miniatura|Pla de la Ciutat de Quito al 1734, feta per Dionisio de Alcedo i Herrera miniatura|Paisatge que recrea la fauna i la flora domèstica del Corregiment de Quito; publicat en l'Obra Relación Histórica del Viatge a l'América Meridional, de Jordi Joan i Antonio de Ulloa durant la realització de la Missió Geodèsica Francesa en la Reial Audiència de Quito en 1735
La història de Quito es remunta als primers habitants que van poblar les regions orientals del districte al voltant de l'any 1030 aC, en el sector de l'Inca. Si bé existeixen restes arqueològiques que demostren que la ciutat va estar poblada durant segles, es desconeix el moment exacte de la seva fundació.
Més endavant, amb l'arribada dels inques, Quito es convertiria en una ciutat important de la zona nord del Tahuantinsuyo i després de la destrucció de Tomebamba es va transformar a la segona capital d'imperi Inca. El 6 de desembre de 1534 la ciutat seria conquistada pels espanyols i és, a partir d'aquesta data, que es considera la seva fundació. Durant la colònia seria el centre polític de l'actual Equador, la segona ciutat a ser fundada en territori equatorià i des d'aquella època la capital i principal centre de la nació.
Època prehispànica Període Paleoindígena Les recerques arqueològiques assenyalen que al peu del turó Ilaló es va trobar el primer assentament humà dels Andes centre-nord de l'Equador. En la dècada dels 60 les excavacions van oferir 80.000 artefactes lítics, la majoria d'ells d'obsidiana, la qual cosa revela que aquesta matèria primera va ser altament demandada en els primers mil·lennis d'adaptació de l'home a les valls i erms andins. En gran part són eines per tallar, raspar, perforar i puntes de fletxa. L'utillatge lític de l'home primerenc del Ilaló ens suggereix que vivia de la cacera i la recol·lecció. A la Serralada Oriental, en els erms de l'Antisana, en els sectors de Mullumica i Quiscatola, s'han identificat evidències d'ocupació humana en època primerenca. Es dedueix que els caçadors de la vall pujaven als jaciments d'obsidiana, la qual cosa els obligava a ocupar coves i abrics rocosos de l'erm. L'Inga pertany al període paleolític o paleoindi que correspon a l'estadi cultural de caça, pesca i recol·lecció. Els estudis de Robert Bell van determinar una antiguitat de 7080 aC.; posteriors recerques segons les datacions obtingudes per hidratació d'obsidiana ens donen 10300 aC.
Període Formatiu El jaciment arqueològic denominat Cotocollao, localitzat a l'actual barri del mateix nom, va ser descobert pel Pare Porras de la Universitat Catòlica l'any 1973. Després d'un estudi sistematitzat, Cotocollao resulta ser fins avui l'assentament millor conegut del període formatiu de la serra, el més àmpliament estudiat i amb dades de cronologia bastant segurs. La subsistència estava assegurada pel cultiu del blat de moro, a part d'altres productes com la quinoa, la carabassa, entre d'altres, aquesta dieta la va complementar amb la cacera, sent molt important la presència del cérvol, el conill, i els camèlids. Altres costums ben registrats en el lloc de Cotocollao es relacionen amb la vida cerimonial i funerària. El material ceràmic de Cotocollao té una afinitat quan parlem d'estils i de decoracions amb les cultures formatives de la Costa. Aquesta civilització va desaparèixer a causa de les erupcions del volcà Pululaua.
Desenvolupament Regional i Integració El FONSAL (Fons de Salvament) i el Banc Central de l'Equador han dut a terme diversos projectes de recerca que han produït troballes importants. Pel que sembla, el lloc de Quito, Quitwa o Kitu ha estat habitat al llarg de mil·lennis, no obstant això no ha existit un poblament continu, per això és difícil donar continuïtat al panorama històric de la ciutat.
El parc arqueològic i ecològic Rumipamba es troba localitzat en el sector nord-occidental de la ciutat de Quito, entre les avingudes Occidental, Amèrica i Mariana de Jesús. Cobreix una àrea de 32 hectàrees en les quals s'ha descobert, a partir de l'any 2001, una gran quantitat de restes aborígens del període prehispànic, especialment aquelles de caràcter arquitectònic. Aquest lloc està travessat per un barranc de nom homònim, que s'origina en els flancs occidentals del volcà Pichincha.
Rumipamba és un emplaçament els vestigis del qual corresponen a diversos períodes arqueològics molt primerencs: el "Formatiu Tardà" (1500 aC a 500 aC) per l'evidència de restes ceràmiques d'aquesta filiació. El denominat de “Desenvolupament Regional” (500 aC a 500 D.C) caracteritzat per la presència de tombes i associat a fragments de plats trípodes perforats. L'evidència del període d'Integració (500 dC a 1500 dC) està composta per restes de llogarets els habitatges dels quals han estat construïts en fang amb sostrada de palla i envoltats per murs de pedra. D'aquest període hi ha evidència de tombes poc profundes, situades molt prop de les estructures habitacionals, amb aixovars ceràmics que ens diuen dels seus costums funeraris. La ceràmica que més abunda en aquest lloc correspon al període d'integració.
Atuells amb engalba vermell polit simple amb escassa decoració. Associades a aquestes s'han trobat atuells tipus “pela d'ou”, de filiació amb la cultura Panzaleo. Les datacions obtingudes situen l'ocupació tardana entre l'any 600 i el 900 dC Segurament, l'ocupació d'aquest lloc no va ser contínua. S'hauria interromput per les erupcions volcàniques, especialment les del Pululahua i les del Guagua Pichincha, que van destruir diversos habitatges del lloc. L'alta densitat de pedres va facilitar l'elaboració d'instruments: burins, martells, pulidores. L'abundant presència de metalls evidencia una dieta basada en la preparació de grans.
Regne de Quito Un dels capítols més polèmics en la història de la capital és el relacionat amb el Regne de Quito, esmentat pel pare jesuïta Juan de Velasco en la seva Història publicada al , on es parla d'un regne mític conformat per les ètnies Quitu i Cares. Si bé les actuals evidències arqueològiques ens ajuden a entendre que un regne de les característiques que descriu l'historiador no van ser possibles, si sabem que una important confederació com els Kitus es van assentar en els vessants del Pichincha i van habitar la zona a l'arribada dels inques.
Imperi Inca Per als inques, aquesta regió sembla haver tingut una importància des del punt de vista sagrat. La geografia de la ciutat era diferent a l'actual. Les investigacions ens revelen que gran part de la zona que avui ocupa el centre històric va ser ocupada en el temps dels inques. Cap al nord es trobava la llacuna d'Iñaquito i cap al sud la llacuna de Turubamba. De la muntanya sagrada descendien nombrosos barrancs, molts dels quals alimentaven a la població amb les seves fonts i gorgeres. Dins de la cosmovisió inca, el jaguar tenia un paper protagonista per ser considerat com l'animal més fort i per això se'l va associar amb el foc i la força.
Les recerques revelen que gran part de la zona on avui es troba el Centre Històric va ser ocupada en temps dels inques. La forma de la ciutat s'assemblava a un jaguar, símbol sagrat per a aquell poble, raó per la qual la majoria de ciutats inques tenien la forma del felí. Els límits de la ciutat incaica de sud a nord eren: el turó del Yavirak o Shungu Lloma (avui Panecillo), on es trobava el temple del sol, fins al turó del Huanakauri (avui el barri de San Juan) on estava el temple de la lluna. D'est a oest s'estenia entre el Pichincha i el turó de l'Itchimbía. Sota l'actual convent franciscà es trobava el palau de Huayna Cápac i a la Plaça Gran, el palau d'Atahualpa. El Aclla Huasi o "temple de les escollides", situat avui en l'actual Convent de Santa Catalina.
La conquesta inca d'aquesta regió va ser iniciada per Túpac Inca Yupanqui, fill de Pachacútec, el fundador de l'Imperi Incaic. I va ser Huayna Capac, fill del primer, el primer inca que va establir la seva residència en terres de Tomebamba, l'actual ciutat de Conca.
Fundació i assentament definitiu de San Francisco de Quito A causa de la ràpida arribada de Pedro de Alvarado a la regió per Badia de Caráquez i Portoviejo, i per evitar majors contratemps, el 15 d'agost de 1534, Diego de Almagro, urgit pel temps, va fundar la ciutat de Santiago del Quito en les planícies de Riobamba. D'aquesta manera, va prendre possessió de les terres per a la jurisdicció de Francisco Pizarro. Aquesta actitud va complicar les ambicions d'Alvarado, qui obligatòriament va haver de pactar amb els seus compatriotes. Dies després, en el mateix lloc que Diego de Almagro va fundar la ciutat de Santiago de Quito, el 28 d'agost de 1534, va ocórrer el que diversos historiadors anomenen la fundació a distància de San Francisco de Quito. La cerimònia va incloure la formació de l'ajuntament o cabildo colonial de la nova Vila, amb la juramentació legal de dos alcaldes i vuit regidors. A l'escribà Gonzalo Díaz li va correspondre donar fe de l'acte executat. El document deia el següent:
Després de tres mesos i dies de cerimonia, que va estar a càrrec de Don Diego de Almagro, en els voltants de Riobamba, el Tinent de Governador Don Sebastián de Belalcázar va confirmar i va executar la fundació de San Francisco de Quito sobre les ruïnes que va deixar Rumiñahui. Allò va ser el diumenge 6 de desembre de 1534.
En practicar-se l'acte es va ratificar a les autoritats del nou cabildo, composta de regidors i alcaldes que ja s'havien agrupat a l'agost, d'igual manera es van realitzar altres requisits legals com el traç de la nova ciutat. Per això insisteixen els estudiosos, que de forma indiscutible Don Sebastián Moyano de Benalcázar, anomenat Sebastián de Benalcázar, va ser l'autèntic executor i instal·lador de la Vila de San Francisco de Quito i el seu episodi va consistir en un inqüestionable assentament. Però la historiografia equatoriana pel costum de cert historiadors, l'ha considerat fundador de la ciutat de Quito.
Desitjós que la seva feina no s'interrompés, Sebastián de Belalcázar va supervisar el treball del nou cabildo, corporació que va fer l'empadronament dels veïns de la Vila i el traç de la mateixa. També va vigilar la construcció del temple provisional, el repartiment de solars i altres tasques que van assegurar el naixement de la vila, que acabaria sent la florent ciutat cabdal i seu politico-administrativa de la Reial Audiència de Quito. Documents asseguren que els primers veïns de la Vila de San Francisco de Quito van sumar 205, incloent a les autoritats, el mateix Sebastián de Benalcázar i dos esclaus negres. Juan de Ampudia i Diego de Tàpia van ser els primers alcaldes; mentre que Pedro de Puelles, Pedro de Añasco, Rodrigo Núñez, Juan de Padilla, Alonso Hernández, Diego Martín de Utreras, Juan de Espinosa i Melchor de Valdés van treballar com a regidors.
Així es registra el contingut de la primera acta del Cabildo Colonial de Quito: L'ajuntament de la Vila de San Francisco de Quito va efectuar l'empadronament dels veïns i va ordenar a l'arquitecte que fes el traç de la ciutat. Aquest funcionari va demarcar els carrers amb cordill, al voltant de la plaça pública que ara és on es troba la Plaça de la Independència, i el 20 de desembre de 1534 es van repartir els solars perquè els veïns iniciessin la construcció dels seus habitatges i cases. Així mateix, l'inaugurat ajuntament de Quito va acordar que es construís un temple provisional i que als afores de la ciutat existeixi el gran i comú espai denominat Ejido. Cada veí va rebre una extensió important de terreny per a la seva estada.
Colonització espanyola (1534-1808) esquerra|miniatura|Panorama general de la Ciutat de Quito i els seus voltants cap el 1735 on hi havia l'Ajuntament i la Reial Audiència subjectes a la seva autonomia política, social, tributaria i judicial, segons Jorge Juan i Antonio de Ulloa