence, komplementarnog mjesta vezivanja oko osam baznih parova uzvodno od startnog kodona. Ovo osigurava da ribosom započne translaciju na ispravnoj lokaciji. Čvrstoća veze između Shine-Dalgarno sekvence na iRNK i 16S rRNK određuje koliko efikasno će se translacija odvijati. Nakon što 16S rRNK prepozna početni kodon iRNK, posebna transferna RNK, f-Met-tRNK, se veže i počinje translacija proteina. Mjesto vezivanja f-Met-tRNK na 30S ribosomskoj podjedinici naziva se "D-mjesto". Ovaj korak je neophodan da bi se dogodila sinteza proteina. Zatim će se velika ribosomska podjedinica vezati i sinteza proteina će se nastaviti. Vezivanje velike podjedinice uzrokuje konformacijsku promjenu u 70S, što otvara još jedno mjesto za translaciju proteina. Da bi se formirao translacijski kompleks sa podjedinicom 50S, podjedinica 30S mora vezati IF-1, IF-2, IF-3, iRNK i f-met-tRNK. Zatim se podjedinica 50S veže i gvanozin-trifosfat se cijepa na gvanozin-difosfat i neorganski fosfat, čime se disociraju faktori inicijacije i dolazi do translacije proteina. Ovaj proces se naziva "inicijacija" i najsporiji je proces translacije.
Struktura Mala ribosomska podjedinica sastoji se od 16S rRNK i 19 punih proteina. Postoji i jedan polipeptidni lanac koji se sastoji od 26 aminokiselina. Konvencionalno, rRNK je označena sa "H#" kako bi se označio broj heliksa na slikama visoke rezolucije. Proteini su označeni sa "S#" kako bi se označili različiti peptidi uključeni u stabilizaciju rRNK. S11 i H45 se nalaze u blizini Shine-Dalgarno mjesta vezivanja, koje je također blizu mjesta vezivanja IF-3. Proteini S3, S4, S5 i S12, zajedno sa H18, nalaze se u blizini kanala gdje je iRNK prisutna u podjedinici 30S.
Inhibicija Podjedinica 30S je meta antibiotika kao što su tetraciklin i gentamicin. Ovi antibiotici specifično ciljaju prokariotske ribosome, otuda njihova korisnost u liječenju bakterijskih infekcija kod eukariota. Tetraciklin interreaguje sa H27 u maloj podjedinici, kao i vezuje se za A-mjesto u velikoj podjedinici. Puromicin je inhibitor ribosomske translacije. Paktamicin prekida vezivanje u Shine-Dalgarno vezivnoj regiji u maloj podjedinici, čime se remeti aktivnost. Higromicin B također interraguje sa H44 i inhibira kretanje translokacije koje je neophodno tokom sinteze proteina.
Također pogledajte Prokariotska velika ribosomska podjedinica (50S) Ribosomska RNK Antibiotici
Reference
Vanjski linkovi 16S rRNA, BioMineWiki http://pathmicro.med.sc.edu/mayer/antibiot.htm
Kategorija:Ribosomska RNK Kategorija:Biosinteza proteina Kategorija:Ribosomi Kategorija:RNK