miniatura|La tortura de la Inquisició, dibuix del 1700 El Tribunal del Sant Ofici de la Inquisició, comunament conegut com a Inquisició espanyola, va ser una institució fundada el 1478 pels Reis Catòlics que, sota el control directe de la Corona, estava encarregada de mantenir l'ortodòxia catòlica en els seus regnes. La Inquisició espanyola té precedents en institucions similars existents a Europa des del , especialment la fundada a França l'any 1184.
Antecedents La Inquisició va ser creada per mitjà de la Butlla Ad abolendam, promulgada el 4 de novembre de 1184 pel papa Luci III desencadenant la Croada albigesa com un instrument per combatre el catarisme al sud de França. En 1233, el papa Gregori IX va crear mitjançant la butlla Excommunicamus la inquisició pontifícia, que es va establir a diversos regnes cristians europeus durant l'Edat mitjana, que depenia directament del pontífex. Va nomenar els dominics com a inquisidors i establia que els heretges fossin lliurats al braç secular per al seu càstig. En 1252 Innocenci IV va emetre un decret avalant la tortura en els mètodes de la Inquisició.
miniatura|Ramon de Penyafort Pel que fa als regnes cristians de la península ibèrica, la inquisició pontifícia només es va instaurar a la Corona d'Aragó a instància del dominic català Ramon de Penyafort en el concili de Tarragona del 7 de febrer de 1234, amb la presència de Jaume el Conqueridor. Ramon de Penyafort va compliar les Decretales en 1234 per encàrrec de Gregori IX, i va ser molt actiu en la redacció del marc legislatiu de la Inquisició catalana. Un cop acabada amb la heretgia albigesa la seva importància es va anar diluint, i a mitjan segle xv era una institució gairebé oblidada, encara que legalment vigent. A la Corona de Castella la repressió de l'heretgia va anar a càrrec dels bisbes basant-se en una legislació també secular encara que reproduïa en gran manera els estatuts de la inquisició pontifícia. A Las Partidas es va admetre «la persecució dels heretges, però conduir-los, abans de res, a l'abjuració; només en cas que persistissin en les seves creences podien ser lliurats al botxí. Els condemnats perdien els seus béns i eren desposseïts de tota dignitat i càrrec públic». Al regnat de Ferran III de Castella va ser quan es van imposar les penes més dures als heretges. El mateix rei va ordenar marcar-los amb ferros al vermell viu, i una crònica parla que «va enforcar molts homes i va coure en calderes».
Durant la Baixa Edat Mitjana, els jueus espanyols van ser víctimes d'una legislació cada cop més opressiva, així que molts van optar per la conversió al cristianisme, però era habitual que en l'àmbit domèstic mantinguessin les pràctiques jueves. Els nous cristians no representaven més d'un 5% de la població, però en tenir una bona educació i capacitat econòmica, i haver estat batejats, podien obtenir càrrecs i dignitat, i així havien copat el poder i l'administració de Sevilla, Còrdova o Toledo, comportant la malfiança dels cristians vells. Els abusos i persecucions en 1391 van comportar els assalts als calls de Sevilla, València, Palma i Barcelona, i
El 1460 fra Alfonso de la Espina, d'ascendència jueva, publicà Fortalitium Fidei, on s'explicava com lluitar contra els enemics de l'Església (heretges, jueus, musulmans i dimonis) i es difongué ràpidament pels regnes peninsular, aflorarant als regnes hispànics obres semblants. El dominic sevillà Alonso de Ojeda va convèncer Isabel I de Castella, quan aquesta va residir a Sevilla entre 1477 i 1478, de l'existència de cristians nous fent cerimònies jueves, confirmat per Pedro González de Mendoza, arquebisbe de Sevilla, i pel dominic Tomás de Torquemada, servint com a pretext perquè els Reis Catòlics sol·licitin al papa Sixt IV la implantació de la Inquisició a Castella i més tard a Aragó, destinada a la persecució de la pravetat.
La Inquisició La inquisició espanyola va ser establerta l'1 de novembre de 1478 amb la butlla Exigit sincerae devotionis del papa Sixt IV, que autoritzava als Reis Catòlics a nomenar inquisidors en els seus regnes i un tribunal controlat per la monarquia hispànica. Aquest nou tipus d'inquisició es va estendre per tota la península, convertint-se en l'única institució comuna a tots els súbdits de la monarquia hispànica, a banda de la mateixa monarquia, a qui servia com a instrument del poder reial. La Inquisició s'independitzà dels Estats Pontificis, i es posà al servei dels Reis Catòlics i els seus successors que l'usaren com una poderosa arma. Un exemple d'això és la persecució que va fer la Inquisició, per motius polítics, contra Antonio Pérez, antic secretari de Felip II que s'havia refugiat al Regne d'Aragó.
La Inquisició, com a tribunal eclesiàstic, només tenia competència sobre cristians batejats. Durant la major part de la seva història, però, en no existir llibertat de culte ni a Espanya ni als seus territoris dependents, la seva jurisdicció es va estendre a la pràctica totalitat dels súbdits del rei d'Espanya, i des de la creació dels tribunals americans, mai no va tenir jurisdicció sobre els Pobles indígenes d'Amèrica. El rei d'Espanya ordenava: que els inquisidors mai no procedissin contra els indis, sinó contra els cristians vells i els seus descendents i les altres persones contra qui en aquests regnes d'Espanya se sol procedir.
El Consell de la Inquisició es va establir a Espanya per la butlla Exigit sincerae devotionis de l'1 de novembre de l'any 1478, però no es va posar en funcionament fins al 1480. Estava format per l'Inquisidor General, la suprema autoritat de la Inquisició, i diversos Consellers i un secretari. S'organitzava en dues secretaries territorials. La Secretaria d'Aragó gestionava els assumptes dels Tribunals de Districte de València i Saragossa, establerts en 1482, Barcelona, establert en 1484, Mallorca, establert en 1488, Logroño, establert en 1512, Sicília, establert en 1513 amb seu a Palermo, Sardenya, Lima i Mèxic, establerts en 1569, i Cartagena d'Índies establert en 1610, i la Secretaria de Castella gestionava els assumptes dels Tribunals de Districte de Sevilla i Còrdova, establerts en 1482, Llerena i Toledo, establerts en 1485, Valladolid i Múrcia, establerts en 1488, Conca, establert en 1489, Canàries, establert en 1505 en Las Palmas de Gran Canaria, Granada, establert en 1526 i Santiago de Compostela, establert en 1574.
Es divideix l'activitat de la Inquisició en cinc períodes. El primer, del 1480 al 1530, va estar marcat per la intensa persecució dels judeus conversos, seguit per un període de relativa tranquil·litat fins al 1560 en què torna a ser intensa la seva activitat, centrada en els protestants i en els moriscos fins al 1614, i en la resta del , en què la majoria de persones jutjades són cristians vells i el cinquè, el , amb l'arribada de la il·lustració i els Borbó, l'heretgia deixa de ser el centre d'atenció del tribunal perquè ja no constitueix un problema.
En un primer moment, l'activitat de la Inquisició es va limitar a les diòcesis de Sevilla i Còrdova, on Alonso de Ojeda havia detectat el focus de conversos judaitzants. El primer acte de fe es va celebrar a Sevilla el 6 de febrer de 1481, en el que van ser cremades vives sis persones, amb sermó del mateix Alonso de Ojeda. Des de llavors, la presència de la Inquisició a la Corona de Castella es va incrementar ràpidament; per a 1492 existien tribunals en vuit ciutats castellanes: Àvila, Còrdova, Jaén, Medina del Campo, Segòvia, Sigüenza, Toledo i Valladolid, i amb el temps es van jutjar altres crims a més del càstig de l'heretgia, sense temor a envair l'àmbit de la jurisdicció civil. Amb l'establiment final de la Inquisició espanyola als territoris de la Corona d'Aragó. El Regne de Nàpols mai va formar part de la inquisició espanyola, sinó que ho van fer de l'apostólica de Roma.
L'Expulsió dels jueus d'Espanya va ser ordenada el 1492 pels Reis Catòlics mitjançant el Decret de l'Alhambra amb la finalitat d'impedir que els jueus continuessin influint en els cristians nous perquè aquests judaïtzessin. La decisió d'expulsar els jueus o de prohibir el judaisme està relacionada amb la instauració de la Inquisició espanyola catorze anys abans en la Corona de Castella i nou en la Corona d'Aragó, perquè precisament va ser creada per perseguir els judeoconversos que continuaven practicant la seva antiga fe.
La inquisició a la Corona d'Aragó miniatura|La muerte de San Pedro de Arbués, obra de 1664 de Bartolomé Esteban Murillo. Per establir la Inquisició als territoris de la Corona d'Aragó, Ferran el Catòlic va ressuscitar l'antiga Inquisició pontifícia sotmetent-la al seu control directe. La població es va mostrar reticent a les actuacions de la Inquisició i les diferències de Ferran amb Sixt IV van fer que aquest promulgués una nova butlla en què prohibia categòricament que la Inquisició s'estengués a Aragó i reprovava la tasca del tribunal inquisitorial, però les pressions de Ferran des de 1481 van fer que el papa acabés suspenent la butlla, i en promulgués una altra, el 17 d'octubre de 1483, en la qual va nomenar Tomás de Torquemada també inquisidor general d'Aragó, València i Catalunya, convertint la Inquisició en l'única institució amb autoritat a tots els regnes de la monarquia hispànica, i que arreu podia servir com a mecanisme per defensar els interessos de la corona i la persecució de dissidents. A la Corona d'Aragó es van establir els tribunals al Palau Reial Major de Barcelona, Palau del Real de Valencia, el Palau de l'Aljaferia de Saragossa, Palma, Sardenya i Sicília, a més el tribunal de Logroño comprenia Navarra i el País Basc. Les ciutats d'Aragó van continuar resistint-se, i fins i tot hi va haver conats de revolta, com a Terol entre 1484 i 1485, però l'assassinat a Saragossa de l'inquisidor Pedro Arbués, el 15 de setembre de 1485 i la mort de Pere Gaspar Jotglar a Lleida, que es rumorejà enverinat per conversos, va fer que l'opinió pública fes un tomb en contra dels conversos i a favor de la Inquisició. A Aragó, els tribunals inquisitorials es van acarnissar especialment amb membres de la poderosa minoria conversa, i van acabar amb la seva influència en l'administració aragonesa.
Censura Amb la invenció de la impremta, que va facilitar la difusió de llibres fora de l'espai tancat de les biblioteques de les abadies i capítols, i l'adveniment de la Reforma Protestant, la Contrareforma començà amb el Concili de Trento, i la Inquisició va treballar activament per evitar la difusió d'idees herètiques a Espanya des que l'Edicte de Worms del 1521 de l'emperador Carles V va declarar Martí Luter pròfug i heretge, prohibint-ne les obres. Es van elaborar successius Index Librorum Prohibitorum, dels quals va aparèixer el primer a Roma el 1559. Aquests índexs eren llistes de llibres prohibits per raons d'ortodòxia religiosa que ja eren comunes a Europa una dècada abans que la Universitat de París publiqués el primer en 1544, A Espanya el primer volum que fou publicat ho feu el 1551 en forma de reimpressió del publicat a la Universitat de Lovaina el 1546 per ordre de Carles V amb un apèndix dedicat als llibres espanyols. Els índexs incloïen una enorme quantitat de llibres de tota mena, encara que prestaven especial atenció a les obres religioses i, particularment, a les traduccions vernacles de la Bíblia. Les llistes de llibres prohibits per l'església van començar quan Exuperi de Tolosa, que consultava sobre el càanon de la bíblia i el comportament dels religiosos, va rebre d'Innocenci I la carta Consulenti Tibi el 405, que contenia una llista de les escriptures canòniques i una sèrie d'escrits que no només s'havien de repudiar, calia prohibir-los (et si qua sunt alia, non solum repudianda, veram etiam noveris esse damnada), que fou ampliat per Gelasi I en 496 amb el Decret Gelasianum.
Repressió del protestantisme