thumb|Českobudějovické náměstí Přemysla Otakara II. v centru městaDějiny města České Budějovice mají počátek ve 13. století, kdy město v roce 1265 založil král Přemysl Otakar II. Území, kde město bylo založeno, však bylo osídleno již v pravěku a raném středověku. Archeologické nálezy v centru města dokládají osídlení v době bronzové, v době halštatské a v době laténské.
10.–12. století Archeologickým průzkumem bylo zjištěno, že na ploše u klášterního kostela (dnes Piaristické náměstí) se pohřbívalo již před založením města, počínaje mladší dobou hradištní.
13. století Před založením města stála 1,2 km severozápadně od dnešního centra osada Budivojovice (písemně doložená v roce 1251) s farním kostelem svatého Jana Křtitele a svatého Prokopa, který zde stojí dodnes. Již v roce 1259 byly písemně doloženy Stradonice (dnešní Rožnov, nejjižnější část Českých Budějovic). Město začalo vznikat v druhé polovině 13. století na pravém břehu Vltavy (oproti ostatním královským stavbám na levém břehu jako je zámek Hluboká či Zlatá Koruna) pod soutokem s Malší na bažinatých pozemcích, které Přemysl Otakar II. získal od dvorského sudího Čéče. Formálně je na jeho příkaz v roce 1265 založil zvíkovský purkrabí a úspěšný lokátor Hirzo z Klingenbergu, který pro krále pracoval i na dalších místech v kraji. Ve městě patrně krátce existoval, nebo spíše měl existovat královský hrad. Nové královské město mělo představovat doposud chybějící odpovídající základnu královské moci v jižních Čechách a být protiváhou moci Vítkovců (resp. Rožmberků). Tento svůj účel po většinu času zdatně plnilo, což bylo důvodem několikasetletého nepřátelství mezi těmito dvěma „lokálními mocnostmi“, které bylo přerušeno pouze v průběhu husitských válek, kdy je potlačil společný mocný nepřítel – husité. Současně s městem byl v 2. polovině 13. století postaven dominikánský klášter a klášterní kostel Obětování Panny Marie, jehož mohutné zdi tvořily součást opevnění města.
První velký nájezd ze strany Vítkovců zažilo město už v květnu roku 1277, kdy jej přepadli lidé Ojíře z Lomnice; k všeobecnému překvapení však navzdory nedokončeným hradbám odolalo. O dva roky později Záviš z Falkenštejna město vyplenil a pobořil, měšťané je však rychle obnovili. Nájezdy a krátkou nadvládou Rožmberků trpělo město ještě roku 1289, ale Václav II. již následující rok zjednal pořádek.
Prvním známým českobudějovickým rychtářem byl roku 1296 Klaric (Claricus), královský mincmistr a urburéř italského původu (z Florencie), který přesídlil z Kutné Hory.http://www.c-budejovice.cz/cz/mesto/o-meste/stranky/nazvy-budejovickych-ulic.aspx Názvy budějovických ulic Jeho synové Mikuláš (Nicolaus Claricz), Petr a Ondřej a pak i další Klaricové dědičně tento úřad drželi až do 15. století.http://www.cb1.cz/cb/historie Historie města
14. století Roku 1304 čelilo město útoku vojsk římského krále Albrechta Habsburského, přečkalo jej však bez úhony, okolí však lehlo popelem. Velmi silný vztah k městu měli Lucemburkové, kteří na český trůn usedli roku 1310. V březnu 1318 oblehl město Petr I. z Rožmberka v rámci své vzpoury proti Janu Lucemburskému, ale neuspěl. Král Jan Lucemburský Budějovice navštívil kromě roku 1318 také v roce 1336.Výnos ministerstva vnitra ČSR č.j. 10.454/20, Věstník ministerstva vnitra republiky československé, II. ročník, 1920
Pobyty Karla IV. Jeho syn Karel IV. si Budějovice vyloženě oblíbil a učinil z nich časté místo svých diplomatických schůzek. Pobýval zde například celý měsíc na jaře 1351 a u té příležitosti městu udělil významná privilegia (mílové právo, jarmareční právo, osvobození od mýta), která se stala základem hospodářské prosperity zdejších měšťanů v příštích několika staletích. Zajímavostí je, že během celého pobytu byl Karel ochrnutý, patrně v důsledku zranění z turnaje, a byl přenášen na nosítkách.Výnos Ministerstva kultury ČSR č.j. 7096/80 ze dne 19. 3. 1980, kterým se historické jádro města České Budějovice prohlašuje za památkovou rezervaci
Karel opět pobýval v Budějovicích v červnu roku 1361, krátce po návratu z Norimberku, kde se mu narodil syn Václav. V Budějovicích se Karel IV. sešel s Rudolfem IV. Habsburským a jeho bratry, aby spolu urovnali dlouho trvající spory. Rudolf IV. se nakonec zavázal přestat používat určitá říšská privilegia, která si nárokoval na základě svých falz privilegií, vydaných údajně samotným Caesarem a Neronem. Do Budějovic při této příležitosti zaslal listinu také moravský markrabě Jan Jindřich, který sliboval Habsburským bratrům vojenskou pomoc v případě napadení třetí stranou.
Další náštěva Karla IV. proběhla v roce 1364. Zasáhl při ní i do podoby města. Nebyl spokojen s podobou budějovického náměstí a nařídil zrušit masné i chlebné krámy. Zbourány musely být rovněž domy uprostřed náměstí a rynek nařídil král vydláždit. Celkem byl Karel ve městě šestkrát. Spolu s Pískem šlo o jediné jihočeské město, které navštěvoval.
Naposledy pobýval Karel IV. v Českých Budějovicích v květnu 1378, půl roku před svou smrtí. Doprovázel ho tehdy následník trůnu, syn Václav, pozdější král Václav IV. Roku 2009 byla v dominikánském klášteře odkryta unikátní freska, která Karla s Václavem zachycuje. Zdejších jednání se účastnil Ludvík Míšeňský, který písemně slíbil oběma Lucemburkům doživotní spojenectví, pokud mu pomohou obsadit jemu náležející pozici mohučského arcibiskupa, kterou tou dobou stále ještě protiprávně okupoval Adolf Nassavský.Spěváček 1986, s. 99
I Václav po korunovaci v Budějovicích nějaký čas pobýval, a to v létě 1394. Léčil si zde psychické šrámy způsobené nedávným zajetím vzbouřenou šlechtou. Budějovičtí tehdy projevili k Václavovi velkou loajalitu a shromáždili k jeho osvobození početné vojsko. To nakonec zasahovat nemuselo, přesto vděčný Václav zamířil ze zajetí přímo do Budějovic. Znovu v nich pobýval roku 1401.
15. století Během husitských válek stanuli Rožmberkové společně s Českými Budějovicemi na straně Zikmunda Lucemburského, což vedlo k tomu, že se obchod města přeorientoval spíše na rakouské země. Válečné štěstí bylo vrtkavé a měnilo se velice rychle – tak třeba v červnu 1420 budějovičtí spolu s Rožmberky obléhali Tábor a v září a říjnu se měšťané třásli před vojskem Jana Žižky, který na svém tažení proti Rožmberkům prošel okolo města, aniž by však na ně zaútočil. Postupem času město začalo válkou trpět a upadat – občasné vojenské úspěchy nemohly vyvážit ztráty kupců na cestách, které ve válečných časech přestaly být bezpečné. I v následných letech po husitské revoluci město trpělo neuspořádanými poměry v zemi, navíc král Ladislav Pohrobek postoupil město doživotně Jindřichu IV. z Rožmberka, což se nesetkalo s pochopením. Za vlády Jiřího z Poděbrad zachovávaly Budějovice nejdříve neutralitu, pokud šlo o spory katolické a královské strany, aby v srpnu 1468 uznaly za svého krále Matyáše Korvína, který v nich umístil silnou posádku. Prvním českými purkmistrem byl Ondřej Puklice ze Vztuh.
16.–17. století náhled|Samsonova kašna a Černá věž V roce 1514 byl na soutoku Vltavy a Malše založen Krumlovský rybník, který pak byl začátkem 19. století zrušen a částečně zavezen.
V 2. čtvrtletí 16. století zřídili Taxisové na pokyn Ferdinanda I. Habsburského poštovní spojení mezi Prahou a Lincem, které bylo vedeno přes České Budějovice. V roce 1533 je zmiňován českobudějovický poštmistr, kterým byl Paul Kaiser, majitel zájezdního hostince na Pražské ulici.
V letech 1547–1577 byla postavena Černá věž. Stavbu věže inicioval Magistr Quirinus, který byl v letech 1553–1575 v několika volebních obdobích purkmistrem.
Vpád pasovských Po z vojenského hlediska relativně klidném 16. století, během kterého došlo k mimořádnému rozkvětu města (zejména díky rozsáhlé těžbě stříbra a příjmům z vaření piva, obchodu se solí, suknem či rybničního hospodaření), Budějovice opět čelily těžkým časům. Dne 31. ledna 1611 do Českých Budějovic lstí, dnes již zbořenou Pražskou bránou, vniklo vojsko pasovského biskupa Leopolda Pasovského a přitom byl výstřelem z muškety zabit městský písař Šimon Plachý. Během vpádu Pasovských si Pasovští v Českých Budějovicích zřídili jednu ze svých základen. V noci ze 14. na 15. března 1611 bylo zde popraveno devět důstojníků pasovského vojska, kteří byli obviněni ze spojení s velitelem stavovského vojska Jindřichem Matyášem hrabětem z Thurnu.
České stavovské povstání a třicetiletá válka
V průběhu Českého stavovského povstání a třicetileté války zůstaly Budějovice věrné Habsburkům. Díky tomu byly prakticky ihned obleženy vojskem vedeným Jindřichem Matyášem hrabětem z Thurnu. Hejtman Jan Aulner z Brikensfeldu, který byl císařem jmenován velitelem českobudějovické posádky, Budějovice nevydal. Thurn pak od obléhání města upustil.
V listopadu 1618 pak přitáhla k městu císařská vojska Karla Bonaventury Buquoye. Okolo města se poté rozpoutaly zuřivé boje, v nichž stavovská vojska zvítězila a přinutila císařské k ústupu do města nebo do Rakous. Město bylo opět obleženo. Zima 1618–1619 byla zlá pro obě strany, hůř ale strádaly Budějovice, v nichž vypukly epidemie, které si vyžádaly mnoho obětí jak mezi měšťany, tak v řadách císařských vojáků. Na jaře 1619 však dorazily Buquoyovy posily a situace začala spět k rychlému rozuzlení. 10. června 1619 porazil Buquoy silné stavovské vojsko v bitvě u Záblatí, což vedlo k urychlenému vyklizení jižních Čech ze strany stavovských jednotek.
Budějovičtí využili příležitosti a přesvědčili Buqoye, že je třeba exemplárně potrestat vzbouřenecký Rudolfov, který Budějovicím značně konkuroval. Jelikož císařský velitel to původně za zas až tak nutné nepovažoval, byla mu v rámci diskuse na toto téma vyplacena nemalá částka ve zlatě, která ho následně zbavila všech pochybností a Rudolfov byl dne 15. června 1619 císařským vojskem a českobudějovickým měšťanským praporcem, vedeným Fabiánem Welsem Z Welsenbergu, vypleněn, vypálen a srovnán se zemí. V Rudolfově bylo zabito mnoho civilních obyvatel.BÖHNEL, Miroslav Bedřich. Dějiny města Rudolfova. Čes. Budějovice: Kraj. nár. výb., 1958. S.168.
Po zbytek třicetileté války se Budějovicím boje vyhnuly, sloužilo však jako týlová základna a prostor pro formování jednotek. Během třicátých let se díky bojům ve středních a severních Čechách staly dočasně hlavním městem, do kterého se přesunuly některé důležité úřady z Prahy. V letech 1634–1635 byly dokonce v Budějovicích umístěny české korunovační klenoty. náhled|České Budějovice roku 1666 V roce 1632 byl veřejně popraven Kryštof Čabelický ze Soutic, rodák ze Žimutic, za to, že organizoval selské povstání proti císaři. V roce 1634 byli v Českých Budějovicích vyšetřováni důstojníci a generálové zatčení po zavraždění Albrechta z Valdštejna – vévoda Julius Jindřich Sasko-Lauenburský, generál jezdectva Jan Arnošt Scherffenberk, generál jezdectva Jan Oldřich Šafgoč (Schaffgotsch), generál polní zbrojmistr Arnošt Jiří Sparr, plukovník Petr Losy, plukovník František Vilém Mohr a podplukovník Julius Jindřich Hammerle; na motivy této události napsal spisovatel Jaroslav Durych povídku Budějovická louka (sbírka povídek Rekviem).KVĚTOVÁ, Miroslava. Kronika českobudějovického měšťana Adriana Adalberta Battisty (1463-1656): JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH, Filozofická fakulta, 2011. Stravováni byli v obecní kuchyni (Garkuch), která byla v domě, kde je dnes restaurace U Tří sedláků.
V červenci 1641 vypukl velký požár Českých Budějovic, během něhož lehla popelem více než polovina města.
18. století V letech 1721–1727 byla na náměstí postavena Samsonova kašna. V roce 1724 byla pro zásobování města užitkovou vodou postavena vodárenská věž s vodojemem. V letech 1727–1730 byla radnice přestavěna do dnešní podoby.