El cor de la catedral de Toledo està situat a la nau central de la catedral, enfront del presbiteri i separat d'aquest per la nau del creuer. Longitudinalment, abraça l'espai de dos trams. El més important dintre d'aquest espai són els seus cadirats, l'alt i el baix. El cadirat baix fou creat entre 1495 i 1498 per Rodrigo Alemán seguint l'estil gòtic. El cadirat alt té més mèrit artístic i va ser elaborat per dos grans escultors, Felipe Bigarny —anomenat també Felipe de Borgonya— i Alonso Berruguete, i va ser construït entre 1539 i 1543. Segons la historiadora d'art Isabel del Río de la Hoz, és «el conjunt d'escultura més important del Renaixement espanyol». Dins del cor es troba una imatge de l'anomenada Verge Blanca del , uns faristols de bronze del i dos orgues del . Està tancat per una reixa feta per Domingo de Céspedes el 1548.
Cadirat baix miniatura|Parella jugant a les cartes, gravat d'Israhel van Meckenem que apareix representat en una de les misericòrdies del cadirat baix per Rodrigo Alemán.
Al cadirat del cor baix seien els prebendats —els que tenien rendes per ser canonges catedralicis— i els racioners, que eren prebendats que tenien el seu espai en una església catedral.
El cor baix, que conserva la seva fàbrica original, és una obra corresponent a l'últim gòtic entre 1495 i 1498 —sota el mandat del cardenal Pedro González de Mendoza— feta per Rodrigo Alemán, gran autor d'altres cors, com els de Ciudad Rodrigo, a Salamanca, i el de Plasència. En aquest cadirat l'autor va plasmar amb gran qualitat escenes de la presa de Granada pels Reis Catòlics. Per indicació del cardenal Mendoza es va esculpir a cada tauler dels respatllers —començant pel costat de l'epístola— la presa d'una ciutat per part de les tropes dels Reis Catòlics, col·locant en el centre del cadirat, al costat de la cadira episcopal, les rendicions de Màlaga i de Granada. Aquests relleus estan col·locats a la part alta dels respatllers, dins un marc arquitectònic simulat a base d'arcs; la part baixa presenta una talla que imita brocats venecians. S'hi pot veure, a més, tota classe de gent de guerra, castells, armes i cavalls, fet que constitueix un document precís de l'època. Sens dubte aquesta obra va ser sempre molt valorada pels successius arquebisbes, per la qual cosa mai no hi ha hagut una proposta de canvi, com va succeir amb el cor alt.
La composició és molt similar en tots els relleus. Les ciutats hi són representades al fons del relleu i deixant de banda Granada i Màlaga, les altres ciutats estan fetes d'una forma molt estereotipada, gairebé sempre sense que res distingeixi les unes de les altres. Normalment, hi apareixen els vençuts sortint a retre homenatge als Reis Catòlics sempre sobre els seus cavalls i envoltats dels seus capitans. Destaquen alguns relleus que mostren algunes diferències clares, com el de la batalla de Lucena i la rendició de Moclín, on s'aprecia al fons el foc en una de les torres de la muralla de la ciutat per una bomba llançada per un artiller. Per la porta de la muralla surt el cabdill musulmà que es dirigeix cap als reis per oferir la seva rendició. Isabel la Catòlica es troba al costat de la seva filla, la princesa Joana, i amb el cardenal Mendoza. Tanmateix, l'escultor va representar com a retrats fidels, entre d'altres: els reis, el comte de Tendilla, el cardenal Mendoza, el marquès de Cadis i Boabdil. Les vestimentes també són molt realistes i pròpies de l'època.
Misericòrdies Les misericòrdies estan il·lustrades amb els mateixos temes que els dels respatllers; a més, hi ha representades sèries grotesques, grius, i escenes satíriques. Tenen una gran influència dels Països Baixos, terra de procedència de l'autor, probablement de Brabant. Molts dels motius emprats per decorar les misericòrdies tenen una gran similitud amb els gravats d'artistes, entre els quals destaquen els d'Israhel van Meckenem a la seva sèrie dedicada a «escenes de la vida quotidiana», el qual també havia copiat o transformat alguna cosa d'altres gravats corresponents a Martin Schongauer. Rodrigo Alemán no va copiar estrictament el dibuix que presentaven els gravats sinó que, tal com era habitual, solament els feia servir com a model d'inspiració.
Cadirat alt miniatura|El cardenal Juan Pardo de Tavera promotor del cadirat alt Al cadirat alt se situaven el capítol catedralici, els porcioners i beneficiats i, a més a més, els cavallers de les ordes i les autoritats invitades; a les grans solemnitats religioses arribaven a ser un total de 140 setials. L'accés al cadirat es fa des de diversos llocs: al fons, el que dona pas directament a la cadira episcopal, dues entrades en el centre dels laterals i dues més que es troben a prop de la reixa de l'entrada al recinte del cor.
El primer cadirat era molt pobre, raó per la qual el cardenal Juan Pardo de Tavera va promoure el 1533 un concurs per presentar els traçats corresponents segons un model que va facilitar la mateixa catedral. El 1539 ja estava decidit concedir l'obra a dos grans artistes, Bigarny i Berruguete, que es varen comprometre a acabar-la en tres anys, com així va ser. Per començar aquest treball es va comptar amb fustes de boix i noguera, marbre d'Espeja de la província de Sòria i alabastre de Cogolludo (província de Guadalajara).
Els setials estan situats en una construcció arquitectònica veritablement original i artística. La seva disposició està formada per dos cossos d'arquitectura que presenten 71 arcs recolzats en 72 columnes de marbre roig. Als espais, s'encasten les cadires que alhora estan limitades entre si per columnes de jaspi, entre respatller i respatller. A les fornícules es veuen escultures d'alabastre; la temàtica és la mateixa que la dels taulers de fusta de les cadires. Aquesta arcuació renaixentista deu el seu traçat i projecte a l'arquitecte Alonso de Covarrubias, mestre major de la catedral. Als extrems del cor, de cara a la reixa, poden veure's dues inscripcions llatines que diuen: «Celebrant l'acabament del cadirat el 1543 i van tallar aquestes feines, així les de marbres com les de fusta, en aquest costat Felipe de Borgonya i en l'oposat l'espanyol Berruguete. De la mateixa manera competiran sempre els judicis o parer dels que examinin aquesta obra.» És a dir, al costat de l'evangeli la de Bigarny i al costat de l'epístola la de Berruguete.
Treball de Bigarny miniatura|Felipe Bigarny signava amb el seu nom italianitzat Philipus Biguerny L'any 1538 el capítol va encarregar a aquest escultor la composició d'una cadira d'acord amb un model que li fou enviat. Es creu que aquesta primera cadira va ser la de «Santa Caterina», obra que mostra la signatura «Philippi opus». Felipe Bigarny va proposar el 1539 un contracte amb unes condicions especials, entre les que demanava una casa per viure amb la seva família i «que hauria de ser àmplia per poder treballar-hi, ja que a l'hivern, a causa del fred, no podria fer-ho al claustre, i així acabaria millor i abans l'obra». També demanava fusta, bastides, guix, plom i, per cada cadira, vuitanta mil morabatins. Es va conformar al final amb quaranta-cinc mil morabatins, però va deixar ben clar que no muntaria en el cor ni les peces d'alabastre ni les de jaspi. Per contrast amb aquestes exigències, Alonso Berruguete, també el mateix any, va presentar la seva oferta per fer les cadires per quaranta-cinc mil morabatins inclòs el coronament final d'alabastre. Es va repartir el treball, encara que la cadira episcopal es va acordar que la realitzaria Bigarny; es va signar el contracte i el 17 de febrer de 1539 van començar els treballs del nou cadirat.
El canonge responsable de les obres de la catedral i gran especialista en art era Diego López de Ayala, que va redactar el contracte. En ell es concretava que la talla havia de ser realitzada de la mà de bons oficials i que mentre duressin els treballs del cor, els mestres no podien absentar-se de Toledo per no deixar la direcció en cap moment. Bigarny va treballar en aquest cor amb l'ajut del seu fill gran, el gran tallista Gregorio Pardo, i d'Esteban Jamete.
L'obra de Bigarny reflecteix un savi coneixement del nou estil renaixentista. És una obra molt clàssica i d'una gran bellesa. En l'evolució dels seus relleus es va copsant la progressiva influència del millor art espanyol d'aquell segle, realitzat amb una gran pulcritud tècnica. El modelatge aconseguia reflectir un moviment especial i una gran expressivitat.
Un dels respatllers de noguera tallats per Bigarny és el que representa L'Església, simbolitzada per una dona jove coronada d'estrelles —l'Església triomfant— i que sosté en les seves mans un calze i una creu —l'Església militant. Les vestidures són molt elegants i mostren el gust que l'escultor, d'origen borgonyó, encara tenia per les robes amb grans plecs. Un altre respatller destacable és el que està dedicat a Jacob; representa una «lluita amb l'àngel», on la composició està realitzada mitjançant unes diagonals en què l'artista aconsegueix una gran harmonia sense mostrar una lluita violenta.
El cos superior, compost per les figures d'alabastre i que estan al costat de l'evangeli, va ser també realitzat per aquest escultor. Entre els profetes realitzats es troben Jeconies i Zorobabel. El primer el representa vestit amb un abric d'ermini i amb una actitud arrogant, i un ventre prominent que és un tret despectiu. Zorobabel apareix amb corona, ceptre, espasa i també amb l'Orde del Toisó d'Or. Sembla com si fos un retrat de Carles V, segurament com a homenatge a aquest emperador, a qui el capítol de la catedral va donar suport.
Treball de Berruguete miniatura|Fotografia del cadirat baix de Rodrigo Alemán i del cadirat alt amb el treball d'Alonso Berruguete Alonso Berruguete es va encarregar de llaurar tot el cadirat en noguera i també va ser l'autor de les figures en alabastre que representen profetes i d'altres personatges disposats en nínxols de petxines, entre columnes, que tot just sobresurten situats en el costat de l'epístola. En aquest treball el van ajudar especialment els artistes Francisco Giralte i Isidro de Villoldo; també va tenir com a auxiliars a Inocencio Berro, Pedro de Frías i Manuel Álvarez entre d'altres. Però qui en diversos aspectes va col·laborar en tota l'obra fou el canonge Diego López de Ayala, erudit i traductor de les obres de Boccaccio i de Jacopo Sannazaro, i declarat admirador de Berruguete, a qui animà i amb qui mantingué una gran amistat.
Així com Bigarny va adoptar totes les seves figures dins dels marcs dels taulers, Berruguete les va treure d'ells amb figures agitades, sinuoses i amb un dinamisme palpable. Tota la representació de personatges de l'Antic Testament la presenta amb una gran tècnica, tot jugant amb el clarobscur i aportant uns bells efectes a tot el conjunt. El primer tauler és el d'Adam, amb una anatomia esplèndida; mostra uns peus ossuts i amb nervis, que es van convertir en una de les característiques més conegudes de l'escultor. La figura d'Eva és potser la més representativa, carnal i bella, plenament renaixentista. Dins el Renaixement castellà no era una tradició artística el nu; de fet, aquest relleu de la catedral és el primer que es coneix. Berruguete, en la seva estada a Itàlia, com succeí amb altres artistes castellans com Bartolomé Ordóñez i Juan de Juni, devia descobrir la importància del nu per mostrar la bellesa humana. Però de tots, ell fou el primer que es va atrevir a utilitzar-lo dins d'un espai religiós i mostrà Eva amb un nu integral. Encara que de complexió masculina, la figura presenta tots els atributs de l'ideal de bellesa femenina. Fins aleshores, en la iconografia religiosa es presentaven parts nues del cos, com ara cames o braços, també algun pit en vestimentes descordades i, sobretot, en figures d'amorets nus. Aquesta Eva té sens dubte trets i s'inspira en les escultures de Miquel Àngel. miniatura|Retrat d'Alonso Berruguete, un dels autors que més obres tenen al cor de la catedral