Els primers documents històrics en què apareix escrit el nom de Guatemala són les cartes de relació que Pedro de Alvarado va enviar a Hernán Cortés el 1524. En la primera de les conegudes, datada a Utatlán l'11 d'abril de l'any esmentat. Alvarado relata el seu viatge des Soconusco i la paraula Guatemala apareix escrita 3 vegades. En la segona diu Alvarado que va partir d'Utatlán i que en dos dies va arribar a Guatemala. En aquesta carta relata les seves campanyes de conquesta en Atitlán, Escuintla, la Costa Sud oriental i Cuscatlán i diu que no va poder seguir la seva empresa. Hernán Cortés també esmenta la ciutat de Guatemala, en la seva carta de relació dirigida a Carles V, i datada a Mèxic el 15 d'octubre del mateix any 1524. Cortés es refereix a "unes ciutats de les quals feia molts que jo tinc notícies que es diuen Ucatlán i Guatemala".
En tres cartes esmentades, el nom de Guatemala s'escriu de la mateixa manera com es fa ara i que segurament és la castellanització del vocable Quauhtemalan «lloc de molts arbres», d'origen náhuatl, que era el nom amb el qual coneixien a la ciutat i nació cakchiquel els auxiliars mexicans que van acompanyar Alvarado i Cortés. Al segle XVI no hi va haver problema en escriure el nom Guatemala, encara que en algunes actes del Capítol de Santiago, recollides en el Llibre Vell, s'escriu Guatimala.
Guatemala és una república que ha passat diferents períodes històrics. Els seus primers habitants van crear la cultura maia. Posteriorment, va ser sacsejada per la guerra ocorreguda amb la conquesta espanyola. Al aconsegueix la seva independència amb la resta d'Amèrica Central, la qual va ser succeïda per guerres entre conservadors i liberals, que portarien a la desintegració de la Federació Centreamericana. Les disputes van continuar entre els dos grups fins a finals del , primer sota el poder dels conservadors i després dels liberals. Manuel Estrada Cabrera va ser el president que va aconseguir mantenir-se durant més temps en el poder.
Al segle XX va cessar la lluita liberal-conservadora. Durant aquest temps, Guatemala va ser sacsejada per disputes i guerres dins del context de la Guerra Freda. Primer, la Revolució de 1944, de caràcter socialista, posteriorment la contrarevolució de 1954, capitalista, que es desenvoluparia posteriorment en un període d'inestabilitat política, amb cops d'estat i eleccions fraudulentes entre aquests, paral·lel al moviment guerriller i a la lluita armada interna. Després de la transició a la democràcia, s'aconsegueix signar els Acords de Pau, i comença una nova època a Guatemala, caracteritzada per visió d'una millor Guatemala, però frustrada, en part, pel creixement de la delinqüència interna i la crisi econòmica mundial. Aquesta és la història d'un país que ha passat per una gran experiència, d'esplendor precolombí, d'invasió espanyola, de colònia, d'independència, d'unió centreamericana i secessió d'aquesta, de governs conservadors i liberals, capitalistes i socialistes, de revolucions, de guerra interna, de genocidi, de cops d'estat, intervenció estrangera, de democràcia, de pau, d'esplendor científic i literari, però que tot i les dificultats, segueix el seu camí de la història.
Època prehispànica
miniatura|Temple de les Màscares, a Tikal. Diferents grups van poblar Guatemala durant l'època també coneguda com a precolombina, però la més important va ser la civilització maia. Els maies van governar la major part de Petén, però van fer edificacions de temples i ciutats en les regions altes de Guatemala.
La civilització maia va florir en la major part del que avui és Guatemala i les seves regions circumdants, durant aproximadament 2.000 anys, abans de l'arribada dels espanyols. La seva història es divideix en tres períodes: pre-clàssic, clàssic i post-clàssic. És durant el període clàssic quan aquesta civilització té els seus principals avenços científics i culturals. No obstant això, el poble maia no acaba la seva història aquí, ja que avui dia encara poblen la regió. La major part de les grans ciutats maies de la regió del Petén i les terres baixes del nord de Guatemala, van ser abandonades al voltant de l'any 1000 aC. Els estats postclàssics de les terres altes centrals -com el Regne K'iche' de Q'umarkaj - però, prosperaven encara fins a l'arribada del conqueridor espanyol Pedro de Alvarado entre 1523 - 1527.
Els pobladors nadius de les terres altes de Guatemala, com els cakchiqueles, mam, quiché i tzutujiles, i els kek'chi a les terres baixes del nord guatemalenc encara formen una part significativa de la població guatemalenca.
Època colonial
Va ser el 1523 quan els conqueridors espanyols van entrar per la seva part occidental (Actualment Quetzaltenago), provinents des de la Nova Espanya. Tots ells liderats pel capità i lloctinent Pedro de Alvarado. Enfrontant-se primer amb els k'iches i aliant-se després amb els cakchiqueles, va aconseguir fundar la seva primera vila el 25 de juliol de 1524 a prop d'Iximché, capital dels cakchiqueles, i li donaren per nom Ciudad de Santiago en honor del conegut Apòstol Major.
El 22 de novembre de 1527 es va traslladar la ciutat i aquesta va ser destruïda a la matinada de l'11 de setembre de 1541 per una allau de fang i pedres que provenia del cim del Volcán de Agua (Volcà Hunahpú, com el coneixien els indígenes) i sepultà a la que era llavors capital de la regió, i enterrà la ciutat amb la majoria dels seus habitants, on també va morir la primera Governadora que ha tingut Amèrica: Beatriz de la Cueva, vídua de Pedro de Alvarado. Això va obligar a traslladar-la de nou 6 quilòmetres més avall, a la Vall de Panchoy, en el que actualment és avui la Ciutat d'Antigua Guatemala. El 10 de març de 1543 l'Ajuntament va celebrar allà la seva primera sessió. La ciutat, ja en la seva tercera seu oficial, va conservar el mateix escut d'armes atorgat a Medina del Campo per Reial Cèdula el 28 de juliol de 1532. Também el 10 de març de 1566 el Rei Felip II la va condecorar amb el títol de "Molt Noble i Molt Lleial Ciutat". Va ser la tercera ciutat en importància a Amèrica després de Mèxic i Lima; d'allà va irradiar la cultura i va gaudir de ben merescut prestigi. Així es va iniciar al Període Colonial de Guatemala.
Durant aquest període colonial, que va durar gairebé 300 anys, Guatemala va ser una capitania general (Capitania General de Guatemala) que al seu torn depenia del Virregnat de la Nova Espanya (avui Mèxic). S'estenia des de la regió del Soconusco -ara al sud de Mèxic (estat de Chiapas) - fins a Costa Rica. Aquesta regió no va ser tan rica en minerals i metalls com Mèxic i el Perú. No obstant això, es va destacar principalment en la producció agrícola. Els seus principals recursos van ser la canya de sucre, el cacau, les fustes precioses i tinta d'anyil per tenyir tèxtils.
Els estudis universitaris apareixen a Guatemala des de mitjans del , quan el primer Bisbe del regne de Guatemala, Francisco Marroquín, funda el Col·legi Universitari de Santo Tomás l'any 1562, amb la qual cosa es converteix en una de les primeres universitats del Nou Món.
El nouvingut president Martín de Mayorga va sol·licitar al monarca d'Espanya el 21 de juliol de 1775 el trasllat d'Antigua Guatemala sempre vulnerable a erupcions volcàniques, inundacions, i terratrèmols. Antigua havia estat destruïda per dos terratrèmols el 1773, però els romanents de la seva arquitectura espanyola colonial van ser conservats com un monument nacional. La Ciutat de Guatemala moderna fou oficialitzada com a quart assentament el 2 de gener de 1776, amb una primera sessió de l'ajuntament, pel governador de l'Audiència Matías de Gálvez y Gallardo sobre les bases de l'anomenat Establiment Provisional de l'Ermita. Per reial ordre donada a Aranjuez el 23 de maig de 1776 es va extingir el nom de Santiago i es va adoptar el de Nueva Guatemala de la Asunción, un nom que, amb el pas del temps, ha donat pas Ciutat de Guatemala, ciutat que ha aconseguit convertir-se amb els anys en la més gran i populosa de tot l'istme.
Independència La regió va seguir florint. Indústries com les de l'anyil, el cacau i la canya de sucre, van florir durant tot el període colonial de Guatemala, crearen grans riqueses i permeteren el desenvolupament d'altres indústries, l'auge de les quals es va perllongar fins a finals del . En voler obrir altres opcions comercials i per interessos econòmics i polítics, l'elit criolla guatemalenca va declarar la seva independència de la Corona Espanyola el 15 de setembre de 1821. La nova república guatemalenca incloïa les regions del Soconusco, i el que ara són els països del Salvador, Hondures, Nicaragua, i Costa Rica. Els seus 1,5 milions d'habitants estaven concentrats en els seus centres urbans. En 1821, Guatemala va signar un acord fronterer amb el Regne Unit que autoritzava la creació de l'Hondures Britànica, que fou anul·lat per Guatemala en 1939 en no fer-se efectius els acords econòmics.
Els últims decennis del van significar per a la corona espanyola un immens malbaratament d'energies -humanes i econòmiques- destinades a suportar i portar a bon terme repetits projectes bèl·lics en què es va veure embolicada. L'afany expansionista i els d'avenços polític-econòmics, havien col·locat Espanya en una situació bastant difícil: no era factible sucumbir davant el poder de les potències veïnes, però fer front a aquestes empreses bèl·liques li significava innombrables sacrificis humans i econòmics. D'altra banda, les seves vastes possessions d'ultramar eren de per si una altra gran empresa on havia d'invertir semblants energies i recursos, encara que de diverses maneres, així com vetllar per elles com un valuós tresor sobre el qual tenien posats els ulls propis i estranys. Un aspecte important que mereixia obligats esforços per part de l'alta burocràcia reial espanyola, així com els esforços i inversions ja assenyalats, era el tràfic comercial-marítim que sostenia la metròpoli i les seves colònies. Gràcies a ell, podia detectar el pols i ritme de les relacions entre ambdós continents. Aquesta inquietud real sobre el manteniment i conservació d'una relació contínua en l'àmbit comercial, pot explicar-se pels factors que la constituïen, com ho eren, d'una banda la riquesa en metalls preciosos i matèries primeres que Amèrica proporcionava, així com el mercat de consum que ella mateixa significava per als gèneres i productes peninsulars. Aquest intercanvi, la majoria de les vegades desigual per a les colònies ultramarines, suposava una línia considerable en l'economia real peninsular. D'aquí la seva constant vigilància i protecció, manifestada en tot un seguit de disposicions reials que -durant gairebé tres segles-guarden una línia clara de pensament: la conservació, en exclusivitat, del comerç amb les colònies com una cosa inherent i imaginable només per a la corona espanyola, sense arribar a considerar la ingerència en aquesta relació, d'altres nacions. La guerra sostinguda amb Anglaterra en els últims anys del va plantejar difícils problemes a aquesta relació comercial, ja que les forces angleses coneixien bé els punts neuràlgics de l'economia espanyola i els van atacar frontalment.
L'Imperi Mexicà i les Províncies Unides de l'Amèrica Central
Després d'un breu període d'incertesa política, el 5 de gener de 1822, les províncies centreamericanes van ser annexades a l'Imperi Mexicà, una idea d'Agustín de Iturbide per contrarestar l'expansió nord-americà. L'Imperi Mexicà va ser una monarquia que desembocà en una unió dels que eren habitants del Virregnat de Nova Espanya sota una bandera única, catòlica i poderosa. No obstant això un any més tard, l'imperi es va col·lapsar i militars republicans van instaurar una democràcia i un estat mexicà, Guatemala i les seves províncies es van separar d'ell, (exceptuant Chiapas i Soconusco, que romangueren al costat de Mèxic) declararen de nou la seva independència i passaren a formar les Províncies Unides de l'Amèrica Central el juliol de 1823.