El rei Carles I d'Espanya va crear el Virregnat del Perú el 20 de novembre de 1542, mitjançant una cèdula reial signada a Barcelona. El virregnat s'estenia des de Panamà fins a Xile, cobrint tota l'àrea d'Amèrica del Sud, excepte els dominis portuguesos (l'est del Brasil) i les províncies no descobertes, com la part central de la Selva Amazònica i la Governació de Veneçuela, que depenien del Virregnat de Nova Espanya. A partir d'aquell moment, tota l'administració del Perú va passar a mans espanyoles.
A continuació està la llista de tots els virreis que van governar el Perú des de l'any 1544, quan arriba el primer virrei, Blasco Núñez Vela, fins al 9 de desembre de 1824, amb la derrota del Tinent General José de la Serna a la batalla d'Ayacucho.
Llista Casa reial Rei d'Espanya VirreiCasa dels Habsburg(1516-1556) Carles I 1544 - 1546 Blasco Núñez Vela 1546- 1551 Pedro de La Gasca (President de l'Audiència) 1551- 1552 Antonio de Mendoza, Marquès de Mondejar 1552- 1556 Melchor Bravo de Saravia (President de l'Audiència)(1556-1598) Felip II 1556 - 1561 Andrés Hurtado de Mendoza, Segon Marquès de Cañete 1561- 1564 Diego López de Zúñiga y Velasco, Comte de Nieva 1564 Juan de Saavedra (President de l'Audiència) 1564- 1569 Lope García de Castro (President de l'Audiència) 1569- 1581 Francisco de Toledo 1581- 1583 Martín Enríquez de Almansa 1584 - 1585 Cristóbal Ramírez de Cartagena (President de l'Audiència) 1585- 1589 Fernando Torres y Portugal, Comte del Villar Dompardo 1589- 1596 García Hurtado de Mendoza y Manríquez Quart Marquès de Cañete 1596- 1604 Luis de Velasco, Marquès de Salinas, des de 1609(1598-1621) Felip III 1604 - 1606 Gaspar de Zúñiga y Acevedo, Comte de Monterrey 1607 Núñez de Avendaño (President de l'Audiència) 1607- 1615 Juan de Mendoza y Luna, Marquès de Montesclaros 1616 - 1621 Francisco de Borja y Aragón, Príncep d'Esquilache(1621-1665) Felip IV 1621- 1622 Juan Jiménez de Montalvo (President de l'Audiència) 1622- 1629 Diego Fernández de Córdoba, Marquès de Guadalcázar 1629- 1639 Luis Jerónimo Hernández de Cabrera, Quart Comte de Chinchón 1639- 1648 Pedro Álvarez de Toledo y Leiva, Marquès de Mancera 1648- 1655 García Sarmiento de Sotomayor, Comte de Salvatierra 1655- 1661 Luis Henríquez de Guzmán, Comte d'Alba d'Aliste 1661- 1666 Diego de Benavides y de la Cueva, Comte de Santisteban del Puerto (1665-1700) Carles II 1666 - 1667 Bernardo de Iturriaza (President de l'Audiència) 1667- 1672 Pedro Antonio Fernández de Castro, Comte de Lemos 1672- 1674 Bernardo de Iturriaza (President de l'Audiència) 1674- 1678 Baltasar de la Cueva Henríquez, Comte de Castellar 1678- 1681 Melchor Liñán de Cisneros (Arquebisbe de Lima) 1681- 1689 Melchor de Navarra y Rocafull, Duc de la Palata 1689- 1705 Melchor Antonio Portocarrero Lazo de la Vega, Comte de MoncloaCasa dels Borbons(1700-1724) Felip V 1705 - 1707 Miguel Núñez de Sanabria (President de l'Audiència) 1707- 1710 Manuel d'Oms i de Santa Pau, Marquès de Castelldosrius 1710 Miguel Núñez de Sanabria (President de l'Audiència) 1710- 1716 Diego Ladrón de Guevara (Bisbe de Quito) 1716 Mateo de la Mata Ponce de León (President de l'Audiència) 1716 Diego Morcillo Rubio de Auñón (Arquebisbe de La Plata y Charcas) 1716- 1720 Carmine Nicolao Caracciolo, Príncep de Santo Buono 1720- 1724 Diego Morcillo Rubio de Auñón (Arquebisbe de La Plata y Charcas) 1724- 1736 José de Armendáriz, Marquès de Castelfuerte 1736- 1745 José Antonio de Mendoza Caamaño y Sotomayor, Marquès de Villagarcía 1745- 1761 José Antonio Manso de Velasco, Comte de Superunda (1724) Lluís I d'Espanya(1724-1746) Felip V(1746-1759) Ferran VI(1759-1788) Carles III 1761 - 1776 Manuel d'Amat i de Junyent 1776- 1780 Manuel de Guirior, Marquès de Guirior 1780- 1784 Agustín de Jáuregui y Aldecoa 1784- 1790 Teodoro de Croix, Cavaller de Croix (1788-1808) Carles IV 1790-1796 Francisco Gil de Taboada y Lemos 1796-1801 Ambrosio O'Higgins Marquès d'Osorno 1801 Manuel Arredondo y Pelegrín (President de l'Audiència) 1801 - 1806 Gabriel de Avilés y del Fierro, Marquès d'Avilés 1806- 1816 José Fernando de Abascal y Sousa, Marquès de la ConcordiaCasa dels Bonaparte(1808-1813) Josep ICasa dels Borbons(1813-1833) Ferran VII 1816- 1821 Joaquín de la Pezuela (Tinent General) 1821- 1824 José de la Serna e Hinojosa (Tinent General)
En 13 ocasions, el President de l'Audiència de Lima va assumir el càrrec de virrei interí, i en 2 ocasions, ho va assumir el clergat.
El període més llarg de govern va ser el de Pedro de La Gasca (1546 - 1550), que es va dedicar a la reorganització i pacificació del Perú recent conquerit.
Abans de la designació de Blasco Núñez Vela com a virrei, van ser governadors del Perú: Francisco Pizarro (1534 - 1540) Cristóbal Vaca de Castro, President de l'Audiència 1540 - 1544
Vegeu també Perú Història del Perú Cinquè del Rei
* Virreis Del Peru