EMBOSS (acrònim procedent de l'anglès European Molecular Biology Open Programari Suite) és una eina bioinformàtica de codi obert creada per EMBnet (Xarxa Europea de Bioinformàtica), i que s'utilitza especialment en els àmbits de la biologia molecular i la genètica. Es tracta d'un programari versàtil que rep dades en diversos formats i que els analitza de múltiples maneres. Conté una gran varietat d'eines centrades en l'anàlisi d'àcids nucleics i proteïnes. Si bé s'executa en la línia d'ordres, existeixen GUIs que faciliten la seva manipulació sota un entorn gràfic.
Els nucli del grup EMBOSS col·labora amb altres grups científics i acadèmics per desenvolupar noves aplicacions requerides per al desenvolupament bioinformàtic. EMBnet tenia aquest origen, basat en diversos nòduls a nivell mundial, la majoria dels quals són els serveis nacionals de bioinformàtica. Els seus inicis es remunta al setembre de 1998, quan es va celebrar el primer taller en què 30 persones d'EMBnet es van reunir a Hinxton per conéixer sobre el projecte i discutir el camí a seguir.
El paquet EMBOSS conté una varietat d'aplicacions per a l'alineació de seqüències, la cerca ràpida en bases de dades o la identificació de motius proteïcs (incloent l'anàlisi de dominis), entre d'altres. Les biblioteques de què consta, AJAX i NUCLEUS, es troben publicades sota la llicència LGPL, mentre que totes les aplicacions ho estan sota la llicència pública general GNU.
Aplicacions disponibles d'EMBOSS GrupDescripcióAcd Utilitats per a arxius Acd Alignment consensus Obté seqüències consensAlignment differences Troba diferències entre seqüènciesAlignment dot plots Comparacions de seqüències tipus dot blotAlignment global Alineament de seqüències globalAlignment local Alineament de seqüències localAlignment multiple Alineament de seqüències múltipleDisplay Mostra seqüènciesEdit Edita seqüènciesEnzyme kinetics Calcula paràmetres de cinètica enzimàticaFeature tables Eines d'anotacióHMM Anàlisi de model ocult de MárkovInformation Ajuda general i informacióMenus Interfície de menúsNucleic 2d structure Estructura secundària d'àcids nucleicsNucleic codon usage Ús de codonsNucleic composition Composició de nucleòtids d'un àcid nucleicNucleic CpG islands Detecció d'illes CpgNucleic gene finding Predicció de gens Nucleic motifs Cerca de motius en àcids nucleicsNucleic mutation Mutació d'àcids nucleicsNucleic primers Predicció d'encebadorsNucleic profiles Generació de perfils d'àcids nucleicsNucleic repeats Detecció de repeticions en àcids nucleicsNucleic restriction Anàlisi de restriccióNucleic RNA folding Anàlisi del plegament d'ARNNucleic transcription Predicció de promotors, terminadores i factors de transcripcióNucleic translation Traducció de seqüènciesPhylogeny consensus Mètodes de filogènia per consensPhylogeny continuous characters Mètodes de filogènia per caràcter continuPhylogeny discrete characters Mètodes de filogènia per caràcter discretPhylogeny distance matrix Mètodes de filogènia per distànciaPhylogeny gene frequencies Mètodes de filogènia per freqüència gènicaPhylogeny molecular sequence Anàlisi de seqüències i filogèniaPhylogeny tree drawing Dibuix d'arbres filogenèticsProtein 2d structure Estructura secundària de les proteïnesProtein 3d structure Estructura terciària de les proteïnesProtein composition Composició de seqüències proteiquesProtein motifs Cerca de motius proteicsProtein mutation Mutació de proteïnesProtein profiles Cerca en perfils de proteïnesTest Eines de prova, no per a ús generalUtils database creation Instal·lació de bases de dadesUtils database indexing Indexat de bases de dadesUtils misc Utilitats vàries
Referències
Vegeu també Alineament de seqüències
Enllaços externs Lloc web d'EMBOSS Lloc web d'EMBnet EMBOSS explorer - entorn web per a EMBOSS
EMBOSS