La història de Panamà s'ocupa de la llarga història de la regió de l'Istme de Panamà que es va desenvolupar al sud de la regió centreamericana, des de les cultures precolombines, durant l'era colonial espanyola, en la seva independència i en l'actual estat de Panamà.
miniatura|Ubicació de Panamà entre l'Oceà Pacífic (a baix) i el Mar del Carib (a dalt). miniatura|"El Arco Chato", Església de Santo Domingo.
Època precolonial miniatura|140px|Art precolombí de Panamà. Fins al moment de l'arribada dels conqueridors espanyols, es calcula la població d'indígenes de l'istme seria d'entre sis-cents mil fins a un milió i mig d'habitants. Van trobar diversos grans "regnes" ("cacicazgos") amb la seva pròpia organització política i militar, on una elit sacerdotal s'estructurava un govern teocràtic i representava la noblesa. La resta de la població es dividia en nobles, militars, sacerdots, poble i esclaus.
A l'àrea avui coneguda com a províncies centrals es distingien els reis Esquina, Urraca, Paris, Escoria, Natá i Chiru, a més d'altres pobles ja extints com els Chánguenas, Doraces i Zuríes. Els seus descendents estan representats pels actuals Ngöbe-Buglé-Guaymí, que ocupen les terres altes de Veraguas, Chiriquí i Bocas del Toro.
La cultura Kuna va aconseguir establir-se durant el segle XVI a la regió de Bayano i Darién en ser delmada la població original de l'àrea. A partir del l'àrea va ser ocupada per la cultura Chocoe, aparentment originària de l'actual departament del Chocó a la República de Colòmbia. Abans del , la regió del Darién estava habitada pels kunes i no chocoes. Probablement des del període precolombí, els indígenes emberà habitaren la part sud-est del Darién.
Entre 1719 i 1726, els gunes van lluitar contra els colons espanyols, i amagaven els pirates en els rius de l'àrea durant els seus atacs als espanyols. Per aquesta raó, en 1783 la Corona Espanyola va expedir una Reial Ordre per a la "reducció" o "extinció" dels gunes. Mitjançant "mercenaris" chocoes (armats amb sarbatanes i dards verinosos), negres i espanyols, se'ls va reduir a les capçaleres dels rius Tuira i Chucunaque.
És probable que els supervivents de les poblacions indígenes de l'istme fossin absorbits per altres grups indígenes procedents del sector Carib, del litoral pacífic colombià i de la Zona de Talamanca de Costa Rica. També van contribuir a la seva desaparició la tasca de missioners i colonitzadors espanyols, així com la importació d'indis esclaus de Centre i Sud-amèrica, ja que van introduir en els segles i grans grups humans molt diferents tant lingüísticament com cultural. Tot això va generar una gran barreja de cultures.
Descobriment miniatura|Cristòfor Colom. miniatura|Monument a Vasco Núñez de Balboa a la ciutat de Panamà. miniatura|Vasco Nuñez de Balboa, reclamant el mar del Sud per a la corona espanyola.
L'istme de Panamà va ser visitat per primera vegada pels conqueridors espanyols durant l'expedició de l'escrivà de Triana, Rodrigo de Bastidas, el 1501. Bastidas va navegar la costa del Carib de l'actual província de Colón i les illes de l'arxipèlag de la Comarca de San Blas. A causa de la mala condició dels seus vaixells, Bastidas va suspendre la seva expedició i va tornar a Espanya.
El 10 d'octubre de 1502, en el seu quart viatge, Cristòfor Colom va arribar a la costa atlàntica de l'istme, en les actuals províncies de Bocas Del Toro i Veraguas. El 2 de novembre, va arribar a una badia a l'actual província de Colón, a la qual va batejar com el nom de Portobelo o Port Bell.
Fundació de Santa María La Antigua
Santa María la Antigua del Darién va ser la primera ciutat fundada pels espanyols a la Terra Ferma d'Amèrica, situada al Darién, a la regió de l'actual frontera entre Panamà i Colòmbia.
Va ser fundada per Vasco Núñez de Balboa el 1510, en els territoris del Cacic Cémaco. En trobar una forta resistència per part dels indígenes de l'àrea, els espanyols van oferir a la Verge de l'Antigua venerada a Sevilla, que en cas sortir triomfants en la batalla donarien el seu nom a la població. Cémaco va ser vençut i al setembre de 1510, complint amb la promesa feta la ciutat va ser batejada amb el nom de Santa Maria de la Antigua del Darién.
Es va constituir un govern municipal, i es va realitzar en ella el primer cabildo obert al continent americà, en el qual es va designar Martín Fernández de Enciso com a alcalde. En aquesta ciutat, també es va construir la primera església en terra ferma, sobre el lloc de l'habitatge de Cémaco, i va ser la primera seu episcopal del continent.
Santa Maria la Antigua del Darién va ser la capital del territori de Castella d'Or fins a la fundació de la Ciutat de Panamà per Pedrarias Dávila el 1519. Pedrarias va ordenar el trasllat de la Capital de Castella de l'Or, persones, bestiar i municions a la nova Panamà a la vora del Mar del Sud o Oceà Pacífic. Pocs anys després Santa María L'Antiga del Darién va ser abandonada i el 1524 la ciutat va ser assaltada i cremada pels indígenes.
El descobriment del Mar del Sud
El 1513, Vasco Núñez de Balboa emprèn la conquesta dels territoris dels cacics Careta, Ponca i Comagre, on escolta per primera vegada de l'existència d'un altre mar per part de l'indigena Panquiaco, fill gran de Comagre, on es parlava d'un regne al sud de població tan rica que utilitzaven vaixelles i utensilis d'or per menjar i beure.
La notícia inesperada d'un nou mar ple de riqueses va ser presa molt en compte per Vasco Núñez de Balboa, que organitza una expedició que parteix de Santa María La Antigua l'1 de setembre de 1513. El dia 25 de setembre, Núñez de Balboa s'avança a la resta de l'expedició i s'interna en la serralada del riu Chucunaque, i abans del migdia aconsegueix arribar al cim de la serralada des d'on aconsegueix veure en l'horitzó les aigües del nou mar.
Quan l'expedició arriba a les platges, Núñez de Balboa va alçar les seves mans; en una estava la seva espasa i en l'altra un estendard de la Mare de Déu, va entrar a les aigües fins al nivell dels genolls i va prendre possessió del Mar del Sud en nom dels sobirans de Castella.
Núñez de Balboa va batejar al golf on va arribar l'expedició com a San Miguel, perquè va ser descobert el dia de Sant Miquel Arcàngel, 29 de setembre i al nou mar com Mar del Sud pel recorregut que va prendre l'exploració per l'istme rumb al sud. Aquest fet és considerat per la història de Panamà, com el capítol més important de la conquesta després del descobriment d'Amèrica.
Actualment a Panamà, amb el nom de Vasco Núñez de Balboa s'ha batejat a parcs i avingudes. A la ciutat de Panamà, davant de les costes s'erigeix un impressionant monument dedicat a la seva memòria i a la gesta del descobriment del Mar del Sud. En el seu honor s'ha batejat la moneda oficial de la República de Panamà amb la denominació de Balboa, on hi apareix el seu rostre en l'anvers d'algunes monedes. Així mateix, el principal port al Pacífic del Canal de Panamà i el districte que abasta l'arxipèlag de les Perles, també porten el seu nom.
La màxima condecoració atorgada pel Govern de la República de Panamà a personatges destacats i excel·lents és l'Orde Vasco Núñez de Balboa en els seus diferents graus.
Fundació de la Ciutat de Panamà
miniatura|La nostra Senyora de l'Assumpció, Panamà Vell. La ciutat de Panamà va ser fundada el 15 agost 1519 per Pedro Arias Dávila, conegut com a Pedrarias, i fou la primera ciutat espanyola en les costes del Mar del Sud o Oceà Pacífic i la més antiga de terra ferma que existeix fins avui com ciutat. La seva fundació va reemplaçar a les anteriors ciutats de Santa Maria la Antigua del Darién i Acla, i es convertí en la capital de Castella de l'Or El 15 de setembre de 1521, va rebre mitjançant Real Cèdula el títol de Ciutat i un Escut d'Armes conferit per Carles I d'Espanya.
La ciutat de Panamà va esdevenir el punt de partida per a l'exploració i conquesta del Perú i ruta de trànsit per als carregaments d'or i riqueses provinents de tot el litoral pacífic del continent americà que s'enviaven a Espanya. El 1671 la ciutat és atacada per les forces del pirata anglès Henry Morgan amb intencions de saquejar la ciutat. Per mesures de seguretat, de la població i els béns, el Capità General de Terra Ferma, Don Juan Pérez de Guzmán ordena evacuar la ciutat i volar els dipòsits de pólvora, amb la qual cosa va provocar un gegantí incendi que va destruir totalment la ciutat. Les ruïnes de l'antiga ciutat encara es mantenen, inclosa la torre de la seva catedral i són una atracció turística coneguda com a Conjunt monumental històric de Panamà la Vella, reconeguda com a patrimoni de la humanitat. La ciutat de Panamà va ser reconstruïda el 1673 en una nova localització a 2 km a l'oest-sud-oest de la ciutat original al peu del turó Ancón, coneguda actualment com el nucli antic de la ciutat.
El 1821, després de la independència de Panamà d'Espanya i la seva unió voluntària a la Gran Colòmbia de Simón Bolívar, la ciutat de Panamà passa de Capital de Castella de l'Or i el Ducat de Veraguas, a ser la capital del Departament de l'Istme. La unió a Colòmbia es va dur a terme amb intencions autònomes que Colòmbia mai no va acceptar. El 1830, 1831 i 1832, Panamà es va intentar separar de Colòmbia, però la insistència del Libertador primer, i la raó de les armes després, van reunificar els territoris. Dins de les 6 guerres civils que hi va haver a Colòmbia durant el , la que va tenir a mitjan segle ocasiona la separació de Panamà el 1840, i adopta el nom d'Estat de l'Istme, per un any.
La febre de l'or a Califòrnia, el 1848, va convertir novament l'Istme en ruta de viatgers que creuaven camí a la costa oest d'Amèrica del Nord, i retornà l'auge comercial a la ciutat. En 1855 va començar operacions el Ferrocarril de Panamà, la primera via fèrria transoceànica des de la Ciutat de Panamà en el Pacífic fins a la costa atlàntica de l'istme.
El 1868 es va produir una revolta popular, i finalment el 12 d'agost de 1903 el Senat Colombià reunit en Congrés, va rebutjar el Tractat Herrán-Hay per tal de construir un Canal per part dels Estats Units, en considerar que menyscabava seva sobirania. La raó real del rebuig era deixar caure la concessió feta a la Companyia francesa del Canal, que vencia pel volts del febrer de 1904, i així assumir la propietat dels seus havers, i renegociar el Tractat amb l'estipulació que els 40 milions de dòlars que anaven a la Companyia, ara anirien al Tresor de Colòmbia. Els panamenys s'organitzen i declaren la separació el 3 de novembre de 1903. Estats Units reconeix als tres dies el nou estat, i impedeix amb la seva armada l'acció de Colòmbia per restablir l'autoritat central.
El 1903 la República de Panamà declara la seva Separació de Colòmbia i la ciutat de Panamà es converteix en la capital de la nova nació panamenya. Amb els treballs de construcció del Canal de Panamà es va millorar la infraestructura de la ciutat en aspectes com sanitat, l'erradicació de la febre groga i la malària, la reconstrucció de carrers i clavegueram, així com la introducció del primer sistema d'aigua potable.
Durant la Segona Guerra Mundial, la construcció de bases militars i la presència de gran quantitat de militars i personal civil nord-americans van portar nous nivells de prosperitat i comerç a la ciutat.
Durant els anys de 1970 i 1980, la ciutat de Panamà es va convertir en un dels centres bancaris més forts del món al nivell de la ciutat de Nova York, i el centre financer i d'assegurances més poderós de tota Llatinoamèrica. El 20 de desembre de 1989 l'exèrcit dels Estats Units envaeix la Ciutat de Panamà amb el propòsit de capturar el general Manuel Antonio Noriega, comandant en cap de la Forces de Defensa i l'últim dictador militar de la República de Panamà, que era acusat de narcotràfic en tribunals nord-americans. Com a resultat d'aquesta acció militar el barri del Chorrillo, on es trobava la comandància de les Forces de Defensa de Panamà va ser destruït en gran part.