La història de Marràqueix comença en època musulmana. La Bocanum Emerum de Claudi Ptolemeu, que alguns pensen que podria estar a la regió de Marràqueix o d'Aghmat, havia d'estar més al nord, i de moment no se sap on.
miniatura|Koubba Ba'Adiyn almoràvit La van fundar els almoràvits sobre una plana buida, amb maresmes. El nom de la ciutat (potser 'Ves-te'n corrent') no dona cap pista sobre què significava. Després de la campanya almoràvit de 1060 en què s'havien apoderat de la regió de Fazaz, Meknès i el país Lawata, van decidir establir un campament per controlar la zona i servir de base a futures campanyes i d'enllaç entre el sud i Fes. Yússuf ibn Taixfín va comprar els terrenys a les tribus masmudianes dels Halyana i els Hazmira (de la gran tribu Masmuda) i es va establir al lloc amb la seva tenda; hi feu construir una mesquita i una kasba. Els habitants de la zona van establir les seves cases a l'entorn del campament. Va créixer de manera extraordinària però sempre a la manera dels nòmades.
Alí ibn Yússuf va haver de construir-hi una muralla per l'amenaça dels almohades, segurament el 1126;Es va construir en 8 mesos. el 1130, quan els almohades van atacar la ciutat per primer cop, les muralles ja existien. El xeic al-Baixir, lleial als almohades, es va establir a les portes de la ciutat i la va assetjar, però als 40 dies Alí va rebre reforços, va fer una sortida victoriosaL'anomenada batalla de Buhayrat al-Rakaik, del nom d'un jardí on es va lliurar, a l'est de la ciutat, davant les portes Bab Dabbagh i Bab Aylan. i els va fer retirar (maig de 1130), hi resultà mort al-Baixir; Ibn Túmart, el mahdí almohade, va morir poc després.
Als anys següents els almohades sembla que no van atacar la ciutat i es van dedicar a conquerir altres territoris com Tadla, Salé, Taza, Orà, Tilimsen (Tlemcen) i Fes, deixant Marràqueix pel final. El 1146 Abd-al-Mumin assetjà la ciutat i es va establir no gaire lluny, a Gillitz, preparant un llarg setge, que va durar 11 mesos; la ciutat va caure finalment després d'una sortida desafortunada, quan una part dels famosos defensors, desmoralitzats, es van passar a l'enemic; la milícia cristiana que defensava la ciutat es passà també a l'enemic o almenys es va rendir. El jove sultà almoràvit Ishaq ibn Alí ibn Yússuf, un infant, refugiat a la fortalesa, fou assassinat així com molts almoràvits (març de 1147). miniatura|La mesquita Kutubiyya, almohade Els almohades van establir la capital a Marràqueix i sota el seu govern fou una ciutat pròspera que va ser dotada amb diversos monuments: kasba, mesquites, escoles, hospital, aqüeducte, jardins. En una data entre 1152Ibn Khaldun: 1152/1153. i 11551154/1155 segons al-Bayskah. els Banu Amghar, germans del mahdí Ibn Túmart, van entrar a la ciutat i van intentar revoltar la població contra Abd al-Mumin, que era a Salé, però la rebel·lió fou aplanada ràpidament i els rebels foren massacrats.
Després del 1212 amb la derrota a l'Àndalus en la batalla de les Navas de Tolosa, i la mort d'an-Nàssir ibn al-Mansur i la d'al-Mustànsir Yússuf a Marràqueix el 6 de gener de 1224, l'assemblea de xeics almohades descendents dels antics companys d'Ibn Túmart que volien controlar els sultans al·legant la tradició, proclamà califa Abu-Muhàmmad Abd-al-Wàhid, germà de Yaqub al-Mansur, però aquest nomenament no fou acceptat a l'Àndalus. Abu-Muhàmmad Abd-al-Wàhid va morir estrangulat el mateix 1224 i el va succeir Abu-Muhàmmad Abd-Al·lah al-Àdil, que s'ofegà en un estany del palau el 1227 i va pujar al tron a l'Àndalus Abu-l-Ulà Idrís al-Mamun (germà d'al-Àdil), mentre a Marràqueix els xeics proclamaven Yahya ibn an-Nàssir al-Mútassim. Yahya, desconfiat dels seus, va fugir a Tinmal (1228) i a Marràqueix finalment fou nomenat un governador lleial a al-Mamun (1229); però Yahya hi retornà al cap de quatre mesos amb tropes i va recuperar la ciutat, matà al governador i al cap de 7 dies va haver de lliurar batalla a Gilliz (1230), on havia arribat al-Mamun des de l'Àndalus amb una tropa castellana que li havia facilitat Ferran III de Castella formada per 12.000 soldats, mercès a la qual va obtenir la victòria; entrà a la ciutat, en massacrà els xeics almohades i va fer construir una església per a les seves tropes cristianes (era un pacte en el tractat amb Ferran III); la seva política fou de reversió de tot el que s'havia fet abans.
El 1232, mentre al-Mamun i els cristians van anar a assetjar Ceuta, Yahya va sorprendre Marràqueix, la saquejà i destruí l'església cristiana. Al-Mamun va retornar a marxes forçades però va morir durant el camí (17 d'octubre de 1232); la vídua, al-Habab, va aconseguir dels caps de l'exèrcit (incloent el capità castellà) la proclamació del fill Abd-al-Wàhid ar-Raixid de 14 anys. La reina va concedir als soldats cristians el dret a saquejar Marràqueix, però els habitants de la ciutat se'n van assabentar i quan es presentà a la ciutat se li van tancar les portes (Yahya ja se n'havia retirat) i es va posar com a condició per obrir-les la concessió d'un aman general i que fos pagat als cristians el preu que podien esperar haver obtingut del saqueig, o sigui 500.000 dinars.
El 1235-1236 ar-Raixid fou expulsat de Marràqueix per una revolta dels Khlot (Khult), i es refugià a Sigilmasa mentre Yahya recuperava la ciutat. Pero ar-Raixid la va reconquerir i Yahya va acabar assassinat. Sota Abu-l-Hàssan Alí as-Saïd (1242-1248) els marínies, que des de vers 1215 havien començat a dominar l'est del país, es van apoderar de la major part del Regne de Fes i quan pujà al tron el seu successor Abu-Hafs Úmar al-Murtada (1248-1266) només conservava el Regne de Marràqueix al sud de l'Umm al-Rabi. El 1261-1266 el marínida Abu-Yússuf Yaqub atacà Marràqueix i acampà a Gilliz. Al-Murtada va enviar el seu cosí el sàyyid Abu-l-Ulà Idrís, conegut com a Abu-Dabbús al-Wàthiq, per lliurar batalla; durant aquesta va morir Abd-Al·lah ibn Yaqub, el fill del sultà marínida, i el seu pare optà per abandonar la lluita i va retornar a Fes (inici de juny del 1262). El sobirà almohade va acceptar pagar tribut.
El 1265 Abu-Dabbús al-Wàthiq va caure en desgràcia del seu cosí i es va refugiar als dominis del sultà marínida que li va donar suport per enderrocar al sobirà almohade a canvi de repartir-se el país. Abu-Dabbús va triomfar (octubre de 1266) i fou proclamat a Marràqueix oblidant llavors el pacte que havia fet. El sultà marínida va anar a Marràqueix a recordar el tractat, i va haver d'assetjar la ciutat el 1267, però mentre durava el setge, els abdalwadites de Tlemcen van atacar Fes i el setge de Marràqueix fou aixecat. Acabada la campanya (1268) el sultà va retornar a Marràqueix i la va ocupar el setembre de 1269. Va concedir l'aman als habitants i beneficis a les tribus i va restar set mesos per assegurar el control del país i després va retornar a Fez (1270). Marràqueix va perdre el rang de capital.
Els sultans van residir de vegades a la ciutat, però aquesta anà perdent població i importància. Va tenir diversos governadors, i el més important en fou (de 1269 a 1288) Muhàmmad ibn Alí ibn Muhali, aliat per matrimoni als sobirans marínides; per temor a una traïció, Abu-Yaqub Yússuf an-Nàssir ibn Yaqub el va deposar (febrer del 1288) i l'empresonà; i el nou governador fou Muhàmmad ibn Attu al-Janatí, home de confiança del sultà, al qual també va confiar la custòdia del seu fill Abu-Àmir. Aquest es va revoltar al cap de sis mesos amb el suport del governador i es va proclamar sultà (novembre del 1288), però al cap d'uns dies de setge el sultà recuperà la ciutat; Abu-Àmir va fugir a les muntanyes amb les tribus masmudianes i el tresor que es va poder emportar.
El maig de 1307 el nou sultà Abu-Thàbit Àmir ibn Yússuf va donar el govern de Marràqueix i la seva regió al seu cosí Yússuf ibn Muhàmmad ibn Abi-Iyad ibn Abd-al-Haqq; a finals d'any ja estava revoltat i es va proclamar sultà després d'eliminar el governador de la ciutat, al-Hajj Massud. Derrotat per les forces del seu cosí a la riba de l'Umm al-Rabi, va saquejar Marràqueix i es va refugiar a les muntanyes (gener de 1308), però fou capturat per un xeic, lliurat al sultà i executat junt amb 600 partidaris.
El 1320 la ciutat fou restaurada per Abu-Saïd Uthman II ibn Yaqub. Després de la derrota de Kairuan d'Abu-l-Hàssan Alí ibn Uthman, el príncep Abu-Inan Faris al-Mutawàkkil ibn Alí es va revoltar i, aprofitant els disturbis, Marràqueix va estar a punt de ser saquejada pels masmudes de la muntanya dirigits per Abd-Al·lah al-Saksiwí, però en consolidar-se en el poder el príncep rebel, el perill es va eliminar. Abu-l-Hàssan Alí va acabar derrotat finalment pel fill a la rodalia de Marràqueix i va fugir a les muntanyes (maig de 1350) amb els amirs dels Hintara; es va reconciliar amb el fill (al qual va designar hereu), però va morir de malaltia encara a la muntanya (juny de 1352).
Els emirs dels Hintara que dominaven la muntanya des de la qual es controlava Marràqueix van adquirir al una hegemonia sobre la regió i sobre les altres tribus Masmuda. Abu-Inan Faris va respectar a l'emir Abd-al-Aziz ibn Muhàmmad, que havia donat asil al seu pare, i el va mantenir al front de la tribu. Una anys després Abd-al-Aziz renuncià en el seu germà Amir, que el 1353 fou reconegut com a cap de totes les tribus masmudianes, de manera que passà a controlar al governador de Marràqueix, que era al-Mutamid, fill d'Abu-Inan Faris. Va esdevenir de fet independent i va conservar prop seu alguns prínceps marínides revoltats: Abu-l-Fadl (fill d'Abu-Sàlim Ibrahim ibn Alí), i Abd-ar-Rahman (fill d'Abu-l-Hàssan Alí). Abu-l-Fadl fou instal·lat com a governador de Marràqueix, però es barallà amb Amir, i aquest va enfrontar al seu antic protegit durant molt de temps fins que finalment va ser capturat i mort el 1370.
A la mort del sultà marínida Abu-Faris Abd-al-Aziz al-Mústansir ibn Alí (1372), el pretendent Abu-l-Abbàs Àhmad I (1373-1384), fill d'Abu-Sàlim Ibrahim ibn Alí es feu proclamar a Fes amb l'ajut del seu cosí Abd-ar-Rahman ibn Abi-Ifellusen (Abu-Zayyan Abd-ar-Rahman, fill d'Abu-Alí Mansur, sultà pretendent el 1348-1351, conegut com a Abi-Ifellusen), que també aspirava al tron, i que en recompensa va rebre el govern independent de la zona de Marràqueix (juny de 1734). Aviat van entrar en conflicte, però el 1378 es van tornar a entendre, per seguir un altre cop hostilitats al cap de poc de temps i una nova treva al cap de dos anys, després d'un setge infructuós de Marràqueix que durà dos mesos. Abu-l-Abbàs Àhmad I ocupà finalment la ciutat l'agost de 1382 i Abd-ar-Rahman va morir en la lluita. Abu-l-Abbàs Àhmad I fou deposat el 1384 i va fugir a Granada i el 1387 pogué recuperar el regne i va enviar-hi el seu fill Abu-l-Abbàs Àhmad II al-Múntassir ibn Àhmad com a governador. A partir d'aquí s'acaba la història d'Ibn Khaldun i les dades sobre Marràqueix desapareixen quasi totalment durant el .
Se suposa que la regió del sud restà com un govern quasi independent a mans de prínceps de casa reial. Un historiador portuguès diu que entre la conquesta de Ceuta pels portuguesos (1415) i el 1418 els regnes de Fes i de Marràqueix van estar en guerra civil contra pretendents; Abu-Saïd Uthman III ibn Àhmad (1398-1420) governava a Fes i Mawlay Bu Ali governava a Marràqueix i estava enfrontat a un altre príncep, de nom Faris. Sembla que Marràqueix mantenia lligams amb el Regne de Fes i no era del tot independent, perquè se sap que van aportar soldats a l'exèrcit que intentà recuperar Ceuta.