El sultanat d'Anjuan fou un estat sobirà de l'oceà Índic en el que avui dia són les illes Comores, que va existir entre vers el 1500 i 1891. De 1843 a 1896 va estar sota semiprotectorat de França i des de 1896/1897 sota protectorat formal francès.
Història Fundació i primers sultans Al , Sima i Domoni eren establiments de l'illa que ocupaven una superfície reduïda (Sima unes 11 hectàrees i Domoni no se sap però segurament una mesura similar). Domoni, que gaudia d'un petit port protegit i una platja, va arribar a dominar políticament després d'un enfrontament amb Sima, del que informen diverses tradicions orals. Amb el domini de Domoni es va iniciar el sultanat que es va caracteritzar per les institucions polítiques centralitzades, una creixent jerarquia social i el desenvolupament de la ramaderia, que es va convertir en la principal font econòmica. A Mayotte, a la ciutat de Tsingoni, es va crear una mesquita en estil proper al de Domoni, la qual està datada el 1538 (la capital de Mayotte a Tsingoni s'hi mantindrà fins al final del ).
La mesquita de Domoni és considerada shirazi. El nom de shirazi es refereix en les fonts orals (i després a les escrites) de la costa swahili, les Comores i Madagascar, als musulmans suposadament procedents en un temps llunyà (abans del ) de l'exterior, en general de Pèrsia (de Siraz a Fars), establint-se a l'Àfrica oriental. Aquesta identitat reclamada pels que arribaven els va permetre legitimar posicions de domini social. Les tradicions de l'illa d'Anjuan esmenten dos episodis de l'arribada dels musulmans anomenats shirazis, que haurien precedit als Bā'Alawī. La primera presenta Husayn ben Ali al-Farsi, líder a Anjuan antigament, i la segona, a Muhammad ben Isa Al-Shirazi, que havia fugit del Benadir Somali on va regnar durant un temps per marxar a principis del a Anjuan. Ell mateix, o el seu fill Hassan, hauria fundat la dinastia d'Al-Maduwa, inicialment a Sima, per a continuació, moure la seva capital a Domoni (el sultà Hassani el Shirazi Madoua o Hassan Maduwa és considerat el fundador del sultanat). Després un xerif del llinatge al-Ahdal, resident a Pate, hauria estat cridat a Anjuan al pel sultà al-Maduwa per casar-se amb la seva filla. llavors hauria regnat el fill del matrimoni (que junt a un besnet a la fi del , foren els dos únics Al-Ahdal que van regnar) de nom Mohamed ben Hassan.
El 1598, una neta d'Hassani al-Shirazi, Halima Djoumbé I, va regnar a Anjuan almenys fins al 1615 i la va seguir el seu fill Sultan Maouana Idarous, seguint altre cop una princesa, Manaou Idarous, que regnava el 1645; es va casar amb Alaoui al Masela (o al-Masila), provocant un canvi de dinastia. Després d'al-Masila va regnar la seva filla Halima Djumbe II (1693) que es va casar amb Abu Bakr ben Salim, provocant un nou canvi de dinastia però sempre branques del llinatge Bā'Alawī per línia femenina.
Després del seu fill, Sultan Salim (vers 1711-1741) la seva neta Djumbe va rebre el tron; es va casar amb el seu cosí, Ahmed Said, qui també era descendent de Hassani al-Shirazi, que va prendre el títol de sultà. El seu llarg regnat es va veure ennuvolat més tard per les revoltes camperoles contra l'impost i contra els privilegis de la gent de les ciutats. Després d'haver tingut la idea desafortunada, de sufocar la revolta emprant guerrers sakalaves de Madagascar, aquests es tornaran contra ell; Domoni fou assetjada i conquerida i el vell Sultà Ahmed Said va abdicar (1792) i el seu successor Abdallah I Mougne Fani, besnet del sultà Manaou Idarous, va decidir el trasllat de la capital a Mutsamudu. Així el 1792 van quedar unides la capitalitat administrativa i l'econòmica.
Els fundadors al-Maduwa i els llinatges xerifians mai van deixar d'aliar-se per matrimoni i disputar-se el poder: vinculats per una relació estreta, regnaren de forma contínua al seu torn respectiu, d'acord amb la lògica de llinatge. Durant segles Anjuan va estar sota l'autoritat i les lleis d'un sobirà que pertanyia a una o altre branca d'una mateixa família, els descendents d'al-Hassani al-Shirazi Madoua (Maduwa).
Com que la llei sàlica no s'aplicava, el poder va anar a mans sovint dels descendents d'Hassani al-Shirazi. Per matrimoni amb alguns prínceps a vegades estranys a la descendència d'Hassani al-Shirazi, les princeses van iniciar "dinasties" que ja no portaven el nom d'al-Maduwa (El-Masela o Masila i Aboubakar ben Salim), però els membres en línia directa descendien sempre per les dones del primer sultà de la dinastia. El sobirà estava assistit per un Gran Consell, el Mandjelissa, que reunia els grans notables de l'illa, i pel seu paper en la successió feia del sultanat una monarquia electiva, almenys entre els descendents de Hassani al-Shirazi. El Mandjelissa havia de conèixer sobre importants qüestions polítiques, inclosa la fixació d'impostos; també de les relacions amb els països estrangers. Els procediments administratius foren descrits pel tinent del vaixell Frappaz el 1820: "El Sultà, altament respectat, és la primera persona de l'estat. No té un poder absolut, i no pot fer res sense el consell d'una assemblea permanent composta pels principals dirigents de l'illa. No obstant això, té el dret de gràcia als condemnats, i cap execució no pot fer-se sense haver col·locat a la sentència el segell del sultà. També presideix els tribunals i és accessible al més petit dels seus súbdits". Reconeixent la realitat de l'estat d'Anjuan i l'autoritat del sultà, anglesos i francesos van intentar tractar amb ell els segles i . Però el govern d'Anjuan, que es malfiava, va evitar sempre quedar vinculat per qualsevol document.
Viatges dels europeus Les dues principals ciutats de l'illa, Domoni i Mutsamudu, compartien funcions administratives; Domoni era la capital "administrativa", seu del sultanat i Mutsamudu la seu del Mandjelissa; Mutsamudu estava sota l'autoritat d'un governador o visir i tenia un paper del capital econòmica i per les relacions exteriors durant les escales de vaixells europeus en la ruta a l'Índia. Es pot afirmar que a finals del , i a diferència de les illes veïnes, Anjuan probablement formava ja feia molt de temps, un verdader estat i no un cacicat del tipus africà; era un regne amb un sobirà, flanquejat per un govern l'autoritat del qual s'estenia a la totalitat de l'illa, un exèrcit i un tresor alimentat per recursos ordinaris ".John Martin, Quatre îles entre pirates et planteurs, T 1, pàgs 51-52 ..
Els europeus, els testimonis dels quals són les principals fonts, descriuen per primera vegada les activitats dels intermediaris en el comerç a Anjuan. John Ovington va observar en 1690 l'estreta relació entre Anjuan i Pate: "La gent d'aquesta illa van a comerciar a Patta (Pate) a la costa oriental d'Àfrica, on porten arròs. "El més visible és la tracta d'esclaus, en la qual la gent de l'arxipèlag de Lamu i les Comores són actius. Pieter van der Broecke va notar el 1614 com feien viatges entre l'illa i Madagascar, on compraven arròs i mill, ambre gris i esclaus, i després anaven a la mar Roja, on ho intercanviaven amb teles índies i opi. Enllaços directes existien entre Anjuan i Hadramaut, en particular en el context del tràfic d'esclaus. Eren especialment visibles els moviments dels vaixells en els ports d'Aràbia del Sud identificats a principis del pels funcionaris de la Companyia Holandesa de les Índies Orientals i compilats per G. C. Brouwer. Thomas Vernet també va informar sobre la sorpresa de Sir Thomas Roe, quan es va creuar a Anjuan amb el pilot musulmà d'un vaixell de comerç d'esclaus de Madagascar, que tenia una carta bastant elaborada i era expert en el viatge de Mogadiscio, on va néixer, i Cambay. D'altra banda, des del començament del , els cargols de mar eren capturats a Anjuan i exportats per naus procedents de l'Índia. Per tant, l'illa tenia un lloc en aquest comerç que es va desenvolupar a la costa swahili cap a la meitat del segle, principalment l'arxipèlag Lamu. Els europeus, la presència dels quals aniria ampliant les xarxes de persones de Mutsamudu enfocada a la demanda de productes agrícoles locals, van forçar a organitzar millor aquest producció.
Els europeus buscaven sobretot queviures, cosa que va motivar les seves primeres parades a les Comores. El 1607, un vaixell va comprar a Anjuan 366 bovins i 276 cabres; una altra el 1617, va comprar 130 bous (100 dels quals els van haver d'esperar uns dies, ja que es van haver de portar d'altres illes); un tercer vaixell, el 1634, va comprar 79 bovins i 27 caprins. A canvi, el ferro era la primera gran demanda dels habitants de les Comores i, per a qualsevol objecte de ferro, incloent les campanes petites que el capità Bonnel va intercanviar el 1618, oferien cabres, bous i (probablement a Moheli) closques de tortuga. El 1673, John Fryer admirava "la forma en què transformaven el ferro vell (cosa molt buscada) en ganivets i eines afilades com fulles d'afaitar.
El paper dels comerciants locals encara sembla limitat a la fi del i principis del , ja que eren pocs i probablement compartien els costos i els beneficis amb els seus associats d'Hadramaut i Oman. John Pike, sobrecàrrec de la nau Rochester, no va veure a Anjuan el 1704 més que cinc grans vaixells pertanyents a insulars, dos al "governador" (segurament el sultà) i 3 al capita "Boomadey". D'altra banda, els viatgers africans orientals (o de les altres illes Comores) que anaven a Aràbia i l'Índia no eren només comerciants: hi va haver entre ells emissaris polítics, pelegrins i estudiants religiosos.
Juntament amb el comerç a llarga distància, hi ha episodis cíclics de venda de captius de guerra o altres presoners. El 1783, el sultà d'Anjuan i el seu consell, mancats de braços per a la propera collita, van atacar Mayotte sota un pretext polític: presoners convertits en esclaus es van repartir entre els poderosos que els explotaven o els venien. Els mahoraisnaturals de Mayotte mateixos havien venut el 1710 a comerciants musulmans ("àrabs") alguns navegants europeus que havien capturat.
Primer van ser les parades freqüents de vaixells europeus a Mutsamudu des del . Les naus compraven menjar, el sultà i el seu visir van tractar de proporcionar-los el millor. Només pels francesos al , es compten almenys cinquanta vaixells que van estar amarrats a Mutsamudu; però hi havia també vaixells anglesos, portuguesos, holandesos, i més tard nord-americans. La parada d'Anjuan era molt popular entre els europeus, la qualitat de les possibilitats de recepció i el subministrament que oferia l'illa que s'endevinava pròspera.
En el , les exaccions dels pirates francesos (Surcouf, Lablache) foren una oportunitat per a l'intercanvi de correus entre el sultà d'Anjuan i els governadors successius a Port Louis a l'Illa de França (Maurici) amb compensacions proporcionades al sultà a títol de reparació. En 1802, després del bombardeig del carrer Saint-Nicaise, França va demanar al sultà Abdallah II de rebre trenta-dos dels anomenats deportats "jacobins", entre els quals hi havia el general Rossignol; el sultà va acceptar fàcilment, ja que el capità Lafitte, "enviat especial del governador de l'Illa de França al sultà d'Anjuan" li va portar tres canons, armes de foc i diversos regals.
El darrer segle dels sultans A Abdallah I Mougne Fani (1792-1803) el va reemplaçar un descendent de la branca major de la família de Hassani al-Shirazi Madoua, Alaoui I (1803-1821), que Abdallah I havia tingut com el seu visir. El seu fill Abdallah II (1821-1836) el va succeir . Hospitalari, com són tradicionalment els anjuanesos, Abdallah II es va complicar la vida acceptant donar refugi a prínceps malgaixos expulsats de Madagascar.