miniatura|Jean-François Champollion el 1823, amb la llista de signes fonètics jeroglífics. Retrat de Victorine-Angélique-Amélie Rumilly. Els sistemes d'escriptura utilitzats a l'antic Egipte foren desxifrats a principis del gràcies al treball de diversos acadèmics europeus, especialment Jean-François Champollion i Thomas Young. Als segles  i , les formes d'escriptura de l'antic Egipte –que comprenen el sistema jeroglífic, hieràtic i demòtic– cessaren de ser compreses, i en el seu lloc l'alfabet copte s'utilitzava cada cop més. El coneixement de generacions posteriors dels sistemes d'escriptura antics es basava en l'obra dels autors grecs i romans, que en tenien un coneixement pobre; es creia, com a conseqüència, que els textos egipcis eren exclusivament ideogràfics –és a dir, que representaven idees i no pas sons– i fins i tot que els jeroglífics eren un sistema d'escriptura esotèric i místic més que no pas una manera de representar una llengua parlada. Certs intents de desxifrar els textos per part d'acadèmics islàmics i europeus durant les edats mitjana i moderna reconegueren que el sistema d'escriptura egipci podia tenir un component fonètic, però la percepció que els jeroglífics eren solament ideogrames obstaculitzaren els esforços per a comprendre'ls fins ben bé a finals del .

La pedra de Rosetta, descoberta el 1799 per membres de la campanya de Napoleó Bonaparte a Egipte, contenia un corpus paral·lel en jeroglífic, demòtic i grec. Es tenia l'esperança que el text egipci podria ser desxifrat per mitjà de la seva traducció grega, especialment en combinació amb els indicis de l'idioma copte, l'última etapa de l'idioma egipci. El desxiframent es demostrà complicat, malgrat el progrés vacil·lant dut a terme per Antoine-Isaac Silvestre de Sacy i Johan David Åkerblad. Young, basant-se en el treball d'aquests, observà que els caràcters demòtics derivaven de jeroglífics i identificà força dels signes fonètics del demòtic. També identificà el significat de molts jeroglífics, entre els quals glifs fonètics en un cartutx que contenia el nom d'un rei egipci d'origen estranger, Ptolemeu V. Estava convençut, tanmateix, que els jeroglífics fonètics només s'utilitzaven en l'escriptura de paraules no egípcies. A primeries de la dècada de 1820, Champollion comparà el cartutx de Ptolemeu amb altres cartutxos i s'adonà que el sistema jeroglífic era una barreja d'elements fonètics i ideogràfics. Els seus arguments foren rebuts inicialment amb escepticisme i amb acusacions que havia robat idees a Young sense atribuir-les-hi, però gradualment guanyaren acceptació. Champollion avançà i pogué identificar més o menys els significats de la majoria de jeroglífics fonètics i establir bona part de la gramàtica i vocabulari de l'antic egipci. Young, mentrestant, desxifrà en gran manera el demòtic utilitzant la pedra de Rosetta en combinació amb altres corpus paral·lels grecs i demòtics.

Els esforços per al desxiframent decaigueren després de les morts de Young el 1829 i de Champollion el 1831. El 1837, però, Karl Richard Lepsius assenyalà que molts jeroglífics representaven combinacions de dos o tres sons i no pas d'un de sol: corregí així un dels defectes més fonamentals del treball de Champollion. Altres acadèmics, com Emmanuel de Rougé, refinaren prou la comprensió de l'egipci com perquè a la dècada de 1850 ja fos possible traduir completament textos egipcis antics. Juntament amb el desxiframent del cuneïforme aproximadament al mateix moment, la seva obra feu accessibles textos de les primeres etapes de la història humana anteriorment incomprensibles.

Els sistemes d'escriptura egipcis i la seva extinció miniatura|Taula que mostra l'evolució dels signes jeroglífics (a l'esquerra) a través de diferents etapes del hieràtic fins al demòtic (a la dreta). Durant la major part de la seva existència, l'antic Egipte tingué dos sistemes principals d'escriptura. El jeroglífic, sistema de signes pictòrics utilitzat principalment per textos formals, s'originà als voltants de l'any 3200 aC. El hieràtic, un sistema en cursiva derivat del jeroglífic utilitzat principalment per escriure sobre papir, era gairebé igual d'antic. A principis del segle XVII aC, un tercer sistema emergí derivat del hieràtic, el que es coneix actualment com a demòtic. Era tan diferent del seu ancestre jeroglífic que la relació entre els signes és difícil de reconèixer. El demòtic esdevingué el sistema més comú d'escriptura de la llengua egípcia i el jeroglífic i el hieràtic quedaren reduïts a usos religiosos. Al , la dinastia Ptolemaica grega començà a regnar Egipte, i el grec i el demòtic hi foren utilitzats en paral·lel durant el seu regnat i posteriorment durant el de l'Imperi Romà. Els jeroglífics esdevingueren cada cop un sistema més obscur utilitzat gairebé només per sacerdots egipcis.

Tots tres sistemes d'escriptura contenien una barreja de signes fonètics –que representen sons en el llenguatge parlat– i signes ideogràfics –que representen idees. Els signes fonètics comprenien signes unilaterals, bilaterals i trilaterals que corresponien respectivament a un, dos o tres sons. Els signes ideogràfics incloïen logogrames, que representaven paraules senceres, i determinatius, que s'utilitzaven per especificar el significat d'una paraula escrita amb signes fonètics.

Molts autors grecs i romans dissertaren sobre aquests sistemes d'escriptura, i la majoria eren conscients que els egipcis en tenien dos o tres; cap d'aquestes obres que han perviscut en el temps, però, comprengué completament com funcionaven. Diodor de Sicília, el primer segle aC, descrigué explícitament els jeroglífics com un sistema d'escriptura ideogràfic, i la major part d'autors clàssics compartiren aquesta assumpció. Plutarc, al segle I dC, feu referència a 25 cartes egípcies, la qual cosa suggereix que podria haver estat al cas de l'aspecte fonètic del jeroglífic o del demòtic; malgrat tot, no queda clar el significat de l'autor. Al voltant del 200 dC, Climent d'Alexandria insinuà que alguns signes eren fonètics, però es concentrà en els seus significats metafòrics. Plotí, al , afirmà que els jeroglífics no representaven paraules, sinó que eren una percepció fonamental, d'inspiració divina, de la naturalesa dels objectes que representaven. El segle següent, Ammià Marcel·lí copià la traducció d'un altre autor d'un text jeroglífic en un obelisc, però la traducció era massa imprecisa per a ser útil per entendre els principis del sistema d'escriptura. L'única discussió extensa sobre els jeroglífics que ha perviscut fins als temps moderns fou Hieroglyphica, una obra escrita probablement el atribuïda a un home anomenat Horapol·lo que tracta els significats dels jeroglífics individuals, malgrat que no analitza com aquests signes eren utilitzats per formar frases. Alguns dels significats que descriu són correctes però d'altres no, i tots són explicats erròniament com a al·legories. Per exemple, Horapol·lo afirma que una imatge d'una oca significa «fill» perquè es diu que les oques estimen els seus fills més que no pas cap altre animal; la realitat és, però, que els egipcis utilitzaven el jeroglífic d'una oca perquè les paraules egípcies per a «oca» i «fill» contenien les mateixes consonants.

Tant el jeroglífic com el demòtic començaren a desaparèixer al . Moriren els sacerdocis centrats en temples i amb el declivi de la religió de l'antic Egipte, el territori fou progressivament convertit al cristianisme; com que els cristians egipcis escrivien en l'alfabet copte, derivat del grec, aquest acabà per suplantar el demòtic. L'últim text jeroglífic, la inscripció d'Esmet-Akhom, fou escrita per sacerdots al temple d'Isis a Files el 394 dC, i l'últim text demòtic també hi fou inscrit el 452 dC. Gran part de la història del primer mil·lenni aC fou enregistrada en escriptures egípcies o en cuneïforme, el sistema d'escriptura de Mesopotàmia. Amb la pèrdua del coneixement d'aquests dos sistemes, els únics registres del passat distant provenien de fonts limitades i distorsionades. L'exemple egipci més important d'una font d'aquest tipus fou Història d'Egipte (Aegyptiaka), una història del país escrita per un sacerdot egipci anomenat Manetó al . El text original es perdé i només pervisqué en resums i citacions d'autors romans.

La majoria d'egipcis continuaren parlant copte, l'última forma de la llengua egípcia, fins força després de la conquesta musulmana d'Egipte el 642 dC, malgrat que perdé gradualment terreny davant de l'àrab. El copte començà a morir cap al , i a partir d'aquest moment sobrevisqué principalment com a llengua litúrgica de l'església copta.

Primers intents de desxiframent Món islàmic medieval miniatura|L'intent de traducció dels jeroglífics per part d'Ibn Wahxiyya Els erudits àrabs estaven al cas de la connexió entre el copte i l'antiga llengua egípcia, i fins i tot es creia que els monjos coptes durant els temps islàmics entenien les escriptures antigues. Es diu que molts erudits àrabs dels segles VII al XIV, entre els quals Jàbir ibn Hayyan i Ayub ibn Maslama, haurien estat capaços d'entendre els jeroglífics, encara que aquesta afirmació no pot ser provada perquè les seves obres relatives a aquest tema no han perviscut. Dhu-n-Nun al-Misrí, al , i Ibn Wahxiyya, al , escrigueren tractats que contenien dotzenes d'escriptures conegudes al món islàmic, entre les quals hi havia jeroglífics i taules que n'explicaven els significats. A cavall del i el , Abu-l-Qàssim al-Iraqí copià un antic text egipci i assignà valors fonètics a molts jeroglífics.

L'egiptòleg Okasha El-Daly argumentà que les taules de jeroglífics de les obres d'Ibn Wahxiyya i d'Abu-l-Qàssim identificaren correctament el significat de molts dels signes. Altres investigadors, però, s'han mostrat escèptics pel que fa a les afirmacions d'Ibn Wahxiyya segons les quals entenia els textos. Tara Stephan, una investigadora del món islàmic medieval, diu que El-Daly «sobreemfatitza enormement la precisió d'Ibn Wahxiyya». Ibn Wahxiyya i Abu-l-Qàssim reconegueren que els jeroglífics podien funcionar tant fonèticament com simbòlicament, cosa que no fou descoberta a Europa fins segles més tard.

Segles XV–XVII miniatura|Una pàgina de l'Obeliscus Pamphilius d'Athanasius Kircher's (1650), amb traduccions fantasioses de les figures i jeroglífics d'un obelisc de Roma Durant el Renaixement els europeus s'interessaren pels jeroglífics, particularment als voltants del 1422 quan Cristòfor Buondelmonti descobrí una còpia del Hieroglyphica d'Horapol·lo a Grècia i la mostrà a antiquaris com Niccolò de' Niccoli i Poggio Bracciolini. Poggio reconegué que hi havia textos jeroglífics en obeliscs i altres artefactes egipcis importats a Europa durant els temps romans, però els antiquaris mai intentaren desxifrar aquests textos. Influenciats per Horapol·lo i Plotí, veien els jeroglífics com una forma de comunicació universal basada en imatges, i no pas com un mitjà per plasmar una llengua parlada. A partir d'aquesta creença emergí la tradició artística renaixentista d'utilitzar un simbolisme obscur basat vagament en l'imaginari descrit per Horapol·lo, tradició de la qual fou pioner Francesco Colonna amb el seu llibre de 1499 Hypnerotomachia Poliphili.

Els europeus també desconeixien l'existència del copte. Els acadèmics de vegades obtenien manuscrits coptes, però en el segle XVI –quan començaren a estudiar seriosament l'idioma– la capacitat de llegir-lo segurament es limitava a monjos coptes, i cap europeu de l'època tingué l'oportunitat d'aprendre'n, ja que no viatjaven fora d'Egipte. Els acadèmics tampoc estaven segurs de si el copte era un descendent de la llengua dels antics egipcis: en comptes d'això, molts creien que tenia relació amb altres llengües de l'Antic Orient Pròxim.